Plazmid terméknómenklatúra

A SnapFast rendszer egy sokoldalú plazmidklónozási platform, amely funkcionális DNS-szekvenciák széles választékát biztosítja könnyen klónozható formátumban. Jelenleg több száz előre megtervezett DNS-szekcióval rendelkezünk, amelyek könnyen beépíthetők plazmidjaink kínálatába, vagy átvihetők azok között. Ez az oldal a rendszerben használt nomenklatúra rövid magyarázatát tartalmazza, hogy a nevek alapján megállapíthassa, mi található az egyes plazmidokban. 

 

Komponensek nomenklatúrája

A rendszerben található összes plazmid neve a bennük található DNS-szekciókat tükrözi.

Backbone		Minden inzertet ugyanabban a plazmid backbone-ban, az úgynevezett pSF-Core-ban forgalmazunk. Ez az első információ a névben.
Promoter		A második információ bármely plazmid nevében mindig a promóter, például a pSF-SV40 az SV40 promótert tartalmazza.
N-terminális címkék		Ha egy kódoló szekvenciát (például egy peptidcímkét) úgy terveztek, hogy egy gén 5' végéhez fuzionálják, akkor azt "NH2"-ként fogják jelölni, hogy tükrözze, hogy a lefordított fehérje melyik végéhez fuzionálják. Például a PSF-CMV-NH2-His-EKT1 esetében a CMV promóter egy hisztidin-affinitási tag (His) kódoló szekvenciáját hajtja az enterokináz (EKT) proteáz hasító tag és az azt követő MCS előtt.
C-terminális címkék		Ha egy kódoló szekvenciát (például egy peptidcímkét) úgy terveztek, hogy egy gén 3' végéhez fuzionálják, akkor azt "COOH"-ként fogják jelölni, hogy tükrözze, hogy a lefordított fehérje melyik végéhez fuzionálják. Például a PSF-CMV-COOH-EKT-His tartalmazza a CMV promótert, amelyet a többszörös klónozási hely, majd az enterokináz (EKT) proteáz hasító tag kódoló szekvenciája követ, amelyet egy hisztidin-affinitási tag (His) kódoló szekvenciája követ.
Keretek és fúziók	Az 1, 2 vagy 3 utótaggal ellátott plazmidok a plazmidba beillesztett bármely kódoló szekvencia keretére utalnak, és referenciapontot biztosítanak, amelyből a kívánt plazmidot kiválaszthatja.

Termékterminológia

	NH2	N-terminális tag, amelyet a fő MCS elé kell beilleszteni, és a kifejezett fehérje N-terminusához kell fuzionálni.
COOH	C-terminális tag, amelyet a fő MCS után kell beilleszteni, és az Ön által expresszált fehérje C-terminusához kell fuzionálni.
SP	Szekréciós szignálpeptid.
EKT	Egy enterokináz hasítócímke , amelyet a tisztított fehérjéről történő lehasításhoz használnak, és amelynek aminosav szekvenciája DDDDK (a FLAG címkében található).
V5	A GKPIPNPLLGLDST aminosav szekvenciával rendelkező epitóp sztring.
C-Myc	Egy Epitop sztring az EQKLISEEDL aminosav szekvenciával.
FLAG	A DYKDDDDK aminosav szekvenciájú Epitop karakterlánc.
HA	Az influenzavírusból származó epitópcímke az YPYDVPDYA aminosavsorrenddel.
GST	A Glutation-S-transzferázt kódoló és glutationhoz kötődő peptidcímke.
MBP	Maltózkötő fehérjét kódoló és maltózhoz kötődő peptidcímke.
HIS	Egy peptidcímke, amely egy hisztidin-maradékokból álló sorozatot kódol és nikkelhez kötődik.
P2A	Autokatalitikus proteáz peptid, amely önmagán belül GSGATNFSLLKQAGDVEENPGP-re vág. A hasítás az utolsó előtti glicin és a végső prolin között történik.
IRES	Belső riboszóma-kötőhely, általában vagy az encephalomyocarditis vírusból (EMCV) vagy a száj- és körömfájás vírusból (FMDV).
MCS	Multiple klónozási hely vagy polilinker
IRES PciI	Egy IRES, amelyben egy PciI-hely (ACATGT, startkódon félkövérrel) a megfelelő helyre került, hogy lehetővé tegye a fehérje transzlációját. Referenciaként: az NcoI, PciI, BspHI emésztés után mind kompatibilis kohéziós végekkel rendelkezik.
NH2 1,2 vagy 3	A termék nevében használt jelölések a kérdéses kódoló szekvencia olvasási keretére utalnak. Az 1 jelöléssel ellátott valamennyi NH2 kódoló szekvencia (N-terminális fehérjecímke) az NcoI-helyen lévő startkódonnal együtt a keretben van. A 2-vel jelöltek mindegyike egy bázissal, a 3-mal jelöltek pedig két bázissal vannak a keretben ugyanezzel a kodonnal.
COOH 1, 2 vagy 3	A termék nevében használt jelölések a szóban forgó kódoló szekvencia olvasási keretére utalnak. Az 1 jelöléssel ellátott valamennyi COOH kódoló szekvencia (C-terminális fehérjecímke) az XbaI-helyen lévő stop-kódonnal (amely minden C-terminális fúziós szekvenciát tartalmazó vektorban le van ablálódva) egy keretben van. A 2-vel jelöltek mindegyike egy bázissal a kereten kívül van, és a 3-mal jelöltek mindegyike két bázissal a kereten kívül van ugyanezzel a kodonnal.