Sequenziamento massivo parallelo (Next Gen Sequencing)

Il sequenziamento di nuova generazione (NGS) ha rivoluzionato lo sviluppo e l’analisi dei farmaci biologici, consentendo una rapida caratterizzazione del prodotto in parallelo all’identificazione precisa ed accurata di agenti noti e non noti. L’insieme dei nostri servizi NGS si basa su piattaforme di tecnologie complementari che generano in tempi rapidi set di dati di deep sequencing per un’analisi esauriente, grazie anche al supporto di esperti in biosicurezza in grado di fornire risultati accurati e personalizzati. I nostri servizi includono: 

analisi dell’identità e determinazione delle varianti

L’NGS può essere usato per caratterizzare e confermare l’identità di stock di semenze virali e batteriche, oltre che di vettori di espressione usati per la produzione di vaccini o di terapie geniche. Gli enti regolatori richiedono infatti tali analisi dell’identità per i biofarmaci destinati all’uomo. I materiali abitualmente sottoposti ai test di identità includono vettori virali, stock di semenze virali e batteriche.

I nostri servizi forniscono il coverage necessario al deep sequencing per la conferma dell’identità e l'identificazione di varianti genomiche con frequenza molto bassa che spesso sfuggono ai metodi di sequenziamento tradizionali. I vantaggi:

• determinazione dell’identità con un elevato livello di confidenza
• differenziazione di sotto popolazioni o ceppi altamente correlati
• rilevamento e identificazione, con elevato livello di confidenza, di varianti di sequenza, incluse varianti presenti nella popolazione con frequenze basse o molto basse (1-5%)
• generazione di sequenze di riferimento accurate

Analisi della stabilità genetica

L’NGS rivoluziona gli approcci tradizionali ai test di stabilità fornendo con una singola corsa tutte le informazioni necessarie a soddisfare le linee guida Q5B. I nostri servizi forniscono una caratterizzazione all’avanguardia dei costrutti di espressione integrati usati per l’espressione di proteine a partire da DNA ricombinante in sistemi cellulari offrendo:

• analisi del numero di copie presenti nei costrutti integrati
• valutazione dell’integrità e della configurazione delle copie genomiche/espresse dei costrutti integrati
• identificazione del sito di integrazione del costrutto nel genoma
• caratterizzazione della sequenza fiancheggiante della linea cellulare ospite
• identificazione di varianti di sequenza all’interno dei costrutti integrati

Rilevamento degli agenti avventizi

L’uso dell’NGS per l’analisi degli agenti avventizi consente di rilevare in modo sensibile e obiettivo i contaminanti virali, batterici e fungini in un’ampia gamma di tipologie di campioni che vanno dalle materie prime alle linee cellulari fino al biofarmaco finito. L’implementazione può costituire un elemento dell'approccio Quality by Design (QbD) o fungere da strumento di indagine obiettiva. Il rilevamento degli agenti avventizi per mezzo dell’NGS assicura:

• un’alternativa ai test in vivo, contribuendo a ridurre l’uso di animali
• un’alternativa sensibile ai test in vitro quando non è disponibile un antisiero appropriato
• una pronta investigazione sulla presenza di contaminazione nel bioprocesso, utile per un rapido intervento

L’NGS ha dimostrato di essere un metodo alternativo ed efficace per una rapida ed esauriente rivelazione di agenti avventizi. Ciò è particolarmente vero quando la natura e la fonte del contaminante è del tutto sconosciuta o se non esistono metodi di analisi tradizionali. In questi casi, un approccio imparziale e che non richiede una sequenza di riferimento è ideale e offre numerosi vantaggi.

Saggi personalizzati e studi di spiking

I nostri esperti hanno una comprovata esperienza nella progettazione ed esecuzione di esperimenti personalizzati basati sull’NGS, progettati in base alle specifiche esigenze di ciascun cliente. Saranno lieti di offrirti la consulenza necessaria per progettare e condurre i prossimi studi, producendo dati della massima qualità nel rispetto delle normative.

Bioinformatica

Il nostro team di esperti è in grado di fornire una serie di soluzioni bioinformatiche che spaziano dall’algoritmo di identificazione standard a servizi maggiormente personalizzati. Alcuni esempi:

• analisi completa della sequenza/analisi confermativa
• mappatura e assemblaggio de novo
• rilevamento di varianti, inclusa l’identificazione di mutazioni a bassa frequenza
• analisi del trascrittoma (RNA-Seq)
• espressione differenziale di geni
• creazione di un database personalizzato e analisi BLAST
• sviluppo e convalida di algoritmi personalizzati
• servizi di cloud computing
• tracciamento e archiviazione di dati conforme al CFR 21,Part 11

Letteratura sui prodotti

Opuscolo: NGS Applied to Biologic Production and Safety
Bollettino tecnico: SARS-CoV-2 Impact To Biological Drug Products Safety

Il nostro impegno in favore del tuo successo è integrato da:

• supporto scientifico e normativo per il conferimento di campioni
• flusso di lavoro pienamente convalidato conforme alle GPM, dal processamento dei campioni fino al report finale
• robusta pipeline bioinformatica e database di riferimento di alta qualità
• esauriente analisi e interpretazione dei dati
• gestione sicura dei dati 

Utilizza il modulo qui sotto per contattarci, esporre le tue esigenze specifiche o avere maggiori informazioni sull’NGS