Protokoly pro Fmoc SPPS peptidů obsahujících cystein
Peptidy obsahující Cys mohou existovat buď v redukované (sulfhydrylové), nebo oxidované formě s disulfidovou vazbou mezi řetězci. Syntéza peptidů obsahujících Cys proto představuje pro peptidové chemiky zvláštní výzvu. Má-li být získán peptid se správnou strukturou a s dobrým výtěžkem, je nezbytné pečlivě naplánovat syntetickou strategii. Výběr nejvhodnější sulfhydrylové ochranné skupiny je nesmírně důležitý, protože "špatná" volba může vést k nepřekonatelným potížím při syntéze nebo následné tvorbě disulfidové vazby.
Je důležité si uvědomit, že zde popsané postupy jsou pouze výchozím bodem a nelze zaručit, že budou fungovat ve všech případech. Problémy jsou závislé na sekvenci a často je nutná značná optimalizace reakčních podmínek. Pokud se vyskytnou potíže, náš technický servis vám rád pomůže, kdykoli to bude možné. Pojednání o nakládání s peptidy obsahujícími cystein spolu s podrobnými praktickými protokoly naleznete v odkazu.1
Cysteinylová ochrana
Pro použití ve Fmoc SPPS (syntéza peptidů na pevné fázi) je k dispozici široká škála cysteinyl-ochranných skupin. Výběr závisí na povaze požadovaného peptidu a syntetické strategii. Přehled thiolových ochranných skupin běžně používaných při Fmoc SPPS (Tabulka 1).
Pro rutinní syntézu cysteinylových peptidů obsahujících volné thiolové skupiny se doporučuje zejména tritylová skupina, která je labilní vůči TFA (kyselina trifluoroctová), a proto je odstraněna během běžného postupu štěpení. Peptid se zpočátku získává v redukované monomerní formě, ale v případě potřeby jej lze snadno převést na dimerní nebo cyklickou formu s disulfidovou vazbou oxidací.
Pro selektivní modifikaci thiolových skupin pryskyřicí nebo tvorbu disulfidů na pryskyřici jsou nejužitečnější STmp a Mmt, protože je lze odstranit za podmínek ortogonálních ke standardním ochranným skupinám postranních řetězců používaným při Fmoc SPPS.
Výběr ochranných skupin pro selektivní tvorbu disulfidů je méně přímočarý a nalezení optimální kombinace může vyžadovat rozsáhlé experimentování. Podrobná diskuse o této problematice je uvedena níže, tvorba disulfidové vazby oxidací chráněných cysteinylpeptidů.
Fmoc SPPS s použitím chráněných derivátů cysteinu
Na rozdíl od jiných aminokyselin chráněných Fmoc mohou deriváty Cys chráněné Fmoc během standardních spojovacích reakcí podléhat významné racemizaci. Problém je obzvláště akutní, pokud se pro aktivaci karboxylu používají metody zprostředkované bází, jako je HBTU/DIPEA. Mikrovlnný ohřev a předběžná aktivace tento problém ještě zhoršují. Naštěstí je racemizace zanedbatelná, pokud se spojování provádí za kyselých/neutrálních podmínek s použitím předem připravených symetrických anhydridů2 nebo esterů OPfp3 nebo s aktivací DIPCDI/HOBt nebo DIPCDI/Oxyma.
Syntéza peptidové kyseliny obsahující C-koncový zbytek cysteinu vyžaduje zvláštní pozornost, protože rozsáhlá epimerizacesup>4 a tvorbě β-piperidinylalaninu5 může dojít během prodlužování řetězce. Tyto vedlejší reakce jsou nejproblematičtější tam, kde je cysteinový zbytek ukotven na pryskyřici Wangova typu. Naštěstí se zdá, že použití pryskyřic tritylového typu6 jako je 2-chlorotritylová pryskyřice, NovaSyn TGT, NovaPEG tritylová pryskyřice, snižuje tyto problémy na přijatelnou úroveň a důrazně se doporučuje pro syntézu peptidových kyselin obsahujících Ckoncový cystein.
