K dosažení našeho závazku 100% kontroly kvality využíváme dva typy MS: MALDI-TOF MS (matricová laserová desorpce/ionizace v čase letu) a ESI-MS (ionizace elektrosprejem). Každý typ má své výhody a nevýhody. Naše různá výrobní pracoviště používají buď jeden, nebo oba typy přístrojů v závislosti na povaze sekvencí, které jsou převážně syntetizovány
MALDI-TOF MS
.MALDI-TOF MS používá laserové světlo ve spojení s chemickou matricí k ionizaci vzorku a následně urychluje ionty letovou trubicí k detektoru, který měří počet částic v závislosti na čase (obrázek 1). TOF je přímo úměrná hmotnosti molekuly a má rozlišení přibližně 0,03 %, tj. +/- 3 Da u oligonukleotidu o hmotnosti 10 kDa.
Obrázek 1.MALDI-TOF MS pracuje pomocí laseru.
MALDI-TOF MS se ideálně hodí pro požadavky na vysokou propustnost, např. základní PCR primery, kdy je zásadní rychlost přepravy. Ačkoli se jedná o výkonnou a účinnou technologii pro charakterizaci oligonukleotidů o délce menší než 50 bází, MALDI-TOF MS má tu nevýhodu, že účinnost ionizace, a tedy i rozlišení postupu, se u sekvencí větších než 50 bází (>13 kDa) rychle snižuje. Kromě toho by laserový zdroj používaný ke generování náboje mohl být škodlivý pro analýzu modifikovaných oligonukleotidů, které jsou citlivé na světlo. ESI-MS lze využít k obejití těchto omezení.
ESI-MS
Aplikace vyžadující oligonukleotidy větší než 50 bází, např. syntéza genů, zvýšily potřebu přístrojů, které by tyto molekuly přesně charakterizovaly. Metodou volby pro tyto oligonukleotidy je ESI-MS (obrázek 2). Cílové molekuly jsou ionizovány do více nábojových stavů, čímž vzniká průběh, který lze dekonvolutovat na mateřské píky. Protože se u iontů mění pouze stav náboje, lze touto metodou analyzovat oligonukleotidy s vysokou molekulovou hmotností. Navíc díky přirozeně mírnějším podmínkám ionizace je tato analytická technika skvělým nástrojem pro analýzu labilních sloučenin, např. reportérových a zhášecích barviv používaných v duálně značených sondách. Systémy ESI-MS mají také hmotnostní rozlišení přibližně 0,03 %, tj. +/- 3 Da na 10 kDa oligonukleotidu. Pro srovnání vyhovujících a nevyhovujících spekter ESI-MS, obrázek 3. Srovnání MALDI-TOF vs. ESI, tabulka 1.
Srovnání MALDI-TOF vs. ESI, tabulka 1.
Obrázek 2.ESI-MS funguje prostřednictvím rozprašovací komory.
Obrázek 3. Srovnání vyhovujících a nevyhovujících MS spekter.Hmotnost je na ose x.
Závěr
K hodnocení každého oligonukleotidu používáme hmotnostní spektrometrii MALDI-TOF nebo ESI-MS. V případě potřeby další pomoci se obraťte na naši skupinu technických služeb na adrese [email protected].
Abyste mohli pokračovat ve čtení, přihlaste se nebo vytvořte účet.
Nemáte účet?