Oligonukleotid GYIK
Az oligonukleotidok rövid DNS- vagy RNS-molekulák, amelyeket genetikai vizsgálatokban, kutatásban és törvényszéki vizsgálatokban használnak. Az egyedi oligókat foszforamidit-kémiával szintetizáljuk.
Az ügyfélszolgálati képviselőink és a műszaki szolgálat tudósai szívesen válaszolnak az oligonukleotidokkal kapcsolatos bármilyen kérdésére. Azonban lehet, hogy az egyedi oligoszintézis szolgáltatásunkkal kapcsolatban leggyakrabban feltett kérdések között megtalálja a választ, amire szüksége van.
OLIGOSZINTÉZIS
Hogyan szintetizálják az oligonukleotidokat?
Az oligonukleotidokat foszforamidit-kémia segítségével szintetizálják. Szintézisünk módszereiről részletesen DNS-oligonukleotid-szintézis című cikkünkben olvashat.
OLIGO HOSSZÚ
Melyik a leghosszabb szekvencia, amelyet megrendelhetek?
A standard DNS-oligók 120 bázisig kaphatók. A hosszú oligók - amelyek specifikációja a standard DNS-oligókhoz képest korlátozottabb - azonban 180 bázisig kaphatók. A részletekért kérjük, tekintse át Long Oligos ajánlatunkat.
Melyik a legrövidebb szekvencia, amelyet megrendelhetek?
A standard DNS-oligók már 6 bázistól is elérhetők. Ha 6 bázisnál kevesebbre van szüksége, kérjük, forduljon a dnaoligos@sial.com címre megvalósíthatósági értékelésért/ajánlatért.
EGYEDI MÓDOSÍTÁSOK
Az oligonukleotidom 5' vagy 3' végén van foszfát?
Minden oligonukleotidot úgy szintetizálnak, hogy mindkét végén van egy hidroxilcsoport. Foszfátot azonban mindkét véghez hozzá lehet adni. Kérjük, adja hozzá ezt a módosítást a szekvenciához az online rendelési konfigurátorban vagy az e-mailes rendelési sablonban. A foszfát kódja [Phos], és a szekvenciában így néz ki:
[Phos]ACGTACGTACTACGTACGT[Phos]
Milyen módosítások állnak rendelkezésre?
A kategóriánként elérhető standard módosítások (fluoreszcens, csatolás, kötés, spacer, analóg, interkaláció, antisense és foszforotioát) megtalálhatók a Custom DNA Oligos Modifications oldalon. Ha nem látja a kívánt módosítást, jó esély van rá, hogy még mindig tudunk vele dolgozni, különösen, ha kereskedelmi forgalomban kapható CPG, foszforamidit vagy NHS-észter formájában.
Ha kereskedelmi forgalomban nem kapható, akkor van rá esély, hogy nyersanyagként le tudjuk gyártani az Ön módosítását (a megvalósíthatóság érdekében kérjük, küldjön e-mailt dnaoligos@sial.com az igényeinek leírásával; gyakran legalább 25 000 $-os költség és hat hónapos átfutási idő szükséges).
A szekvenciám tervezésekor hová helyezzem el a módosításokat?
Ez a tervezett technika és alkalmazás követelményeitől függ. Például egy qPCR-szonda esetében az 5' riporterfesték és a 3' quencher standardnak tekinthető, a leggyakrabban kért és jól működő szekvencia. Néhány felhasználó azonban különböző okokból belső fojtóanyagot igényelhet, amelyet kérésre esetleg le tudunk gyártani. Az AT-gazdag régiókkal rendelkező célpontok miatt rövidebb szekvenciahosszúságot igénylő qPCR-szondák esetében LNA® (Locked Nucleic Acid®) belsőleg adható hozzá. A módosítások elhelyezésével kapcsolatos segítségért kérjük, forduljon műszaki szolgáltatási csapatunkhoz a oligotechserv@sial.com címen.
Kínálnak alternatív festékeket a szellemi tulajdonjogok által védett festékek helyett?
Igen, ha az oligonukleotidjait kereskedelmi forgalomba kívánja hozni, érthető, hogy olyan festékeket szeretne, amelyek szabadságot biztosítanak a működéshez. Kérjük, vegye fel a kapcsolatot műszaki szolgáltatási csapatunkkal a oligotechserv@sial.com címen, és mi meghatározzuk, hogy milyen alternatívák állnak rendelkezésre az Ön által lecserélni kívánt festékekre.