Syntéza cysteinylpeptidů
Cys(Trt), Cys(Thp) a Cys(Dpm)
Pro syntézu peptidů obsahujících volné sulfhydrylové skupiny je nejvýhodnější použít Fmoc-Cys(Trt)-OH. Tritylová skupina je labilní vůči TFA, a proto je odstraněna během běžného průběhu štěpné reakce.
Vzhledem k vysoké stabilitě tritylového kationtu a silně nukleofilní povaze thiolové skupiny je tato reakce reverzibilní, a proto je třeba věnovat zvláštní pozornost podmínkám štěpení, aby byla zajištěna úplná deprotekce. Problémy s neúplnou deprotekcí zbytků Cys(Trt) lze obvykle překonat použitím štěpných koktejlů, které obsahují TIS7a. Toto činidlo je mimořádně účinné při zhášení tritylového kationtu a převádí jej nevratně na trifenylmetan. Může být nahrazen triethylsilanem, i když je třeba dávat pozor u peptidů obsahujících nechráněný tryptofan, protože je známo, že silany způsobují redukci indolů.
U peptidů obsahujících více zbytků Cys(Trt) se nejlepších výsledků dosáhne, pokud se peptid vysráží přímo do diethyletheru ze štěpné směsi TFA. Přidání 2,5 % ethanedithiolu do štěpného koktejlu pomáhá zajistit, aby byl peptid udržován v redukovaném stavu, a minimalizuje vedlejší produkty způsobené alkylací této cysteinové thiolové skupiny. Je nezbytné použít dostatečné množství štěpicího koktejlu pro množství štěpeného peptidu. Obecně stačí 30 ml na 0,5 mmole. (Pokud však peptid obsahuje více Cys zbytků a mnoho t-butylových ochranných skupin, je třeba zvýšit koncentraci EDT nebo objem použitého koktejlu, aby bylo zajištěno účinné odštěpení.
Nedávno byl jako alternativa k Fmoc-Cys(Thp)-OH zaveden Fmoc-Cys(Trt)-OH, kde je sulfhydrylová skupina chráněna kyselinou odbouratelnou tetrahydropyranylovou (Thp) skupinou7b. Ukázalo se, že použití Fmoc-Cys(Thp)-OH poskytuje lepší výsledky než odpovídající deriváty S-Trt, S-Dpm, S-Acm a S-StBu. U C-koncových cysteinových zbytků připojených k Wangovým pryskyřicím byla při delším ošetření piperidinem pozorována výrazně nižší racemizace a tvorba -piperidinylalaninu. Racemizace během spojení DIPCDI/Oxyma Pure Fmoc-Cys(Thp)-OH byla pouze 0,74 % ve srovnání s Fmoc-Cys(Trt)-OH (3,3 %) a Fmoc-Cys(Dpm)-OH (6,8 %). Úplné odstranění skupiny Thp bylo provedeno působením TFA/voda/TIS 95:2,5:2,5 za 2 hodiny. Skupina Thp je však stabilní vůči 1% TFA v DCM, což usnadňuje syntézu chráněných peptidových fragmentů na hyperkyselých labilních pryskyřicích, jako jsou 2-chlorotritylové nebo HMPB pryskyřice. První důkazy naznačují, že peptidy S-Thp mají zvýšenou rozpustnost ve srovnání s peptidy chráněnými pomocí Trt.
Fmoc-Cys(Dpm)-OH je cennou alternativou k Fmoc-Cys(Trt)-OH pro zavedení zbytků Cys během Fmoc SPPS7c. Regioselektivní syntézy cyklických peptidů obsahujících dva disulfidické můstky lze snadno dosáhnout pomocí kombinace Dpm a Mmt sulfhydrylových ochranných skupin. S-Dpm ochrana je stabilní vůči 1 - 3 % TFA, na rozdíl od S-Trt, která se pomalu štěpí, ale je odstraněna 95 % TFA. Tyto vlastnosti umožňují odstranění S-Mmt skupin zředěnou TFA na pevné fázi bez ztráty S-Dpm skupin. Volné sulfhydryly mohou být následně oxidovány za vzniku prvního disulfidického můstku. Následné ošetření koktejlem TFA/DMSO/anisol odštěpí peptid od pryskyřice, odstraní S-Dpm skupiny a v jednom kroku vytvoří druhý disulfidický můstek.
