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Merck

WGA1

Sigma-Aldrich

GenomePlex® Kit zur Gesamtgenom-Amplifikation (GGA)

Kit for whole genome amplification from a variety of DNA sources including FFPE tissue

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About This Item

UNSPSC-Code:
41121800
NACRES:
NA.55

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Methode(n)

whole genome amplification: suitable

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Allgemeine Beschreibung

Das GenomePlex® Gesamtgenom-Amplifikations-Kit GGA ist für den Einsatz mit genomischer DNA, Vollblut, Buffy-Coat, Wangenabstrichen und kultivierten Zellen geeignet. Die Amplifikation erfordert nur eine kleine Menge Ausgangsmaterial (1 μl Blut, einzelner Wangenabstrich oder 10 ng gDNA), das nach der PCR eine Ausbeute von 5–10 μg pro Reaktion ergibt. Die amplifizierte DNA kann aufgereinigt und gelagert oder für Downstream-Analysen verwendet werden, darunter ABI TaqMan®-Assays, Mikrosatellitenanalysen oder Sequenzierung. GenomePlex stellt das gesamte Genom vollständig und ohne nachweisliche Verzerrung durch Allele dar.

Das GGA-Kit basiert auf einer proprietären Technologie, bei der die genomische DNA zufällig fragmentiert wird und die entstandenen kleinen Fragmente in mittels PCR amplifizierbare, von universellen Primerbindestellen flankierte Bibliotheksmoleküle umgewandelt werden. Die GGA wird durch PCR-Amplifikation der Bibliotheksmoleküle mit universellen Oligonukleotidprimern erreicht.

Das GenomePlex-Verfahren ermöglicht es Forschenden, eine repräsentative, etwa 500-fache Amplifikation von genomischer DNA zu erzeugen. Die Amplifikationsausbeute hängt von der Reinheit und der Menge des Ausgangsmaterials ab. Dieses Kit enthält alle erforderlichen Reagenzien, um die Bibliothekserstellung und Fragmentierung durchzuführen.

Anwendung

Das GenomePlex®-Kit zur Gesamtgenom-Amplifikation (GGA) wird zur Amplifikation der eingesetzten und in Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) befindlichen DNA verwendet.[1][2] Es wird auch zur Fragmentierung von BAC-Klonen (Bacterial Artificial Chromosome) aus Bakterienkulturen für die Herstellung von Repeats-freien (RF) Sonden eingesetzt.[3]

Leistungsmerkmale und Vorteile

  • Höhere Ausbeute aus einer minimalen Matrize: Amplifikation von Nanogramm-Mengen (10 ng) von genomischer DNA zu Mikrogramm-Ausbeuten (5-10 μg) in weniger als etwa drei Stunden
  • Nanogramm-Mengen von Proben können bei –20 °C für die zukünftige Verwendung konserviert werden
  • Wählen Sie aus einer Reihe von DNA-Quellen: Vollblut, Wangenabstriche, Blutkarte, Pflanzen, Böden und Formalin-fixiertes, Parrafin-eingebettetes Gewebe (FFPE)
  • mit einer Reihe von Downstream-Anwendungen wie TaqMan®- und BeadArray-Assays kompatibel
  • Universelle Primer
  • Gesamtgenom-Darstellung ohne nachweisbare Verzerrung
  • Gesteigerte Genauigkeit bei der Amplifikation erzeugt kein Amplikon bei negativen Kontrollreaktionen

Sonstige Hinweise

Die Sequenzen der in diesem Kit enthaltenen Universal-Primer werden als firmeneigen betrachtet.

Rechtliche Hinweise

Die Verwendung dieses Produkts unterliegt einem oder mehreren der folgenden US-Patente und entsprechenden Patentansprüchen außerhalb der USA: 5,789,224, 5,618,711, 6,127,155 und Ansprüchen außerhalb der USA, die dem ausgelaufenen US-Patent Nr. 5,079,352 entsprechen. Der Erwerb dieses Produkts umfasst eine beschränkte, nicht übertragbare Immunität gegenüber Rechtsschutzverfahren gemäß den oben genannten Patentansprüchen für den ausschließlichen Gebrauch dieser Menge des Produkts für eigene interne Forschungsanwendungen des Käufers. Es wird weder ausdrücklich noch implizit noch durch Rechtsverwirkung ein Rechtsanspruch unter anderen Patentsprüchen, ein Rechtsanspruch auf die Anwendung einer patentierten Methode oder ein Rechtsanspruch zur Erbringung kommerzieller Leistungen jeglicher Art übertragen, einschließlich, aber nicht beschränkt auf das Berichten der Ergebnisse aus den Aktivitäten des Käufers gegen Entgelt oder andere kommerzielle Gegenleistungen. Dieses Produkt ist nur für Forschungszwecke vorgesehen. Diagnostische Anwendungen nach Roche-Patentansprüchen erfordern eine gesonderte Lizenz von Roche. Weitere Informationen über den Erwerb von Lizenzen erhalten Sie vom Director of Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California, 94404, USA.
GenomePlex is a registered trademark of Takara Bio USA, Inc.
TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc.