OLIGO PURITY
Milyen tisztítási módszerek állnak rendelkezésre és milyen garantált tisztaságúak?
Az általunk kínált módszerek és garantált tisztaságok a következők: deszalt (nincs garancia), patron (nincs garancia, de 65-80%-os teljes hosszúságú szekvencia jellemző), RP-HPLC (fordított fázisú nagy teljesítményű folyadékkromatográfia, >85%-os teljes hosszúságú szekvencia) és PAGE (poliakrilamid gélelektroforézis, >95%-os teljes hosszúságú szekvencia). Bár ritkábban kérik, IE-HPLC-t (ion-[pontosabban, anion]-cserélő HPLC, kérjük, érdeklődjön a garantált teljes hosszúságú szekvencia iránt) is kínálunk. Végül, NGSO-t (Next-Gen Sequencing Oligos) is kínálunk, amelyek szabadalmaztatott eljárásokkal tisztított egyedi adapterek, amelyek célja, hogy a lehető legalacsonyabb szintre csökkentsék a keresztkontaminációt. Tisztítási módszereink részletei Oligonukleotid tisztítás című cikkünkben találhatók.
Miért tűnnek szélesnek a foszforotioát oligonukleotidok analitikai HPLC-kromatogramjai?
A kén jelenléte sztereogén α-foszfort hoz létre, és a keletkező diasztereomerek kromatográfia során finoman eltolódott elúciós idővel rendelkeznek. A probléma részleteit Foszforotioát-oligonukleotidok kromatográfiás profilelemzése című cikkünkben találja.
OLIGÓK MENNYISÉGÉNEK MEGHATÁROZÁSA
Hogyan határozza meg a mennyiséget?
Az oligók mennyiségének meghatározásához a következő módszert használjuk: 1) mérjük az A260 értékeket UV-Vis spektrofotométerrel; 2) az abszorbanciaértéket a Beer-Lambert-törvény segítségével koncentrációra konvertáljuk; 3) a koncentrációt az optikai sűrűség (OD) szokásos mértékegységére konvertáljuk. A módszer részletei és példaszámítások a Oligonukleotidok mennyiségi meghatározása című cikkünkben találhatók.
Ha a 0,2 µmol skálát rendelem, akkor 0,2 µmol anyagot fogok kapni?
Nem, mert a szállított anyag mennyisége mindig kevesebb, mint a kiindulási szintézisskála (pontos anyagmennyiséget kérhet, szemben a kiindulási szintézisskála szerinti rendeléssel). Ennek oka, hogy az egyes bázisok közötti kapcsolási hatékonyság <100%. Ezen kívül a hasítás, a védővédelem-mentesítés és a tisztítás tovább csökkenti a hozamot (lásd a "Yield" című részt alul a DNS-oligonukleotid-szintézis cikk további részletekért). A minimális hozamgaranciákért kérjük, tekintse meg a Standard DNS-oligok ajánlatunkat.
OLIGO FORMÁTUMOK
Miért nem látok semmilyen anyagot az edényben (csőben/lemezkútban)?
Eltérő rendelkezés hiányában minden oligonukleotidot szárazon szállítunk. Ha a csövet / tányért megfelelő szögben fénybe tartja, akkor az anyagot vékony filmként vagy mázként láthatja az edény alján. A kupakok / tányéralátétek eltávolítása előtt centrifugálást ajánlunk, arra az esetre, ha az anyag a szállítás során meglazulna. A vízben vagy pufferben történő reszuszpendálás és az A260 leolvasás biztosítja, hogy az oligonukleotid jelen van.
OLIGO SZOLGÁLTATÁSOK
Oligonukleotidok lágyítása?
Igen, kérjük, küldjön egy kérést a dnaoligos@sial.com címre megvalósíthatósági felülvizsgálat/ajánlatkérés céljából. Megnézheti Protokoll az oligonukleotidok izzítására is, ha maga szeretné elvégezni.
OLIGOK OLVADÁSI HŐMÉRSÉKLETE
Hogyan számítjuk ki az olvadási hőmérsékletet (Tm)?
A ≥15 bázisú szekvenciák esetében a legközelebbi szomszédok módszerét használjuk. A ≤14 bázisú szekvenciák esetében egy alapmódszert használunk (a Marmur-Doty-képlet módosítása). Az egyes módszerekre vonatkozó példaszámításokat részletesen a Oligonukleotidok olvadási hőmérséklete című cikkünkben találhatók.