Cys(Acm) a Cys(tBu)
Pro přípravu cysteinylpeptidu lze také použít ochranu Acm a tBu. Tento přístup se však již obecně nepoužívá.
Acm a t-butylové skupiny jsou stabilní za podmínek potřebných pro odstranění všech ostatních ochranných skupin postranních řetězců. Proto je možné provést mezipřečištění peptidu před odštěpením těchto cysteinových ochranných skupin. Odstranění těchto ochranných skupin lze dosáhnout působením octanu rtuťnatého (II) nebo trifluormethanesulfonanu stříbrného. V druhém případě vede působení stříbrné soli cysteinylpeptidu s aq. HCl-DMSO k přímé tvorbě disulfidické vazby8.
UPOZORNĚNÍ: Rtuť a soli stříbra jsou toxické a žíravé; při používání těchto činidel je třeba dbát velké opatrnosti. Je nutné používat vhodnou ochranu očí, laboratorní plášť a rukavice. Dodržujte místní, státní/provinční a federální bezpečnostní předpisy. Používejte v účinné digestoři.
Metoda 1: Deprotekce peptidů chráněných Acm pomocí Hg(II)9
Pro pohodlí lze tyto reakce provádět v odstředivé zkumavce.
- Rozpusťte (Acm) peptid v 10% aq. AcOH (5-10 mg/ml) a velmi opatrně upravte pH roztoku na 4,0 ledovým AcOH.
- Přidejte octan rtuťnatý (II) (10 eq./Acm) a znovu upravte pH na 4,0 AcOH nebo aq. NH3. Směs jemně promíchejte při pokojové teplotě pod přikrývkou N2.
- Přidejte β-merkaptoethanol (20 eq./Acm) a směs nechte 5 hodin stát.
- Odstraňte sraženinu odstředěním a supernatant odsolte pomocí HPLC.
Metoda 2: Deprotekce t-butylem chráněných peptidů pomocí Hg(II)10
- Rozpusťte (tBu) peptid v ledově chladném TFA (5-10 mg/ml).
- K vzniklému roztoku přidejte octan rtuťnatý (II)/tBu (10 eq./tBu) a směs jemně míchejte při pokojové teplotě po dobu 3 hodin pod přikrývkou N2.
- Odstraňte TFA odpařením za sníženého tlaku při pokojové teplotě a zbytek znovu rozpusťte v 10% vodném roztoku kyseliny octové.
- Přidejte β-merkaptoethanol (20 eq./tBu) a směs nechte 5 hodin stát.
- Odstraňte sraženinu odstředěním a supernatant odsolte pomocí HPLC.
Metoda 3: Odstranění Acm skupiny pomocí Ag(I)11
- Rozpusťte (Acm) peptid v TFA/anisolu (99:1) (1 mg/ml).
- K výslednému roztoku přidejte trifluormethanesulfonan stříbrný (100 eq./Acm) a poté míchejte při 4 °C po dobu 2 hodin.
- Stříbrnou sůl peptidu srazte etherem a izolujte odstředěním.
- Peptid ošetřete dithiotreitolem (DTT)(40 eq./Acm) v 1 M kyselině octové při 25 °C po dobu 3 hodin. Odstřeďte a supernatant odsolte pomocí HPLC.
- Ošetřete peptid aq. 1M HCl/DMSO (1:1) přes noc při pokojové teplotě. Odstraňte AgCl filtrací a izolujte produkt pomocí HPLC.
Cys(t-butylthio) a Cys(STmp)
Vložení Cys(tButhio)12 nebo Cys(STmp)13. zbytků do sekvence umožňuje selektivní deprotekci thiolové skupiny na pevné fázi, což umožňuje buď modifikaci zbytků Cys, nebo tvorbu disulfidového můstku na rezinu.
