This kit has not been tested in-house with PFA-fixed samples. However, academic literature indicates successful use of this kit with fixed samples.
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WGA4
GenomePlex® Kit zur Gesamtgenom-Amplifikation von Einzelzellen
Amplify genome of a single cell
Synonym(e):
Single cell whole genome amplification, Whole genome amplification
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Über diesen Artikel
UNSPSC Code:
12352200
EC Number:
254-457-8
NACRES:
NA.55
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whole genome amplification: suitable
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(WGA)
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General description
Das GenomePlex®-Kit zur Gesamtgenom-Amplifikation von Einzelzellen nutzt eine proprietäre Technologie, die auf der Zufallsfragmentierung von genomischer DNA und der Umwandlung der daraus resultierenden kleinen Fragmente zu PCR-amplifizierbaren Bibliotheksmolekülen basiert, die von universellen Primerbindestellen umgeben sind. Die GGA wird durch PCR-Amplifikation der Bibliotheksmoleküle mit universellen Oligonukleotidprimern erreicht. Dieses Kit wurde für die Amplifikation des Genoms einer Einzelzelle entwickelt. Dieses schnelle und unkomplizierte Verfahren bietet eine millionenfache Amplifikation, die aus einer Einzelzelle genomische DNA in Mikrogramm-Mengen erzeugt. Traditionelle Verfahren für die Einzelzell-Gesamtgenom-Amplifikation erzeugen zu geringe Mengen mit signifikant verzerrter Darstellung. Das Kit enthält alle Reagenzien, die für die Zelllyse und anschließende Gesamtgenom-Amplifikation erforderlich sind. Einzelzellen können durch Fluorescence-activated Cell Sorting (FACS), Lasermikrodissektion, Verdünnung oder ein anderes geeignetes Verfahren isoliert werden.
Application
Das GenomePlex® Einzelzell-Gesamtgenom-Amplifikations-Kit wird wie folgt verwendet:
- zur Amplifikation der isolierten DNA
- bei der Gesamtgenom-Amplifikation (GGA)
- zur Amplifikation der mikrodissezierten DNA
- zur Amplifikation von zirkulierender genomischer Tumorzellen-DNA aus kastrationsresistenten Prostatakarzinomzellen[1]
- für den Nachweis der Kopienzahlvariationen (CNV) durch Einzelzell-Gesamtgenomsequenzierung mit geringer Abdeckung (SLWGS)[2]
- Gelelektrophorese
- qPCR
- CGH-Microarray (vergleichende genomische Hybridisierung)
- STR-Analyse
- Einzelnukleotid-Polymorphismus(SNP)-Analyse
Features and Benefits
- Hohe Ausbeute und Genauigkeit der DNA-Amplifikation innerhalb von vier Stunden
- Amplifikation von DNA aus jeder Quelle, zum Beispiel Krebszellen, Epithelzellen, Lymphozyten, amniotische Fibroblastenzellen, in Polycarbonat fixierte Zellen und Pflanzenzellen
- Eine vollständige Darstellung des Gesamtgenoms mit minimaler allelischer Verzerrung
- GGA-DNA-Polymerase eignet sich für die Verwendung mit Downstream-Anwendungen, Einschließlich Gelelektrophorese, qPCR, CGH-Microarray (vergleichende genomische Hybridisierung), STR-Analyse und Einzelnukleotid-Polymorphismus(SNP)-Analyse, TaqMan®-Assays und Mikrosatellitenanalyse
Other Notes
Die Sequenzen der Universalprimer, die mit diesem Kit bereitgestellt werden, sind proprietär.
Legal Information
Die Verwendung dieses Produkts unterliegt einem oder mehreren der folgenden US-Patente und entsprechenden Patentansprüchen außerhalb der USA: 5.789.224, 5.618.711, 6.127.155 und Ansprüchen außerhalb der USA, die dem ausgelaufenen US-Patent Nr. 5.079.352 entsprechen. Der Erwerb dieses Produkts umfasst eine beschränkte, nicht übertragbare Immunität gegenüber Rechtsschutzverfahren gemäß den oben genannten Patentansprüchen für den ausschließlichen Gebrauch dieser Menge des Produktes für eigene interne Forschungsanwendungen des Käufers. Es wird weder ausdrücklich noch implizit oder durch Rechtsverwirkung ein Rechtsanspruch unter anderen Patentansprüchen ein Rechtsanspruch zur Erbringung kommerzieller Leistungen jeglicher Art übertragen, einschließlich, aber nicht beschränkt auf das Berichten der Ergebnisse aus den Aktivitäten des Käufers gegen Entgelt oder andere kommerzielle Gegenleistungen. Dieses Produkt ist nur für Forschungszwecke vorgesehen. Diagnostische Anwendungen nach Roche-Patentansprüchen erfordern eine gesonderte Lizenz von Roche. Weitere Informationen über den Erwerb von Lizenzen erhalten Sie vom Director of Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California, 94404, USA.
GenomePlex is a registered trademark of Takara Bio USA, Inc.
TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc.
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| technique(s) whole genome amplification: suitable | technique(s) whole genome amplification: suitable | technique(s) whole genome amplification: suitable | technique(s) whole genome amplification: suitable |
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Protokolle
This protocol provides a simple and convenient method to isolate, amplify, and purify genomic DNA from buccal swabs. Buccal swabs are a convenient method of acquiring a DNA sample.