Miért különböznek az olvadási hőmérsékletek (Tm) a műszaki adatlapomon az OligoArchitect™ Online által számítottaktól?
Az OligoArchitect™ Online qPCR-re van optimalizálva, míg a belső gyártási rendszerünk által használt módszerek PCR-re vannak optimalizálva. Ha az OligoArchitect™ Online-t használta a szekvenciák megtervezéséhez, akkor használja ezeket a Tm értékeket a kísérleteiben. Ha nem használta az OligoArchitect™ Online-t a szekvenciák tervezéséhez, és az oligonukleotidokat PCR-ben kívánja használni, akkor használja a technikai adatlapon megadott Tm értékeket.
OLIGO KEZELÉS
Hogyan készíthetek 100 µM-os törzsoldatot?
Egy rövidített számítás a következő: vegyük a tubus címkéjén/technikai adatlapján szereplő nmol-számot, és szorozzuk meg 10-zel, hogy megkapjuk a reszuszpendálás térfogatát µl-ben (mikroliterben; ez a számítás valójában szükségtelen, mivel a reszuszpendáláshoz szükséges térfogat szerepel a technikai adatlapon). A hosszú és rövidített számítások részletei és példaszámításai megtalálhatók Oligonucleotide Handling &; Stability című cikkünkben.
Hogyan kell a nmol (nanomol) mennyiséget µg-ra (mikrogramm) átszámítani?
Ez a példa a hosszméretű analízis használatát mutatja:
- Tételezzük fel, hogy az oligonukleotid mennyisége 30 nmol
- Tételezzük fel, hogy a moláris tömeg (molekulatömeg) 6766.5 g mol-1
Hogyan konjugálhatok festékeket aminjelölt szekvenciákhoz?
Kérem, tekintse meg Protokoll NHS-észter-módosítások konjugálásához amino-jelölt oligonukleotidokhoz.
Hogyan lehet csökkenteni a tiol-módosított szekvenciákat?
Kérem, tekintse meg A tiol-módosított oligonukleotidok redukciójának protokollja.
Mi a MIQE irányelvei a qPCR-hez, és miért kell követni őket?
A MIQE irányelvek kísérletet tesznek a qPCR-kutatások szabványosítására a kísérleti átláthatóság elősegítése, a laboratóriumok közötti következetesség biztosítása és a tudományos irodalom integritásának megőrzése érdekében. Részletek és egy letölthető ellenőrző lista a MIQE - Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE - Minimális információk a kvantitatív valós idejű PCR-kísérletek publikálásához) című cikkünkben található. További részletekért tekintse meg qPCR és MIQE szemináriumsorozatunkat.
OLIGO STABILITÁS
Ha az oligonukleotidjaimat a hétvégén a laboratóriumi padon hagytam, hétfőn is működni fognak?
Igen, az oligonukleotidok - akár szárazon, akár TE-pufferben - általában 3-6 hónapig stabilak szobahőmérsékleten. A stabilitással kapcsolatos részletek az Oligonukleotidok kezelése és stabilitása című cikkünkben találhatók.
Melyek az ajánlott tárolási feltételek?
Az oligonukleotidok rövid távú használatra 4 °C-on (kb. 1 évig stabil), hosszú távú tárolásra pedig -20 °C-on (kb. 2 évig stabil) ajánljuk. Az oligonukleotidok szárazon vagy oldatban (vízben vagy TE-pufferben) is tárolhatók, a stabilitásra nincs hatással. A stabilitással kapcsolatos részletek a Oligonukleotidok kezelése és stabilitása című cikkünkben találhatók.
BIZTONSÁGI ADATLAP
Megrendelkezik a termékeihez biztonsági adatlapokkal?
Igen, kérjük, tekintse meg Biztonsági adatlapok oldalunkat a letölthető PDF-ekért.
ÁLTALÁNOS
Kérjük, látogasson el a KiCqStart® SYBR® zöld primerek, KiCqStart® SYBR SYBR.® Green Primers Gene Arrays, és KiCqStart® Probe Assays az ezekkel a termékekkel kapcsolatos konkrét GYIK-ért.
Van olyan gyakran ismételt kérdése, amelynek Ön szerint ezen az oldalon kellene szerepelnie? Kérjük, küldje el a dnaoligos@sial.com címre.
Az olvasás folytatásához jelentkezzen be vagy hozzon létre egy felhasználói fiókot.
Még nem rendelkezik fiókkal?