T-butylthio skupina je stabilní vůči TFA za předpokladu, že se thioly nepoužívají jako odlučovače při štěpné reakci. Odstraňuje se redukcí buď pomocí thiolů12 nebo trialkylfosfinů14,15. Nedávno Góngora-Benítez, a další 16 prokázali účinnost 20% β-merkaptoethanolu, 0.1 M NMM v DMF pro odstranění tbutylthia na pevné fázi, kde samotný β-merkaptoethanol nebo fosfiny byly neúspěšné.
V praxi se však často ukazuje, že je velmi obtížné odstranit tButhiovou skupinu na pevném nosiči. Z tohoto důvodu společnost Albericio nedávno zavedla skupinu STmp13. Zdá se, že skupina STmp se velmi snadno odstraňuje mírnou thiolýzou, neboť Albericio uvedl odstranění čtyř skupin STmp na pevné fázi pouhými třemi pětiminutovými ošetřeními 0.1 M N-methylmorfolinu (NMM) v DMF obsahujícím 5 % merkaptoethanolu.
Metoda 4: Odstranění STmp na pryskyřici pomocí thiolů
- Ošetření peptidylové pryskyřice 5% β-merkaptoethanolem, O.1. NMM v DMF po dobu 5 minut při pokojové teplotě.
- Pryskyřici promyjeme DMF a ošetření thioly opakujeme ještě dvakrát.
Cys(Mmt)
Deprotekci zbytků Cys(Mmt) na pryskyřici pomocí 2% TFA v DCM lze provádět dávkovým nebo kontinuálním průtokovým způsobem. V druhém případě lze reakci sledovat spektrofotometricky sledováním uvolňování tritylového kationtu při vlnové délce 460 nm. Při vsádkové syntéze lze do reakce přidat trityl scavenger, jako je TIS nebo TES, aby se zvýšilo štěpení. Barevná indikace, kterou poskytuje tritylkation, se však ztratí.
Reakce by se měla provádět v uzavřené nálevce ze slinutého skla, aby se zabránilo odpařování vysoce těkavého DCM, a filtrační reakce by se měla provádět za použití N2 tlaku spíše než za použití vakua.
Metoda 5: Odstranění Mmt pomocí 2% TFA v DCM.
Dávková metoda:
- Předem se suchá pryskyřice (1 g) rozmíchá s DCM v nálevce ze slinutého skla (typu s kohoutkem a zátkou). Odstraňte přebytečný DCM.
- Přidejte 94:1:5 DCM/TFA/TIS (10 ml), nálevku uzavřete a 2 min. protřepávejte. Odstraňte rozpouštědlo použitím N2 tlaku.
- Pětkrát opakujte krok 2.
- Pryskyřici promyjte DCM a vysušte ve vakuu.
Průtoková metoda:
- Pryskyřice (1 g) se předem rozmíchá s DCM a zabalí se do reakční kolony.
- Přes pryskyřici se čerpá 1% TFA v DCM (2 ml/min). Reakci lze sledovat měřením absorbance eluentu na koloně pomocí průtokové cely 0,1 mm při vlnové délce 460 nma.
- Po ukončení reakce, jak je indikováno návratem absorbance na základní hodnotu, propláchněte kolonu DCM.
aPokud peptid obsahuje jiné ochranné skupiny na bázi tritylu, hladina se nevrátí na výchozí hodnotu vzhledem k pomalému vyluhování skupin Trt.
V praxi může být obtížné dosáhnout úplného odstranění Mmt skupiny, zejména pokud se Mmt nachází směrem k Ckonci peptidu. Prodloužené ošetření 2% TFA může vést ke ztrátě ochranných skupin z postranních řetězců aminokyselin.
Nakládání se sulfhydrylovými peptidy
Sulfhydrylové peptidy jsou snadno oxidovány vzdušným kyslíkem, proto by měly být ihned po štěpení vysušeny mrazem a skladovány v suchu pod argonem. Aby se minimalizovala předčasná oxidace, mělo by se s peptidy obsahujícími cystein manipulovat v kyselých (0,1% TFA) odplyněných pufrech. Pro analýzu by měly být pufry HPLC rovněž odplyněny pomocí He spargingu. Peptidy obsahující více zbytků Cys mohou po štěpení vyžadovat redukci.
