03-310
Reagente In Vivo SHAPE per l′analisi della struttura dell′RNA in cellule vive
permits the analysis of RNA structure in living cells
Sinonimo/i:
SHAPE reagent
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About This Item
Codice UNSPSC:
12161503
eCl@ss:
32161000
NACRES:
NA.32
Prodotti consigliati
Livello qualitativo
Forma fisica
liquid
Produttore/marchio commerciale
Upstate®
Concentrazione
2 M
tecniche
activity assay: suitable (reverse transcriptase)
Condizioni di spedizione
dry ice
Descrizione generale
Caratteristiche & vantaggi
Il reagente In Vivo SHAPE serve per determinare la struttura dell′RNA. Questo reagente contiene una forma ad elevata purezza di imidazolide dell'acido 2-metilnicotinico (NAI). Questo composto forma addotti 2’-O nelle regioni di RNA a singolo filamento, rilevabili mediante acilazione 2’-idrossi-selettiva ed estensione dei primer (SHAPE).
Diversamente dagli altri reagenti usati per il metodo SHAPE, il reagente In Vivo SHAPE basato su NAI viene assorbito rapidamente dalle cellule e può essere usato con le cellule vive in virtù della sua formulazione a bassa tossicità. Il reagente In Vivo SHAPE reagisce con tutti e quattro i nucleotidi dell′RNA senza preferenze, al contrario degli altri reagenti usati per il metodo SHAPE. Questa combinazione di bassa tossicità, rapida captazione e nessuna preferenza per alcun nucleotide permette un′analisi ad alta risoluzione della struttura dell′RNA in vari sistemi viventi.
- Soluzione pronta all′uso priva di RNasi
- Adatta all′uso con cellule vive per via della bassa tossicità
- L′elevata permeabilità cellulare permette di modificare rapidamente l′RNA
- Reagisce con tutti i nucleotidi di RNA senza preferenze una mappatura ad alta risoluzione
Il reagente In Vivo SHAPE serve per determinare la struttura dell′RNA. Questo reagente contiene una forma ad elevata purezza di imidazolide dell'acido 2-metilnicotinico (NAI). Questo composto forma addotti 2’-O nelle regioni di RNA a singolo filamento, rilevabili mediante acilazione 2’-idrossi-selettiva ed estensione dei primer (SHAPE).
Diversamente dagli altri reagenti usati per il metodo SHAPE, il reagente In Vivo SHAPE basato su NAI viene assorbito rapidamente dalle cellule e può essere usato con le cellule vive in virtù della sua formulazione a bassa tossicità. Il reagente In Vivo SHAPE reagisce con tutti e quattro i nucleotidi dell′RNA senza preferenze, al contrario degli altri reagenti usati per il metodo SHAPE. Questa combinazione di bassa tossicità, rapida captazione e nessuna preferenza per alcun nucleotide permette un′analisi ad alta risoluzione della struttura dell′RNA in vari sistemi viventi.
Il ripiegamento in strutture di ordine superiore permette all′RNA di agire all′interno delle cellule viventi e di formare complessi dinamici con le proteine effettrici. Prevedere la struttura tridimensionale di queste molecole è complicato, per questo sono state sviluppate numerose tecniche di probing per studiare i ripiegamenti a cui va incontro l′RNA.
Composti come l′imidazolide dell'acido 2-metilnicotinico (NAI) presente nel reagente In Vivo SHAPE determinano la formazione di addotti 2′-O. Questi addotti si formano rapidamente nell′RNA a singolo filamento non appaiato, e molto più lentamente nell′RNA con le basi appaiate (a doppio filamento). L′RNA modificato può così essere analizzato tramite estensione dei primer. I nucleotidi modificati non vengono allungati dalle DNA polimerasi RNA-dipendenti, e quindi permetto di identificare i siti di modificazione.
Composti come l′imidazolide dell'acido 2-metilnicotinico (NAI) presente nel reagente In Vivo SHAPE determinano la formazione di addotti 2′-O. Questi addotti si formano rapidamente nell′RNA a singolo filamento non appaiato, e molto più lentamente nell′RNA con le basi appaiate (a doppio filamento). L′RNA modificato può così essere analizzato tramite estensione dei primer. I nucleotidi modificati non vengono allungati dalle DNA polimerasi RNA-dipendenti, e quindi permetto di identificare i siti di modificazione.
Componenti
Imidazolide dell'acido 2-metilnicotinico (NAI) in DMSO
Qualità
La purezza del composto NAI è testata mediante HPLC.
Stato fisico
Microprovetta da 0,5 mL contenente NAI 2 M (purezza >97%) in soluzione di DMSO
NAI 2M in DMSO
Stoccaggio e stabilità
Conservare il NAI a -20°C in un congelatore no frost al riparo dalla luce. Se conservato correttamente (al riparo dalla luce ed evitando ripetuti cicli di congelamento e scongelamento) questo prodotto è stabile per un massimo di 6 mesi dalla data di ricevimento.
Note legali
UPSTATE is a registered trademark of Merck KGaA, Darmstadt, Germany
Esclusione di responsabilità
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Descrizione
Determinazione del prezzo
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10 - Combustible liquids
Classe di pericolosità dell'acqua (WGK)
WGK 3
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