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EZ-Magna ChIP® A - Chromatin-Immunpräzipitations-Kit

Single day chromatin immunoprecipitation (ChIP) kit containing all necessary reagents to perform 22 individual chromatin immunoprecipitation (ChIP) reactions using magnetic A beads. Control primers included.

Synonym(e):

Magnetic ChIP Kit

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UNSPSC Code:
12161503
NACRES:
NA.52
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32161000
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Magna ChIP®

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General description

Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) ist ein wichtiges Verfahren, das es Forschenden ermöglicht, In-vivo-Wechselwirkungen von Proteinen mit genomischer DNA zu analysieren. Mit dieser Methode kann jedes Chromatin-assoziierte oder DNA bindende Protein analysiert werden, sofern ein guter Antikörper gegen das Protein vorhanden ist. Man kann verschiedene Proteine, die in einer bestimmten Region des Genoms lokalisiert sind, oder die genomweite Verteilung eines bestimmten Proteins messen. Eine weitere leistungsstarke Anwendung dieses Verfahrens ist die Analyse von Veränderungen in Histonmodifikationen, die mit Prozessen wie Transkription, Mitose oder DNA-Reparatur korrelieren.

Eigenschaften & Vorteile:
Schneller: Magnetische Protein-A-Beads ermöglichen die Durchführung des gesamten ChIP-Protokolls an nur einem Tag. Alle Reagenzien zum Verarbeiten Ihrer Proben sind enthalten. Sie müssen keine wertvolle Zeit mit ihrer Herstellung vergeuden.
Einfacher: Spinsäulen erleichtern die DNA-Aufreinigung und machen sie zuverlässiger. Keine unordentlichen Phenol-Chloroform-Extraktionen mehr.
Bessere Reproduzierbarkeit: Positiv- und Negativkontrolle-Antikörper sowie PCR-Primer sind enthalten, um Sie bei der Validierung Ihrer Ergebnisse und Fehlersuche in Ihren Experimenten zu unterstützten.
Die Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) ist eine leistungsstarke Methode zur Kartierung der In-vivo-Verteilung von Proteinen, die mit chromosomaler DNA assoziiert sind. Bei diesen Proteinen kann es sich um Histon-Untereinheiten und posttranslationale Modifikationen sowie andere Chromatin-assoziierte Proteine wie Transkriptionsfaktoren, Chromatin-Regulatoren etc. handeln. Zusätzlich kann ChIP verwendet werden, um mit diesen Proteinen assoziierte Regionen des Genoms zu identifizieren, oder umgekehrt, um mit einer bestimmten Region des Genoms assoziierte Proteine zu identifizieren. Die ChIP-Methodik beinhaltet häufig eine Protein-DNA- und Protein-Protein-Vernetzung, eine Fragmentierung des vernetzten Chromatins und eine anschließende Immunpräzipitation des Chromatins mit einem für ein Zielprotein spezifischen Antikörper. Die im Komplex mit dem Zielprotein isolierten DNA-Fragmente können mit einer Vielzahl von Methoden wie PCR, DNA-Microarray und DNA-Sequenzierung identifiziert werden. Mit einer Standard-PCR oder quantitativen PCR kann überprüft werden, ob eine bestimmte DNA-Sequenz (das Gen oder die Region des Genoms) mit dem jeweiligen Protein assoziiert ist. Die Kombination von ChIP und Promoter Microarrays oder Genomic Tiling Microarrays (ChIP-Chip) ermöglicht die genomweite Identifizierung von DNA-Bindungsstellen für Chromatin-assoziierte Proteine mit präziser Auflösung. Die Hochdurchsatz-Sequenzierung von Bibliotheken, die aus immunpräzipitierter chromosomaler DNA (ChIP-Seq) konstruiert wurden, ist eine leistungsstarke Alternative zum ChIP-Chip bei der Kartierung der Protein-DNA-Interaktionen bei Säugetiergenomen.

Application

Für Nachweis/Quantifizierung von: Protein A

Packaging

Kit-Kapazität: 22 Chromatin-Immunpräzipitations-Assays

Physical form

Zwei Packungen mit allen notwendigen Reagenzien zur Durchführung von 22 einzelnen Chromatin-Immunpräzipitations(ChIP)-Reaktionen. Die mitgelieferten Puffer reichen aus, um Chromatin aus bis zu fünf 15-cm-Platten mit kultivierten Zellen zu erzeugen, wobei jede Platte bis zu 10 Chromatinaufbereitungen erzeugt (variiert je nach Zell- und Assay-Typ).