Tvorba disulfidové vazby oxidací cysteinylpeptidů
Náhodná oxidace sulfhydrylových peptidů
Nejjednodušší metodou tvorby jednoho nebo více disulfidických můstků je náhodná oxidace volného sulfhydrylového peptidu. V tomto případě peptidů obsahujících více než dva zbytky Cys se složení vzniklých produktů může lišit v závislosti na tom, zda je oxidace prováděna pod termodynamickou nebo kinetickou kontrolou.
Termodynamická kontrola
Z těchto technik je nejjednodušší provést oxidaci vzduchem, která poskytuje termodynamicky nejstabilnější produkt. Tento postup spočívá v jednoduchém vystavení vodného roztoku peptidu atmosféře v těkavém pufru a následné izolaci peptidu lyofilizací. Malé monocyklické peptidy lze snadno připravit provedením vzdušné oxidace bezprostředně po odštěpení Cys(Trt) pomocí TFA, aniž by bylo nutné přečistit meziprodukt sulfhydrylový peptid (metoda 6). Nevýhodou tohoto postupu je, že reakce mohou být někdy velmi pomalé. Bylo také prokázáno, že aktivní uhlí účinně katalyzuje tento proces17.
Metoda 6: Oxidace vzduchem
- Rozpusťte cysteinylový peptid v 0.1 M deaerovaného hydrogenuhličitanu amonného (0,1-10 mg/ml).
- Směs nechte stát otevřenou atmosféře, dokud není reakce dokončena. (Reakci lze sledovat buď pomocí HPLC, nebo Ellmanovým testem).
- Izolujte produkt lyofilizací.
POZNÁMKA: Koncentrace lineárního peptidu může vyžadovat optimalizaci, aby se minimalizovala tvorba polymerů. Polymerní materiál lze odstranit odsolením na koloně Sephadex G-15.
Metoda 7: Oxidace glutathionu
- Rozpusťte cysteinylový peptid v 0,5 ml vody.2 M deaerovaného fosfátového pufru, pH 7,5 (0,1 - 10 mg/ml) obsahujícího 1 mM EDTA, redukovaný (5 mM) a oxidovaný (0,5 mM) glutathion.
- Míchejte směs po dobu 1 až 2 dnů a zároveň sledujte reakci pomocí HPLC.
- Izolujte produkt lyofilizací a odsolte pomocí HPLC nebo GPC.
Oxidace směsí cysteinu a cystinu nebo redukovaného a oxidovaného glutathionu je vhodná pro oxidaci peptidů obsahujících více disulfidových můstků. Přítomnost přebytku redukované složky vede k pomalé přestavbě meziproduktů s disulfidovými můstky na termodynamicky nejstabilnější izomer.
Kinetická oxidace
Různé oxidanty byly použity pro rychlou tvorbu disulfidových můstků za vzniku kineticky nejvýhodnějšího produktu. Patří mezi ně ferrikyanid draselný18, jód19, DMSO20, 21./sup>, N-chlorsukcinimid (NCS) 22 a DPDS (2,2'-dithiopyridin)23.
Oxidace jodem je velmi rychlá a lze ji provést tak, že do rychle míchaného roztoku peptidu kápnete roztok jódu, dokud se roztok předem nezbarví do žluta.
Oxidace DMSO je velmi mírná a funguje při pH od 3 do 8. V případě, že se roztok jodu změní na žlutý, je možné ho použít jako oxidant. Nebyly zaznamenány žádné vedlejší reakce týkající se citlivých zbytků (Met, Trp, Tyr).
NCS v DMF byl použit pro oxidaci sulfhydrylů na pevné fázi, přičemž již 2 ekvivalenty ovlivnily oxidaci za 15 minut22. Toto činidlo může způsobit oxidaci methioninu.
Metoda 8: Jodová oxidace volných sulfhydrylových peptidů
- Rozpusťte cysteinylový peptid (0,5 %) a nechte ho oxidovat.1 -10 mg/ml) v odplyněném AcOH/voda nebo MeOH/voda.
