Újgenerációs szekvenálás
Az újgenerációs szekvenálás (NGS) egy olyan fogalom, amely tágan értelmezve számos kapcsolódó technológiát foglal magában, amelyek lehetővé teszik egy szervezet kiválasztott régiójának vagy teljes genomjának tömegesen párhuzamos vagy mély szekvenálási lefedettségét. A genomikai alapú kutatások tudományágán belül nélkülözhetetlen szekvenálási technológiák már évtizedek óta léteznek. Az NGS vagy a tömegesen párhuzamos DNS- és RNS-szekvenálási technológiák folyamatos fejlődése azonban a kutatók számára az egész genomra kiterjedő szekvenálási lefedettség és az adatelemző eszközök növekedését biztosította, miközben a költségek gyorsan csökkentek. Az NGS alkalmazásai túlmutatnak a teljes genomelemzésen, mivel jelentős hatással van az alapvető genomikai és a betegségkutatás legújabb eredményeire.
Kapcsolódó műszaki cikkek
- Az újgenerációs szekvenálási (NGS) platformtól függetlenül univerzális és index adapterszekvenciákra van szükség a mintadarabok megfelelő összeállításához.
- MISSION siRNA Negative Controls ensure mRNA knockdown efficiency baseline; tested in human, rat, and mouse cells, designed without gene homology.
- MISSION Positive Control siRNA, validated for siRNA silencing experiments, saves time in gene silencing research.
- Explore the essential role of water in next-generation sequencing for accurate and efficient genomic analysis
- Mindent látni (19)
Kapcsolódó protokollok
- Az izzítás két egyszálú, komplementer szekvenciájú oligonukleotid melegítésének és hűtésének folyamata.
- SeqPlex DNA Amplification Kit enables NGS from small or degraded DNA quantities for whole genome amplification.
- The SeqPlex RNA Amplification kit provides a method for amplification of total RNA or isolated mRNA prior to entry into the workflows of the commonly used deep sequencing platforms.
- GenomePlex® is a Whole Genome Amplification (WGA) method that allows the researcher to generate a representative amplification of genomic DNA
- WTA2, a Whole Transcriptome Amplification (WTA) method, allows for representative amplification of nanogram quantities of total RNA in less than 4 hours without 3-bias
- Mindent látni (6)
További cikkek és protokollok keresése
NGS-módszerek áttekintése
Míg az NGS módszertana és reagensek folyamatosan fejlődnek, ma már számos NGS-rendszer áll a kutatók rendelkezésére. Az általánosan használt platformok az NGS munkafolyamat több kritikus lépését foglalják magukban, beleértve a minta- vagy könyvtár-előkészítést, a fürtgenerálást, a szekvenálást és az adatelemzést. A mintaelőkészítés jellemzően DNS-amplifikációt vagy szekvencia-linkerek vagy adaptorok hozzáadását jelenti. Az egyes DNS-szekvenciák klasztergenerálása akkor történik, amikor a kovalensen kapcsolt linkert tartalmazó DNS hibridizálódik egy szilárd felületre a híd PCR-amplifikációhoz, vagy alternatív módszerekkel, például emulziós PCR-rel. Ezenkívül számos DNS-szekvenálási módszer létezik, beleértve a ligálással történő szekvenálást, a szintézissel történő szekvenálást, a piroszekvenálást és az ionos félvezető szekvenálást. Minden szekvenálási módszer különböző reakciólépéseket és kémiai eljárásokat tartalmaz, amelyek végső soron meghatározzák az egyes szekvenciák hosszát (olvasási hossz), a hibaarányt és a reagensek költségét.
Analytical Approaches for NGS Data Analyses
Az összes NGS-munkafolyamat utolsó eleme a szekvenálást követő kritikus adatelemzési lépés. Miközben minden NGS-platform és munkafolyamat hatalmas mennyiségű, számítógépen rögzített digitális információt állít elő, a nyers adathalmazt bioinformatikusoknak kell elemezniük, a folyamatosan növekvő számú analitikai eszközzel, például a Bowtie, a Galaxy és sok más olvasat-illesztési és térképezési eszközzel. Az NGS-technológiák terén elért számos fejlesztés számos tudományterület összeolvadásából származik, amelyek célja az ilyen nagy adathalmazok elemzésének és értelmezésének fejlesztése és optimalizálása. A konkrét alkalmazási igényektől függően a kutatók ma már teljes genomok, exomok vagy transzkriptomok szekvenálására használhatják ezeket a nagy teljesítményű eszközöket az alap- és betegségkutatási vizsgálatokhoz.
Az olvasás folytatásához jelentkezzen be vagy hozzon létre egy felhasználói fiókot.
Még nem rendelkezik fiókkal?