03-310

SHAPE In-vivo-Reagens für die RNA-Strukturanalyse in Lebendzellen

permits the analysis of RNA structure in living cells

• Synonym(e): SHAPE-Reagenz
• UNSPSC-Code: 12161503
• eCl@ss: 32161000
• NACRES: NA.32

Eigenschaften

• Qualitätsniveau: 100
• Form: liquid
• Hersteller/Markenname: Upstate^®
• Konzentration: 2 M
• Methode(n): activity assay: suitable (reverse transcriptase)
• Versandbedingung: dry ice

Beschreibung

Allgemeine Beschreibung

Merkmale und Vorteile

• Gebrauchsfertige RNase-freie Lösung
• Die geringe Toxizität ermöglicht den Gebrauch mit lebenden Zellen
• Hohe Zellpermeabilität für eine schnelle RNA-Modifikation
• Reagiert ohne Präferenz mit allen RNA-Nukleotiden für eine hochauflösende Kartierung

Das In-vivo-SHAPE-Reagens wird für die Bestimmung der RNA-Struktur verwendet. Das Reagens enthält eine reine Form von 2-Methylnikotinsäureimidazolid (NAI). Diese Verbindung bildet 2’-O-Addukte an einzelsträngigen Regionen von RNA, die durch SHAPE (Selective 2’-hydroxyl acylation analyzed by primer extension) nachgewiesen werden.

Im Gegensatz zu anderen Reagenzien, die für das SHAPE-Verfahren verwendet werden, wird das NAI–-basierte In-vivo-SHAPE-Reagens schnell in die Zellen aufgenommen und wird für eine geringe Toxizität formuliert, was es ideal für die Verwendung mit lebenden Zellen macht. Anders als andere Reagenzien, die für die SHAPE-Analyse verwendet werden, reagiert das In-vivo-SHAPE-Reagens ohne Präferenz mit allen vier RNA-Nukleotiden. Die Kombination aus geringer Toxizität, schneller Aufnahme und fehlender Nukleotid-Präferenz ermöglicht eine RNA-Strukturanalyse mit hoher Auflösung in verschiedenen lebenden Systemen.

Das Falten zu Strukturen höherer Ordnung ermöglicht es RNA innerhalb von lebenden Zellen zu arbeiten und dynamische Komplexe mit Effektorproteinen zu bilden. Diese 3D-Strukturen vorherzusagen ist eine Herausforderung. Daher wurde eine Reihe von Prüftechniken zur Untersuchung der RNA-Faltung entwickelt.

Verbindungen wie 2-Methylnikotinsäureimidazolid (NAI) die im In-vivo-SHAPE-Reagens enthalten sind, führen zur Bildung von 2-O-Addukten. Diese Addukte bilden sich schnell auf einzelsträngiger, nicht gepaarter RNA und wesentlich langsamer auf Basenpaar-RNA (doppelsträngige RNA). Modifizierte RNA kann anschließend durch Primer-Verlängerung analysiert werden. Modifizierte Nukleotide werden durch RNA-abhängige DNA-Polymerasen nicht verlängert, wodurch Modifikationsstellen nachgewiesen werden können.

Komponenten

2-Methylnikotinsäureimidazolid (NAI) in DMSO

Qualität

Die Reinheit der NAI-Verbindung wird durch HPLC geprüft.

Physikalische Form

0,5-ml-Fläschchen mit 2 mol/l NAI (Reinheit: >97 %) in DMSO-Lösung

2 mol/l NAI in DMSO

Lagerung und Haltbarkeit

Lagern Sie NAI bei -20 °C in einem nicht-frostfreien Gefrierschrank und vor Licht geschützt. Bei korrekter Lagerung (vor Licht geschützt und unter Vermeidung häufiger Einfrier-/Auftauzyklen) ist dieses Produkt ab Empfangsdatum bis zu 6 Monate haltbar.

Rechtliche Hinweise

UPSTATE is a registered trademark of Merck KGaA, Darmstadt, Germany

Haftungsausschluss

Sofern in unserem Katalog oder anderen Begleitdokumenten unserer Produkte nicht anders angegeben, sind unsere Produkte nur für Forschungszwecke vorgesehen und nicht für andere Zwecke zu verwenden, einschließlich, jedoch nicht beschränkt auf unautorisierte kommerzielle Verwendung, zur In-vitro-Diagnostik, für Ex-vivo- oder In-vivo-Therapiezwecke oder jegliche Art der Einnahme oder Anwendung bei Menschen oder Tieren.

Sicherheitshinweise

• Lagerklassenschlüssel: 10 - Combustible liquids
• WGK: WGK 3