- Přidávejte 0,06 M roztok jódu v MeOH po kapkách za rychlého míchání, dokud roztok nezíská mírně žluté zbarvení. Přebytek jódu se uhasí 1M kyselinou askorbovou.
- Produkt se izoluje lyofilizací a odsolí se pomocí HPLC nebo GPC.
Metoda 9: Oxidace DMSO
- Rozpusťte cysteinylpeptid v AcOH. Zřeďte vodou na (0,1 - 10 mg/ml.
- Přidejte uhličitan amonný na pH 6 a následně DMSO (10 % obj.).
- Míchejte směs po dobu 4- 24 h a zároveň sledujte reakci pomocí HPLC.
- Izolujte produkt pomocí HPLC.
Metoda 10: DPDS oxidace23
- Rozpusťte cysteinylový peptid (0,1 - 10 mg/ml) v 0.1 M hydrogenuhličitanu amonného.
- Přidejte 5 mM roztok DPDS v MeOH (3 eq.).
- Míchejte směs po dobu 30 - 120 min za současného sledování reakce pomocí HPLC.
- Okyselte TFA a izolujte produkt pomocí HPLC.
Metoda 11: Oxidace NCS na pryskyřici22
- Odstraňte Cys-STmp nebo Mtt skupiny na pevné fázi. Pryskyřici promyjte DMF.
- Pryskyřici s peptidylem ošetřete NCS (2 eq.) v DMF po dobu 15 min. při rt.
- Pryskyřici promyjte DMF a DCM. Odštěpte peptid z pryskyřice. Neměly by se používat thiolové čističe, protože tato činidla způsobí redukci disulfidové vazby. Ve většině případů lze EDT nahradit TIS
Tvorba disulfidové vazby oxidací chráněných cysteinylpeptidů
Tvorba disulfidické vazby oxidací jodem
Působení jodu na peptidy obsahující zbytky Cys(Acm)/Cys(Trt) vede k současnému odstranění sulfhydrylových ochranných skupin a k tvorbě disulfidické vazby. Peptidy obsahující jediný zbytek Cys se přemění na symetrický dimer, zatímco peptidy obsahující více zbytků se v závislosti na rozpouštědle a koncentraci přemění na směsi cyklického monomeru a polymeru. Rychlost reakce je velmi závislá na rozpouštědle, což umožňuje určitý stupeň selektivity mezi Cys(Trt) a Cys(Acm); v dipolárních rozpouštědlech, jako je např. aq. MeOH a aq. AcOH, reagují Cys(Trt) i Cys(Acm) rychle, zatímco v nepolárních rozpouštědlech, jako jsou DCM a CHCl3, je oxidace Cys(Acm) velmi pomalá24.
Nejčastějším použitím této metody je konverze peptidů s deprotekcí postranního řetězce, které obsahují dva zbytky Cys(Acm), na cyklický monomer s disulfidovým můstkem; použití tritylové ochrany není vhodné, protože tato skupina bude odstraněna během štěpení TFA. Reakce se obvykle provádí ve vysokém ředění ve směsích aq. MeOH nebo aq. AcOH, přičemž přesná volba rozpouštědla závisí na sekvenci. Reakce probíhají nejrychleji v aq. MeOH; ale pro peptidy obsahující Tyr, His a Trp je vhodné použít aq. Pro jódovou oxidaci chráněných peptidových fragmentů v roztoku se doporučuje, aby ze dvou zbytků Cys, které mají být spojeny disulfidickým můstkem, byl jeden chráněn Acm a druhý Trt. Toto opatření omezuje tvorbu polymerů a umožňuje použití nepolárních směsí rozpouštědel, jako je TFE/CHCl3 které podporují rozpouštění chráněného fragmentu. Bylo zjištěno, že jodová oxidace peptidů obsahujících zbytek Cys s volnou N-aminovou funkcí probíhá velmi pomalu, což je pravděpodobně důsledek kladného náboje na aminoskupině, který brání tvorbě sulfonového meziproduktu.
