TAE és TBE futó pufferek recept és videó

Mi a tris-acetát EDTA és a tris-borát EDTA?

A tris-acetát EDTA (TAE) és a tris-borát EDTA (TBE) a két leggyakrabban használt puffer a nukleinsav-elektroforézisben. Mint pufferek, meglehetősen állandó pH-értékkel rendelkeznek, és hidrogénion-koncentrációjuk miatt képesek vezetni az elektromosságot. Ezek a tulajdonságok szükségesek a gélelektroforézishez, amely során a fehérjéket az elektromos töltés alapján választják el egymástól.

Futó pufferek előkészítése

A TBE-t és a TAE-t leggyakrabban alkotóelemeikből laboratóriumi törzsoldatokká keverik. Mindkét puffer megvásárolható munkakoncentrációban vagy porított vagy koncentrált formában, amelyet egyszerűen hígítással állítunk elő.

A TAE és a TBE szokásos törzsoldat-koncentrációban történő elkészítéséhez lásd az alábbi recepteket 
. A pufferkalkulátorunk szintén segíthet megtalálni a különböző pufferek helyes hígítását (vagy átváltását) a törzsoldatból a kívánt molaritásra és térfogatra.

Videó: TAE és TBE pufferek gélelektroforézishez

Nézze át a gyakori TAE és TBE pufferoldat recepteket, és tudja meg, hogy melyik futópuffert válassza a nukleinsav gélelektroforézis alkalmazásához. Chris Lemke, a kutatástechnológiai szakértő keveri a törzsoldatokat, és hasznos pufferválasztási tippeket ad.

Ez a videó a Seeding Labs, egy olyan nonprofit szervezettel együttműködésben készült, amely fejlődő országok egyetemeit és kutatóintézeteit köti össze kiváló minőségű, felesleges laboratóriumi berendezésekkel, képzésekkel és szakmai cserékkel.

TAE puffer 50x Stock recept

• 242 g tris bázis kétszer desztillált H₂O-ban
  
• 57.1 ml glacial ecetsav
• 100 ml 0.5 M EDTA oldat (pH 8.0)

A térfogatot állítsuk be 1 L-re.

10x TAE recept

1L 10x oldathoz,

• 48.5 g tris
• 11.4 ml glacial ecetsav
• 20 ml 0.5M EDTA (pH 8,0)

1x TAE recept

Hígítsuk 1:10

• 0.4 M trisacetát (pH körülbelül 8.3)
  
• 0,01 M EDTA

tisztított vízzel.

TBE puffer 10x stock recept

• 108 g tris bázis

TBE puffer 10x stock recept

• 55 g bórsav
• 900 ml kétszer desztillált H₂O
• 40 ml 0.5 M EDTA oldat (pH 8,0)

A térfogatot 1 L-re állítsuk be.

1x TBE előkészítés

Hígítsuk 10x koncentrált TBE puffert 10-szeresére nagytisztaságú vízzel.

A végső oldatnak tartalmaznia kell:

• 0,13 M tris (pH 7.6)
• 45 mM bórsav
• 2.5 mM EDTA

Puffer előkészítési tippek

• Ha csapadék jelen van, hígítás előtt melegítsük 37 °C-ra és keverjük, amíg teljesen fel nem oldódik.
  
• A használat előtt ajánlott az 1x munkaoldatokat 0,2 mm-es szűrőn átszűrni.
• Az 1x munkaoldatok a csomagoláson feltüntetett lejárati dátumig használhatók szobahőmérsékleten történő tárolás mellett. Dobja ki, ha a puffer zavarossá vagy elszíneződötté válik.

TAE vs. TBE összehasonlító táblázat

	TBE puffer	TAE puffer	Jegyzetek
Pufferkapacitás	magas	alacsony	ATAE kimerül a hosszabb vagy ismételt elektroforézis során.
DNS-migráció	Lassú	Gyors	ATAE jobb vezetőképességgel rendelkezik.
Felbontás	Nagy felbontású <2KB DNS fragmentumok	Nagy felbontású >2KB DNS fragmentumok	A TBE támogatja az agaróz keresztkötést.
Enzimgátló	Igen	Nem	A TBE-borát számos enzimet gátol.
Költség	magas	alacsonyabb

Alkalmazások

A tris-acetát-EDTA (TAE) futópuffer és a trisz-borát-EDTA (TBE) a DNS-agaróz gélelektroforézishez gyakran használt pufferek, amelyek különösen hasznosak a preparatív munkák során.¹

A trisz-borát-EDTA (TBE) és a trisz-foszfát-EDTA (TPE) pufferekkel összehasonlítva a kettős szálú DNS általában gyorsabban fut a TAE-ben. Mivel azonban a TAE pufferkapacitása a három puffer közül a legalacsonyabb, a pufferkapacitás a hosszabb elektroforézis során kimerülhet. Ezt a helyzetet a puffer körforgatása vagy cseréje orvosolhatja.

TAE

Az 1x TAE puffer mind a agaróz gélben mind pedig futópufferként használható. A maximális felbontáshoz < 5 V/cm (a készülék elektródái közötti távolság) alkalmazott feszültség ajánlott.²

ATAE puffert RNS agaróz gélelektroforézisében használták.^3,4

A szabad DNS-oldat mozgékonyságának vizsgálatáról számoltak be TAE-ben különböző pufferkoncentrációkban, hozzáadott NaCl jelenlétében és hiányában.⁵

A TAE puffer használatát egy denaturáló gradiens gélelektroforézis módszerben széleskörű mutációelemzésre írták le.

TBE

A TBE puffer az 1500 bp-nál kisebb RNS- és DNS-fragmentumok felbontásához ajánlott.

A TBE mind nem denaturáló vagy denaturáló (7 M karbamid) gélekkel használható.

Rutinszerűen használják DNS automatizált szekvenáláshoz gélhez is.

Tris-borát-EDTA puffert használtak impulzusos-mezős gélelektroforézishez (PFGE). A maximális felbontás érdekében 5 V/cm-nél kisebb alkalmazott feszültség ajánlott.

Bionic Buffer a hagyományos TBE (trisz-borát-EDTA) és TAE (trisz-acetát-EDTA) elektroforézispufferek egyedülálló alternatívája. A Bionic Buffer lehetővé teszi:

• Sávfelbontás percek alatt
• A gélek 2-3x gyorsabb lefutása, mint TBE/TAE-ben
• Keményebb sávok rövidebb idő alatt
• Elővésett gélekkel való használat

Hivatkozások

1. Ogden RC, Adams DA. 1987. [8] Electrophoresis in agarose and acrylamide gels.61-87. https://doi.org/10.1016/0076-6879(87)52011-0

2. Sambrook, J, Russell, DW. 2001. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, . 3rd ed., pp. 5.8, 5.76, A1.16.. CSHL Press (Cold Spring Harbor, NY), .

3. Loening U. 1967. The fractionation of high-molecular-weight ribonucleic acid by polyacrylamide-gel electrophoresis. 102(1):251-257. https://doi.org/10.1042/bj1020251

4. Masters DB. 1992. High sensitivity quantification of RNA from gels and autoradiograms with affordable optical scanning. Biotechniques. 12(6):902-906, 908-911.

5. Stellwagen E, Stellwagen N. 2002. The free solution mobility of DNA in Tris-acetate-EDTA buffers of different concentrations, with and without added NaCl. Electrophoresis. 23 (12):1935-1941.

6. Hayes V. 1999. Improvements in gel composition and electrophoretic conditions for broad-range mutation analysis by denaturing gradient gel electrophoresis. 27(20):29e-29. https://doi.org/10.1093/nar/27.20.e29