Preparation Note

Die Komponenten nach Erhalt bei den auf den Etiketten angegebenen Temperaturen lagern. Bei Lagerung und Verwendung nach Anweisung sind die Kit-Komponenten ab Versanddatum 1 Jahr haltbar.

Other Notes

Magnetische Protein-A-Beads

ChIP-Verdünnungspuffer

Waschpuffer mit geringem Salzgehalt

Waschpuffer mit hohem Salzgehalt

LiCl-Waschpuffer

TE-Puffer

Zelllyse-Puffer

Zellkern-Lysepuffer

ChIP-Elutionspuffer (ohne Proteinase K)

10X Glycin

10X PBS

Protease-Inhibitor-Cocktail II

Proteinase K

Kontroll-Primer

Anti-Acetyl-Histon H3

Normales Kaninchen-IgG.

Spinfilter

Sammelröhrchen

Bindungsreagens A

Waschreagens B

Elutionsreagens C

Legal Information

MAGNA CHIP is a registered trademark of Merck KGaA, Darmstadt, Germany

Disclaimer

Sofern in unserem Katalog oder anderen Begleitdokumenten unserer Produkte nicht anders angegeben, sind unsere Produkte nur für Forschungszwecke vorgesehen und nicht für andere Zwecke zu verwenden, einschließlich, jedoch nicht beschränkt auf unautorisierte kommerzielle Verwendung, zur In-vitro-Diagnostik, für Ex-vivo- oder In-vivo-Therapiezwecke oder jegliche Art der Einnahme oder Anwendung bei Menschen oder Tieren.

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"Epigenetics describes heritable changes in gene expression caused by non-genetic mechanisms instead of by alterations in DNA sequence. These changes can be cell- or tissue-specific, and can be passed on to multiple generations. Epigenetic regulation enriches DNAbased information, allowing a cell to vary its response across diverse biological and environmental contexts. Although epigenetic mechanisms are primarily centered in the nucleus, these mechanisms can be induced by environmental signals such as hormones, nutrients, stress, and cellular damage, pointing to the involvement of cytoplasmic and extracellular factors in epigenetic regulation."

Cancer is a complex disease manifestation. At its core, it remains a disease of abnormal cellular proliferation and inappropriate gene expression. In the early days, carcinogenesis was viewed simply as resulting from a collection of genetic mutations that altered the gene expression of key oncogenic genes or tumor suppressor genes leading to uncontrolled growth and disease (Virani, S et al 2012). Today, however, research is showing that carcinogenesis results from the successive accumulation of heritable genetic and epigenetic changes. Moreover, the success in how we predict, treat and overcome cancer will likely involve not only understanding the consequences of direct genetic changes that can cause cancer, but also how the epigenetic and environmental changes cause cancer (Johnson C et al 2015; Waldmann T et al 2013). Epigenetics is the study of heritable gene expression as it relates to changes in DNA structure that are not tied to changes in DNA sequence but, instead, are tied to how the nucleic acid material is read or processed via the myriad of protein-protein, protein-nucleic acid, and nucleic acid-nucleic acid interactions that ultimately manifest themselves into a specific expression phenotype (Ngai SC et al 2012, Johnson C et al 2015). This review will discuss some of the principal aspects of epigenetic research and how they relate to our current understanding of carcinogenesis. Because epigenetics affects phenotype and changes in epigenetics are thought to be key to environmental adaptability and thus may in fact be reversed or manipulated, understanding the integration of experimental and epidemiologic science surrounding cancer and its many manifestations should lead to more effective cancer prognostics as well as treatments (Virani S et al 2012).

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Questions

  1. Is it feasible to substitute frozen tissue for cultured cells in ChIP?

    1 answer
    1. Yes, it is possible to adapt the kit for use with tissue samples. However, there are a few considerations to take into account when using frozen tissue. Firstly, the freeze/thaw process may have affected the protein-chromatin interactions, potentially leading to low recovery. Secondly, it is advisable to avoid the nuclei isolation step, as the integrity of the nuclear membrane may have been compromised during the freeze/thaw process.

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