Migrace Acm z cysteinu na postranní řetězce Gln25a a Ser/Thr25b zbytků byla zaznamenána během jodových a thalliových (III) oxidačních reakcí
Metoda 12: Obecná metoda jodové oxidace
- Rozpusťte peptid Cys-Acm (15 µmol) v AcOH (30 ml). Zaslepte pod N2.
- Přidejte 160 mM aq. HCl (5 ml). Přidejte 20 mM I2 v AcOH (45 mL).
- Po 30-120 min intenzivního míchání (po vymizení výchozího materiálu) uhaste jód přidáním 1 M aq. thiosíranu sodného nebo kyseliny askorbové po kapkách, dokud směs nezíská bezbarvou barvu, a zkoncentrujte odpařením za sníženého tlaku na přibližně jednu třetinu původního objemu. Izolujte produkt pomocí HPLC.
Alternativně26:
3. Po 30 -120 min intenzivního míchání přidejte 480 ml studeného diethyletheru. Chlaďte na suchém ledu po dobu 10 min. Izolujte peptid centrifugací.
Přebytečný jód lze také odstranit extrakcí roztoku CCl4 nebo ošetřením aktivním uhlím nebo práškovým Zn.
Tvorba dvou disulfidů jedním hrncem (podle [27])
- Rozpusťte peptid 2xCys, 2xCys-Acm v AcOH (2 mg/ml) pod přikrývkou N2.
- Přidejte cca 1 eq I2 jako 0,5 M I2 v MeOH po kapkách, dokud se neobjeví trvalé hnědé zbarvení. Přidejte dalších 9 eq jódu. Přidejte vodu, 20 % objemu použitého AcOH a směs promíchejte
- Odstraňte přebytečný jód, jak je popsáno výše
Oxidace trifluoroacetátu thallia
Stejně jako jód, Tl(CF3CO2)3 převádí peptidy obsahující více zbytků Cys(Acm) na odpovídající peptidy s disulfidovým můstkem cystinu [28]. V roztoku se tato reakce obvykle prováděla v TFA, protože to je vynikající rozpouštědlo pro volné i chráněné peptidy. Pro přímou tvorbu disulfidické vazby na pevné fázi byl jako rozpouštědlo použit DMF, který umožňuje dobré bobtnání pryskyřice bez předčasného štěpení peptidových řetězců. Je důležité poznamenat, že Met a Trp musí být při zpracování Tl(CF3CO2)3 chráněny, aby se zabránilo oxidaci těchto citlivých zbytků; Met(O) a Trp(Mts), a Trp(Boc) byly použity ve spojení s t-Boc28 a Fmoc29,30 strategiemi.
UPOZORNĚNÍ: Soli thalia jsou vysoce toxické a žíravé; při používání těchto činidel je třeba dbát velké opatrnosti. Je nutné používat vhodnou ochranu očí, laboratorní plášť a rukavice. Dodržujte místní, státní/provinční a federální bezpečnostní předpisy. Používejte v účinné digestoři.
Metoda 13: Oxidace v roztokové fázi pomocí Tl(III)28
- Rozpusťte peptid v TFA (1-10 mg/ml) s anisolem (10 µl) a přidejte k němu roztoky TFA.L/mg) a ochlaďte v ledové lázni
- Přidejte Tl(CF3CO2)3 (1.2 eq.) a necháme reagovat 5-18 h.
- Odstraníme TFA odpařením ve vakuu a peptid vysrážíme etherem. Odstřeďte a dekantujte éter a odstraňte přebytečné tálové činidlo.
- Přidejte čerstvý éter, protřepejte zkumavku, aby se peptid rozptýlil, a odstřeďte. Dekantujte éter a třikrát zopakujte promývací proces.
Metoda 14: Oxidace na pevné fázi s Tl(III) 29, 30
- Suspendujte peptidylovou pryskyřici v DMF/anisolu (19:1) a přidejte Tl(CF3CO2)3 (1.2 eq. vzhledem k peptidu)
- Nechejte stát při 0 °C po dobu 80 min a promyjte pryskyřici DMF
- Odstraňte peptid z pryskyřice pomocí TFA. Neměly by se používat thiolové čističe, protože tato činidla způsobí redukci disulfidové vazby. Ve většině případů lze EDT nahradit TIS.
