Egyedi Next-Gen szekvenálási oligók

Bővebben

• Next-Gen Sequencing Oligos Specifications
• Funkcionális minőségellenőrzés
• Más Ngs-oligonukleotidok
• Más Ngs-oligonukleotidok
• Terméklisták

Függetlenül az újgenerációs szekvenálási (NGS) platformtól, a mintafragmentek megfelelő összeállításához univerzális és index adapterszekvenciákra van szükség. A túl nagy arányban csonka szekvenciákat (elfogadhatatlanul alacsony tisztaság) vagy túl nagy arányban más adapterszekvenciákat (túlzott keresztszennyeződés) tartalmazó adapterek - különösen az indexadapterek, mivel ezek tartalmazzák a MID-et (multiplex azonosítót) vagy a vonalkódot - a multiplexelési kísérletek során a szekvenciaolvasás integritásának sérüléséhez (túlzott adapter dimerizáció is), illetve a szekvencia nem megfelelő összeállításához vezethetnek. Az ilyen típusú problémák az adatelemzési szakaszig nem észlelhetők, ami idő- és pénzköltségessé teszi őket.

Ezért az adapterszekvenciák előállítási folyamata kritikus fontosságú a sikeres szekvenálási futtatás szempontjából. Egyedi Next-Gen Sequencing Oligos (NGSO) szekvenáló oligóinkat szigorú körülmények között gyártjuk, hogy megfelelő tisztaságot és alacsony keresztkontaminációt biztosítsunk a kutatási, kereskedelmi és molekuláris diagnosztikai igények kielégítése érdekében, kiküszöbölve az adapter minőségében hibásan működő, sikertelen szekvenálási futtatásokat.

Az alábbi táblázat segítségével döntse el, hogy a három lehetőség közül melyik felel meg az Ön igényeinek. Az elsődleges kiválasztási kritériumnak annak kell lennie, hogy a minőségirányítási rendszerrel (ISO 9001 a kutatási és kereskedelmi igények esetében; ISO 13485 a molekuláris diagnosztikai igények esetében) együtt melyik keresztszennyeződési plafon az elfogadható. Kétség esetén az Illumina műszerekhez az NGSO-Gold, a Thermo Fisher (Ion Torrent™) műszerekhez pedig az NGSO-Silver készüléket válassza.

Next-Gen Sequencing Oligos Specifications
Opció	NGSO-Bronze	NGSO-Silver	NGSO-Gold
Keresztes szennyeződés1	<2%/li>	<1%	<0.25%
Skála & Minimális hozam2	0.05 µmol (1 - 3 OD) 0,2 µmol (3 - 8 OD) 1.0 µmol (9 - 13 OD) Érdeklődjön a nagyobb méreteknél	0.2 µmol (10 nmol vagy 2 - 6 OD a szekvencia hosszától függően) Nagyobb méretarányok esetén érdeklődjön	0.2 µmol (3 - 8 OD) 1.0 µmol (9 - 13 OD) Vagy, végső hozamok: 25, 50, 100, 250 & 500 nmol Vagy, mg-os mennyiségek esetén érdeklődjön
Tisztaság	70-85%	65-80%	85-95%
Szekvencia Hossz	10 - 80 bázis	10 - 60 bázisok	10 - 80 bázisok
Módosítások	5'-foszfát foszforotioát 5-Me-dC	5'-foszfát Foszforotioát 5-Me-dC	5'-Foszfát Foszforotioát 5-Me-dC
Formátum	Szárazan, csövekben	Szárazan, oldatban, csövekben vagy 96 lyukú lemezekben Standard: 100 µM vízben, TE (10 mM Tris, pH 7.5-8.0, 1 mM EDTA ), or Tris (10 mM Tris-HCl, pH 8.0) Inquire: 30-150 µM vízben vagy 30-130 µM TE / Tris pufferben Keverés elérhető: Yes Duplexing Available: Nem	Szárazan vagy vízben / pufferben csövekben szállítjuk. (pooling & aliquoting is rendelkezésre áll)
b>Platform Kompatibilitás	Illumina, Thermo Fisher (Ion Torrent™), & PacBio™	Thermo Fisher (Ion Torrent™)	Illumina, Thermo Fisher (Ion Torrent™)	Illumina, Thermo Fisher (Ion Torrent™)), & PacBio™
minőségellenőrzés	100%-os tömegspektrometria Analitikai HPLC rendelkezésre áll Az analitikai tanúsítvány br /> rendelkezésre áll	100% tömegspektrometria Analitikai HPLC rendelkezésre áll Az analitikai tanúsítvány rendelkezésre áll	100%-os tömegspektrometria Analitikai HPLC áll rendelkezésre Elemzési tanúsítvány áll rendelkezésre
minőség menedzsment rendszer	ISO 9001	ISO 9001	ISO 13485
Típusos alkalmazások	Célzott szekvenálás kiválasztott gének vagy panelek	SNP genotipizálás &; variánsok detektálása	Kereskedelmi készletek gyártása