Whole genome amplification (WGA) of plasma and serum DNA presents a unique challenge due to the small amount of nucleic acid in such samples.
GenomePlex® is a Whole Genome Amplification (WGA) method that allows the researcher to generate a representative amplification of genomic DNA
Artikel
Fortschritte bei Einzelzell-WGA haben den Beitrag der Genomik zur Einzelzellbiologie ermöglicht. Die Ganzgenom-Amplifikation (WGA) wird als eine unspezifische Amplifikation beschrieben, die ein Produkt liefert, das für das Ausgangsmaterial vollständig repräsentativ ist.
Whole genome amplification overcomes restrictions for single-cell genomic analyses with non-specific amplification.
Verwandter Inhalt
Instructions
Chromosome Analysis of Single Cells by High Resolution Comparative Genomic Hybridization after Whole Genome Amplification Using a Random Fragmentation Approach
Single Cell Whole Genome Amplification
Nathan R Treff et al.
Molecular human reproduction, 16(8), 583-589 (2010-05-21)
Many studies estimate that chromosomal mosaicism within the cleavage-stage human embryo is high. However, comparison of two unique methods of aneuploidy screening of blastomeres within the same embryo has not been conducted and may indicate whether mosaicism has been overestimated
Nicholas Navin et al.
Nature, 472(7341), 90-94 (2011-03-15)
Genomic analysis provides insights into the role of copy number variation in disease, but most methods are not designed to resolve mixed populations of cells. In tumours, where genetic heterogeneity is common, very important information may be lost that would
Timour Baslan et al.
eLife, 9 (2020-05-14)
Copy number alterations (CNAs) play an important role in molding the genomes of breast cancers and have been shown to be clinically useful for prognostic and therapeutic purposes. However, our knowledge of intra-tumoral genetic heterogeneity of this important class of
Global Trade Item Number
| SKU | GTIN |
|---|---|
| WGA4-500RXN | 04061835378784 |
| WGA4-50RXN | 04061835378791 |
| WGA4-10RXN | 04061835378777 |
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Is this kit compatible with PFA-fixed samples or should I first reverse crosslinked DNA and then use a broad-spectrum DNA repair enzyme cocktail before doing WGA?
1 answer-
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Buongiorno, il kit GenomePlex® Single Cell WGA4 per amplificazione di DNA da singola cellula con quali metodiche di preparazione di librerie è compatibile? Vi ringrazio
1 answer-
The GenomePlex® Single Cell WGA4 Single Cell DNA Amplification Kits can be sequenced using any library preparation kit that includes end repair (Blunting + A tailing + 5' phosphorylation) followed by adapter ligation.
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I want the amplified product to be NGS sequenced. What is the error rate during amplification and the coverge rate of the genome?
1 answer-
The error rate during amplification has not been determined, but without proofreading, the whole genome amplification polymerase error rate is expected to be similar to native Taq polymerase, typically in the range of approximately 1 × 10^5 to 2 × 10^4. Publications specifically quantifying coverage can be found in early work with WGA4, which reported an overall measured coverage of 78% for aneuploidy screening (doi.org/10.1016/j.fertnstert.2007.07.789). Later work using WGA4 to measure gene copy number variation (https://doi.org/10.1038/srep11415) showed coverage varied by GC content; in areas with a GC composition of 30-60%, the coverage varied approximately 60-120% (rat genomic DNA has 41.9% GC). Several papers have been published on obtaining optimal results and accurate analysis from the kit, with the most relevant being (https://doi.org/10.1038/nprot.2012.039).
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Is there an estimate for the ratio of ssDNA to dsDNA, like roughly 3 times more ssDNA than dsDNA? Also, does the advertised 5-10 ug of DNA for WGA4 correspond to total DNA or just dsDNA?
1 answer-
The ratio of ssDNA to dsDNA has not been determined. However, the 5-10 ug of DNA advertised for WGA4 corresponds to total DNA, not just dsDNA.
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What A260/A280 ratios are expected for a successful WGA 4 product using the WGA4 kit?
1 answer-
The A260/280 has not been measured for any amplification product; however, given that starting material is infinitesimal quantities and adding very little protein, the expectation is for A260/280 to resemble that of pure DNA, especially after purification using the GenElute PCR Cleanup Kit (Catalog Number NA1020).
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Can Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit, be used with purified DNA?
1 answer-
Yes. The kit is designed to amplify the small amount of DNA that is present in a single cell (3-5 pg). It will also work with small amounts of purified DNA; we recommend less than 100 pg.
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Can the amplified Omniplex products resulting from the use of Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit, be used for TA cloning?
1 answer-
Yes. Please ensure that a final extension of 7-30 minutes at 72°C is included after amplification if performing subsequent TA cloning reactions.
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What is the Department of Transportation shipping information for this product?
1 answer-
Transportation information can be found in Section 14 of the product's (M)SDS.To access the shipping information for this material, use the link on the product detail page for the product.
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What kinds of cells can be used as starting materials with Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit?
1 answer-
The cell lysis method involves treatment with proteinase K and heat. Most cells will be lysed under these conditions.
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