03-310

Reagente In Vivo SHAPE per l′analisi della struttura dell′RNA in cellule vive

permits the analysis of RNA structure in living cells

• Sinonimo/i: Reagente SHAPE
• Codice UNSPSC: 12161503
• eCl@ss: 32161000
• NACRES: NA.32

Proprietà

• Livello qualitativo: 100
• Stato: liquid
• Produttore/marchio commerciale: Upstate^®
• Concentrazione: 2 M
• tecniche: activity assay: suitable (reverse transcriptase)
• Condizioni di spedizione: dry ice

Descrizione

Descrizione generale

Caratteristiche & vantaggi

• Soluzione pronta all′uso priva di RNasi
• Adatta all′uso con cellule vive per via della bassa tossicità
• L′elevata permeabilità cellulare permette di modificare rapidamente l′RNA
• Reagisce con tutti i nucleotidi di RNA senza preferenze una mappatura ad alta risoluzione

Il reagente In Vivo SHAPE serve per determinare la struttura dell′RNA. Questo reagente contiene una forma ad elevata purezza di imidazolide dell'acido 2-metilnicotinico (NAI). Questo composto forma addotti 2’-O nelle regioni di RNA a singolo filamento, rilevabili mediante acilazione 2’-idrossi-selettiva ed estensione dei primer (SHAPE).

Diversamente dagli altri reagenti usati per il metodo SHAPE, il reagente In Vivo SHAPE basato su NAI viene assorbito rapidamente dalle cellule e può essere usato con le cellule vive in virtù della sua formulazione a bassa tossicità. Il reagente In Vivo SHAPE reagisce con tutti e quattro i nucleotidi dell′RNA senza preferenze, al contrario degli altri reagenti usati per il metodo SHAPE. Questa combinazione di bassa tossicità, rapida captazione e nessuna preferenza per alcun nucleotide permette un′analisi ad alta risoluzione della struttura dell′RNA in vari sistemi viventi.

Il ripiegamento in strutture di ordine superiore permette all′RNA di agire all′interno delle cellule viventi e di formare complessi dinamici con le proteine effettrici. Prevedere la struttura tridimensionale di queste molecole è complicato, per questo sono state sviluppate numerose tecniche di probing per studiare i ripiegamenti a cui va incontro l′RNA.

Composti come l′imidazolide dell'acido 2-metilnicotinico (NAI) presente nel reagente In Vivo SHAPE determinano la formazione di addotti 2′-O. Questi addotti si formano rapidamente nell′RNA a singolo filamento non appaiato, e molto più lentamente nell′RNA con le basi appaiate (a doppio filamento). L′RNA modificato può così essere analizzato tramite estensione dei primer. I nucleotidi modificati non vengono allungati dalle DNA polimerasi RNA-dipendenti, e quindi permetto di identificare i siti di modificazione.

Componenti

Imidazolide dell'acido 2-metilnicotinico (NAI) in DMSO

Qualità

La purezza del composto NAI è testata mediante HPLC.

Stato fisico

Microprovetta da 0,5 mL contenente NAI 2 M (purezza >97%) in soluzione di DMSO

NAI 2M in DMSO

Stoccaggio e stabilità

Conservare il NAI a -20°C in un congelatore no frost al riparo dalla luce. Se conservato correttamente (al riparo dalla luce ed evitando ripetuti cicli di congelamento e scongelamento) questo prodotto è stabile per un massimo di 6 mesi dalla data di ricevimento.

Note legali

UPSTATE is a registered trademark of Merck KGaA, Darmstadt, Germany

Esclusione di responsabilità

Salvo diversa indicazione nel nostro catalogo o in altra documentazione fornita dall′azienda insieme al prodotto, i nostri prodotti sono destinati esclusivamente a scopi di ricerca e non devono essere utilizzati per altre finalità, inclusi a titolo esemplificativo ma non esaustivo, fini commerciali non autorizzati, applicazioni diagnostiche in vitro, usi terapeutici ex vivo o in vivo o qualsiasi altro tipo di assunzione o applicazione rivolta agli esseri umani o agli animali.

Informazioni sulla sicurezza

• Codice della classe di stoccaggio: 10 - Combustible liquids
• Classe di pericolosità dell'acqua (WGK): WGK 3