¹Az értékeket független forrásokból határozták meg, amelyek ilyen eljárással gyártott adaptereket használtak. A multiplex szekvenálást Illumina eszközökkel végeztük.
²A várt hozamok 20 bázisú vagy hosszabb oligonukleotidokra érvényesek.

Funkcionális minőség-ellenőrzés

Az NGSO-Bronze, az Ezüst és az Arany olyan technológiai validálásokon ment keresztül, amelyek biztosítják, hogy mindegyik adapter a fenti táblázatban szereplő határértékek alatti keresztszennyeződési szintet biztosít. A szállítás előtt azonban az NGSO-adapterek rutinszerűen nem esnek át funkcionális tesztelésen az NGS-szel a tényleges keresztszennyeződési értékek biztosítása érdekében. Ha szeretné az adapterek funkcionális minőségellenőrzését NGS segítségével, kérjük, küldje el a követelményeket. Elvégzünk egy megvalósíthatósági értékelést (ez magában foglalja az Önnel való konzultációt a protokollt illetően), és ha lehetséges, árajánlatot adunk az árképzéssel és a becsült befejezési határidővel. A vizsgálatokat Illumina műszerekkel végezzük.

Más NGS oligonukleotidok

A főbb szekvenáló platformok az adaptereken kívül gyakran más típusú oligonukleotidokat is igényelnek a munkafolyamat további lépéseihez, pl.pl. amplifikációs primerek (1. ábra). Ezeknek az egyéb oligonukleotidoknak nem kell megfelelniük ugyanannak az alacsony keresztkontaminációs határértéknek, mint az adaptereknek; ezért standard Custom DNS oligóként is megrendelhetők.

1. ábra. Egy általános következő generációs szekvenálási munkafolyamat és a szükséges oligonukleotidok.

Az oligonukleotidok funkciója alapján azonban bizonyos tisztításokat ajánlunk, amint azt a táblázat mutatja.

A nem-adapteres újgenerációs oligonukleotidok ajánlott tisztítása
Platform	Az újgenerációs oligonukleotidok tisztítása	Illumina	Thermo Fisher (Ion Torrent™)	PacBio™
Amplifikációs primerek	Cartridge vagy HPLC	Nem áll rendelkezésre	Nem alkalmazható
Célpont befogására szolgáló szondák
Target Capture Probes	HPLC	HPLC	HPLC	HPLC	HPLC
Blokkoló oligók	HPLC	HPLC	HPLC
Szekvenáló primerek	Cartridge vagy HPLC	HPLC	Nem alkalmazható	Cartridge vagy HPLC
Multiplexáló primerek	Nem alkalmazható	Nem alkalmazható	Cartridge vagy HPLC

Kattintson itt ezeknek a további, egyedi, következő generációs szekvenálási oligonukleotidoknak a megrendeléséhez.