Funkcionális genomikai szűrés
A funkcionális genomika lehetővé teszi a génfunkció és a biokémiai, sejtszintű és fiziológiai útvonalakban való részvétel felfedezését. A teljes genomszekvenciák elérhetősége, valamint a genom módosítására szolgáló, könnyen programozható eszközök lehetővé teszik, hogy ezeket az elemzéseket genom-szerte elvégezzük. A genomikai szűrővizsgálatok alapvető célja egy adott fenotípus kialakulásának megértése a génfunkció célzott, célzott módosításával. Ha egy sejtben vagy szervezetben egyes géneket törlünk vagy módosítunk, a fenotípusban vagy a viselkedésben bekövetkező változások közvetlenül vagy közvetve, gondosan megtervezett kísérletekkel megfigyelhetők. A funkcionális genomikai szűrés lehetővé teszi, hogy ezt az elemzést szisztematikusan és párhuzamosan végezzük el, így bonyolult útvonalakat és betegségállapotokat deríthetünk fel, és megkönnyíthetjük az új gyógyszercélpontok azonosítását.
A funkcionális genomika két alapvető módon képes összekapcsolni a genetikát a fenotípussal. Az előremenő genetikai szűrés során számos gént módosítanak, kiválasztják a kívánt fenotípussal rendelkező sejteket vagy szervezeteket, majd azonosítják azokat a géneket, amelyek módosítása kiváltotta a fenotípusos változást. A fordított genetikai szűrés a sejtek vagy organizmusok fenotípusát elemzi egy adott gén vagy génkombináció megszakítását követően.
Kapcsolódó műszaki cikkek
- Methods for lentiviral transduction of Jurkat cells were compared. Spinoculation was compared with overnight incubation with polybrene (hexadimethrine bromide) and fibronection-coated plates.
- CRISPR lentiviral screening libraries, partnered with 10x Genomics, offer powerful research tools for pooled screening.
- esiRNA are endoribonuclease prepared siRNAs that target the same mRNA sequence for gene silencing. Here are some of the most asked questions regarding esiRNA uses and availability.
- Genome-wide screening with optimized gRNAs per gene ensures specific and efficient knockout, controlling time and cost.
- Az érett mikroRNS-ek különböző mechanizmusokon keresztül szabályozzák a génexpressziót; részben komplementer az mRNS-molekulákhoz, lefelé szabályozva a génexpressziót.
- Mindent látni (16)
Kapcsolódó protokollok
- X-tremeGENE™ siRNA Transfection Reagent Protocol & Troubleshooting
- Lentiviruses represent a powerful tool in research applications to transduce a wide range of cell types.
- Learn about CRISPR Cas9, what it is and how it works. CRISPR is a new, affordable genome editing tool enabling access to genome editing for all.
- Detailed procedure for how to perform a lentiviral transduction of MISSION shRNA lentiviral particles to achieve a stable long term silencing and phenotypic change.
- Determine optimal antibiotic concentration for stable cell lines, ensuring efficient selection in transduced cells.
- Mindent látni (5)
További cikkek és protokollok keresése
A génszerkesztés, a géncsendesítés, a génmoduláció, az újgenerációs szekvenálás (NGS) és a fenotípusos szűrési technológiák fejlődése lehetővé teszi a funkcionális genomikai szűrések hatékony végrehajtását a legkülönbözőbb modellrendszerekben.
- RNS-interferencia (RNSi): A géncsendesítéshez többféle RNAi-reagens alkalmazható, többek között hosszú, kettős szálú RNS (dsRNS), szintetikus kis interferáló RNS (siRNS) és rövid hajtű RNS (shRNS). Ezeket az RNSi-reagenseket a sejtekbe a moduláló faktor (siRNS-ek és dsRNS-ek) közvetlen transzfekciójával, promótervezérelt shRNS-t kódoló DNS transzfekciójával vagy vírusos transzdukciós módszerekkel, klónozott shRNS-kazettákat tartalmazó lentivirális konstrukciókkal juttatjuk be. A dsRNS és a siRNS tömbösített képernyőkben használható nagy áteresztőképességű szűrés céljából, míg a shRNS-ek tömbösített vagy összevont képernyőkben juttathatók be a sejtpopulációkba nagy áteresztőképességű elemzés céljából, az összevont képernyőkben pedig a következő generációs szekvenálást (NGS) használják a dekonvolúcióhoz.
- CRISPR-Cas rendszerek: A CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat) rendszerek az emlőssejtek genomjának, transzkriptomjának és epigenomjának manipulálására használhatók. A CRISPR-Cas9 génszerkesztés során a Cas9 nukleáz egy vezető RNS segítségével egy adott lókuszra irányul. Az alkalmazott Cas9 variánstól függően a CRISPR használható a transzkripció termelésének genetikai elhallgattatására frameshift mutációk bevezetésével, a transzkripciós gépezet elfojtásával, transzkripciós faktorok toborzásával az expresszió aktiválásához, célzott pontmutációk indukálásával vagy epigenetikai markerek módosításával. Az RNSihez hasonlóan a CRISPR-t közvetlenül RNP-komplexként lehet bevezetni a tömbösített szűrésekben, vagy plazmid DNS-ként vagy lentivírusként az összevont és tömbösített szűrési alkalmazásokban. A CRISPR-poolok, -könyvtárak és -tömbök megkönnyítik a gének kivételesen sokoldalú, nagy áteresztőképességű szűrését funkcionális elemzés céljából. A genommodulációs szűrés is lehetséges egy nukleázmentes CRISPR rendszerrel, amely enzimatikusan inaktív dCas9-et használ transzkripciós effektorokkal kombinálva, amelyek vagy aktiválják (CRISPRa) vagy gátolják (CRISPRi) a génátírást, ami a génexpresszió növekedéséhez vagy csökkenéséhez vezet.
Az olvasás folytatásához jelentkezzen be vagy hozzon létre egy felhasználói fiókot.
Még nem rendelkezik fiókkal?