Kit-Komponenten auch einzeln erhältlich

Produkt-Nr.
Beschreibung
SDB

  • W4502Water, Nuclease-Free Water, for Molecular BiologySDB

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10 - Combustible liquids

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Ravinder Dhallan et al.
Lancet (London, England), 369(9560), 474-481 (2007-02-13)
Use of free fetal DNA to diagnose fetal chromosomal abnormalities has been hindered by the inability to distinguish fetal DNA from maternal DNA. Our aim was to establish whether single nucleotide polymorphisms (SNPs) can be used to distinguish fetal DNA
Kaye N Ballantyne et al.
Forensic science international, 166(1), 35-41 (2006-05-12)
The analysis of LCN or highly degraded DNA samples presents a challenge for forensic science. Improving the quantity and/or quality of samples would greatly increase the profiling success rate from LCN and degraded samples. Whole genome amplification (WGA) is one
Amy Breman et al.
Prenatal diagnosis, 32(4), 351-361 (2012-04-03)
To evaluate the results of prenatal chromosomal microarray analysis (CMA) on >1000 fetal samples referred for testing at our institution and to compare these data to published reports. High resolution CMA was offered to women undergoing amniocentesis or chorionic villus
Adam Hittelman et al.
Diagnostic molecular pathology : the American journal of surgical pathology, part B, 16(4), 198-206 (2007-11-29)
Genome-based technologies such as genomic arrays and next generation sequencing are poised to make significant contributions to clinical oncology. However, translation of these technologies to the clinic will require that they produce high-quality reproducible data from small archived tumor specimens
Binding patterns of BCL11A in the globin and GATA1 loci and characterization of the BCL11A fetal hemoglobin locus
Jawaid K, et al.
Blood Cells, Molecules and Diseases, 45(2), 140-146 (2010)

Artikel

Fortschritte bei Einzelzell-WGA haben den Beitrag der Genomik zur Einzelzellbiologie ermöglicht. Die Ganzgenom-Amplifikation (WGA) wird als eine unspezifische Amplifikation beschrieben, die ein Produkt liefert, das für das Ausgangsmaterial vollständig repräsentativ ist.

Whole genome amplification overcomes restrictions for single-cell genomic analyses with non-specific amplification.

Protokolle

Archived Formalin-fixed, Paraffin-embedded (FFPE) tissue samples are invaluable resources for profiling gene expression and studying a variety of diseases.

GenomePlex® amplification improves DNA yield from soil samples, ensuring downstream analysis reliability despite potential nuclease damage.

Whole Genome Amplification products, including kits for DNA extraction, support various DNA sources.

GenomePlex® Whole Genome Amplification efficiently extracts DNA from animal samples for genomic analysis.

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Verwandter Inhalt

GenomePlex is a Whole Genome Amplification (WGA) method that allows the researcher to generate a representative, 500-fold amplification of genomic DNA

Questions

1–7 of 7 Questions  
  1. What is the major difference between WGA1 and WGA2 kits?

    1 answer
    1. Functionally, WGA1 and WGA2 kits are identical. The only difference between the two kits is that WGA2 is supplied with the WGA polymerase.

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  2. Can I use WGA1, GenomePlex® Amplification Kit to amplify DNA from a single cell?

    1 answer
    1. Using this kit to amplify DNA from a single cell is not recommended.  We recommend using the GenomePlex Single Cell WGA Kit (WGA4) for such application.  WGA4 was developed for use with single cells and includes an optimized cell lysis protocol which has been incorporated into the fragmentation step.

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  3. If starting with fragmented DNA, what is the smallest size fragment which can be successfully amplified with WGA1, GenomePlex® Amplification Kit, and do I still need to do the fragmentation step?

    1 answer
    1. The kit works best for fragments 400 bp and larger. When starting with fragmented DNA, we recommend: (1) skipping the fragmentation heat step, although the buffer should be added, and (2) increasing the PCR cycles from 14 to 20.

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  4. Can I amplify single stranded DNA with Product WGA, GenomePlex® Amplification Kit?

    1 answer
    1. When starting with single stranded starting materials, we recommend (1) skipping the fragmentation heat step, although the buffer should be added and (2) increasing the PCR cycles from 14 to 20.  Note that if the ssDNA is actually cDNA from polyadenylated RNA, the kit will likely not give good representation of the input material, as the poly(T) ends constitute a large, non-random fraction.

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  5. What is the major difference between WGA1 and WGA2?

    1 answer
    1. Functionally WGA1 and WGA2 are identical. The only difference between the two kits is that WGA2 is supplied with the WGA polymerase.

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  6. What is the Department of Transportation shipping information for this product?

    1 answer
    1. Transportation information can be found in Section 14 of the product's (M)SDS.To access the shipping information for this material, use the link on the product detail page for the product.

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  7. Is the WGA1 GenomePlex®  Amplicification Kit polymerase compatible with TA cloning?

    1 answer
    1. WGA polymerase is compatible with TA cloning with the following alteration to the PCR step: Be sure to include a 7 to 30 minute extension at 72°C after the last cycle to ensure that all PCR products are full length and 3´ adenylated.

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