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Kit EZ-Zyme^™ per la preparazione della cromatina

Contains proprietary reagents optimized for the enzymatic shearing of chromatin from mammalian cells at higher resolution than sonication for use in chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays.

• Sinonimo/i: Kit per l’isolamento della cromatina
• UNSPSC Code: 12161503
• NACRES: NA.32
• eCl@ss: 32161000

Proprietà

• Quality Level: 100
• manufacturer/tradename: EZ-Zyme^™, Upstate^®
• application(s): sample preparation
• shipped in: dry ice

Descrizione

General description

L′immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) è una tecnica sperimentale ampiamente utilizzata per monitorare l′associazione di proteine a specifiche sequenze di DNA. Questa tecnica è stata utilizzata per studiare pattern di modificazione istonica e per mappare i siti di legame di svariate proteine a livello dell′intero genoma con l′ausilio della tecnologia dei microarray. La ChIP ha trovato impiego anche nella determinazione delle tempistiche di occupazione dello stesso locus cromatinico da parte di più proteine. Inoltre, poiché la formaldeide causa la formazione di legami crociati tra proteine e DNA e tra proteina e proteina, questo metodo in linea di principio consente di individuare le proteine che legano il DNA direttamente e quelle che lo legano indirettamente attraverso altri fattori.

Quando si effettua la ChIP, è necessario frammentare la cromatina estratta dalle cellule e dai tessuti in modo da renderla solubile e da poter raggiungere una risoluzione sufficiente e individuare le interazioni proteina-DNA in loci specifici. Un metodo comunemente utilizzato per preparare la cromatina frammentata è la sonicazione. Sebbene esso sia molto efficiente nel liberare la cromatina in soluzione, presenta una serie di limitazioni. Ad esempio, la formazione di schiuma e il surriscaldamento associati alla sonicazione possono provocare la denaturazione delle proteine ​​o un′incompleta frammentazione della cromatina. Inoltre, le condizioni di sonicazione possono essere drastiche dal punto di vista fisico, con conseguenze negative in termini di efficienza dell'immunoprecipitazione. Questi e altri limiti della procedura possono rendere difficoltosa l'ottimizzazione della sonicazione e limitarne la riproducibilità.

Il kit per la preparazione della cromatina EZ-Zyme consente di raggiungere una risoluzione nell′ordine dei nucleosomi nelle successive analisi mediante ChIP, operando una digestione completa o parziale con un cocktail enzimatico proprietario che produce frammenti di cromatina di lunghezza media compresa tra uno e pochi nucleosomi. Rispetto alla sonicazione, questa procedura non solo consente di mappare le associazioni proteina-DNA con una risoluzione più elevata, ma aumenta anche l′efficienza della successiva immunoprecipitazione grazie alle sue condizioni di digestione blande. Inoltre, la frammentazione enzimatica è compatibile con la ChIP senza cross-linking (ChIP nativa) che consente l′analisi delle modificazioni istoniche non solo su cellule in coltura, ma anche su tessuti appena sezionati e congelati.

Impiego:
Il kit EZ-Zyme contiene reagenti ottimizzati per preparare cromatina di cellule di mammifero digerita enzimaticamente per successivi scopi di immunoprecipitazione. Sebbene il kit contenga la serie completa dei tamponi necessari per la frammentazione della cromatina, è necessario prestare particolare attenzione a tutti i dettagli forniti nelle istruzioni. Seguire attentamente tutte le istruzioni, soprattutto per quanto riguarda i tempi e le temperature di incubazione.

Packaging

Reagente sufficiente per 22 digestioni enzimatiche della cromatina

Preparation Note

Quando si riceve la confezione, conservare i componenti alle temperature indicate sulle rispettive etichette. Le temperature di stoccaggio sono riportate anche a pagina 3 del manuale d′uso. I componenti del kit sono stabili per 6 mesi dalla data di spedizione se conservati come indicato.

Other Notes

Conservazione a 4°C

EDTA 0,5M, # Catalogo 20-158. Un flaconcino contenente 250 μL di EDTA 0,5M a pH 8,0.

NaCl 5M # Catalogo 20-159. Un flaconcino contenente 500 μL di NaCl 5M.

Tris-HCl 1M, pH 6,5, # Catalogo 20-160. Un flaconcino contenente 500 μL di Tris-HCl 1M, pH 6,5.

Glicina 10X, # Catalogo 20-282. Un flaconcino contenente 11 mL di glicina 1,25M.

PBS 10X, # Catalogo 20-281. Un flaconcino contenente 24 mL di PBS 10X.

Tampone di lisi EZ-Zyme, # Catalogo 20-312. Un flaconcino contenente 2,0 mL di tampone di lisi EZ-Zyme.

Tampone di digestione EZ-Zyme, # Catalogo 20-313. Un flaconcino contenente 1,65 mL di tampone di digestione EZ-Zyme.

Tampone di arresto EZ-Zyme, # Catalogo 20-315. Un flaconcino contenente 1,65 mL di tampone di arresto EZ-Zyme

Conservazione a -20°C

Cocktail di inibitori delle proteasi (II), # Catalogo 20-283. Un flaconcino contenente 110 μL di cocktail di inibitori delle proteasi (II) in DMSO.

RNasi A, # Catalogo 20-297. Un flaconcino contenente 600 μg di RNasi A in 60 μL di acqua sterile.

Proteinasi K, # Catalogo 20-298. Un flaconcino contenente 600 μg di proteinasi K in 60 μL di Tris-HCl 50mM, pH 8,0, CaCl2 10mM.

Cocktail enzimatico EZ-Zyme, # Catalogo 20-314. Un flaconcino contenente 76U di cocktail enzimatico in 38 μL di una soluzione contenente glicerolo al 50%.

Legal Information

EZ-Zyme is a trademark of Miltex Instrument Company, Inc.

UPSTATE is a registered trademark of Merck KGaA, Darmstadt, Germany

Disclaimer

Salvo diversa indicazione nel nostro catalogo o in altra documentazione fornita dall′azienda insieme al prodotto, i nostri prodotti sono destinati esclusivamente a scopi di ricerca e non devono essere utilizzati per altre finalità, inclusi a titolo esemplificativo ma non esaustivo, fini commerciali non autorizzati, applicazioni diagnostiche in vitro, usi terapeutici ex vivo o in vivo o qualsiasi altro tipo di assunzione o applicazione rivolta agli esseri umani o agli animali.

Informazioni sulla sicurezza

• pictograms: GHS08
• signalword: Danger
• Classe di stoccaggio: 10 - Combustible liquids
• target_organs: Respiratory Tract
• wgk: WGK 3
• hcodes: H315,H319,H334,H373,H412,EUH430
• pcodes: P201 - P202 - P273 - P391 - P405 - P501
• Hazard Classifications: Aquatic Chronic 3 - ED ENV 1 - Eye Irrit. 2 - Resp. Sens. 1 - Skin Irrit. 2 - STOT RE 2 Inhalation