Regioselektivní tvorba disulfidové vazby
Syntéza peptidů obsahujících více disulfidů selektivní tvorbou můstků není úkol, který by se měl provádět lehce. Při syntéze peptidů obsahujících vícenásobné disulfidové vazby se často dosahuje nejlepších výsledků náhodnou oxidací, protože požadovaný biologicky aktivní izomer je obecně termodynamicky nejstabilnější. Metody, které fungují pro jeden peptid, nemusí nutně fungovat pro jiný. Někdy lze bez problémů vytvořit dva můstky, ale vytvoření třetího se pak může ukázat jako obtížné. Kromě toho je často rozhodující pořadí, v jakém se můstky tvoří. Selektivní tvorba prvního můstku může poskytnout šablonu pro správnou tvorbu dalších můstků náhodnou oxidací.
Pro selektivní tvorbu dvou disulfidických vazeb lze použít kombinace ochrany Trt a Acm nebo STmp a Acm: první disulfidická vazba se vytvoří po selektivním odstranění ochrany Trt nebo STmp; tvorba druhé disulfidické vazby se pak provede v jediném kroku ošetřením peptidu chráněného Acm jódem nebo trifluoroacetátem thalia. Alternativně lze s Trt a Acm provést reakci v roztoku v jednom kroku, kdy se první disulfid vytvoří rychlou oxidací disulfhydrylového peptidu stechiometrickým množstvím jódu, po níž následuje přídavek přebytečného jódu a vody, aby došlo k oxidaci thiolů chráněných Acm (metoda 12).
Kombinace STmp a Mmt usnadňuje selektivní tvorbu dvou můstků na pevné fázi22. Skupiny STmp se odstraní ošetřením merkaptoenthanolem (metoda 4) a první můstek se vytvoří oxidací s NCS (Methd 11). Odstraněním Mmt pomocí 2% TFA v DCM (metoda 5) a následnou oxidací opět pomocí NCS se získá druhý můstek.
t-Butylová ochrana ve spojení s jednostupňovým štěpením a cyklizací pomocí MeSiCl3/Ph2SO, byla použita k zavedení třetího disulfidového můstku, což vedlo k selektivní syntéze -konotoxinu a inzulinu31. Podobným způsobem byla použita kombinace tBu a MeBzl ochrany cysteinu při regioselektivní jednopotové tvorbě dvou disulfidických vazeb -konotoxinu SI32. První disulfidická vazba byla vytvořena odštěpením tBu skupin a současnou oxidací pomocí TFA/DMSO/anisolu při pokojové teplotě. Následné zahřátí na 70 °C vedlo ke štěpení MeBzl skupin a vzniku druhého disulfidického můstku. Další příklady použití tohoto přístupu při syntéze vícemřížkových peptidů jsou uvedeny v referencích33-36. Tyto metody mohou způsobit oxidaci Met a Trp zbytků.
Metoda 15: MeSiCl3/Ph2SO oxidace31
- Rozpusťte peptid Cys-tBu v TFA (1 - 10 mg/ml)
- Přidejte Ph2SO (10 eq.), CH3SiCl3 (100-250 eq) a anisol (100 eq.)
- Reakci nechte probíhat 10-30 min při 25 °C
- reakci uhaste NH4F (300 eq.) a peptid vysrážejte přidáním velkého objemu studeného diethyletheru a izolujte. centrifugací
Metoda 16: TFA/DMSO oxidace32
- Rozpusťte peptid v TFA/DMSO/anisolu (97.9/2/0,1) (2 mg/ml)
- Míchejte při pokojové teplotě po dobu 40 min. Přidejte další alikvotní část TFA/DMSO/anisolu (40 mikroL/mg peptidu)
- Při 70 °C zahřívejte po dobu 3 h. Precipitujte peptid diethyletherem a izolujte odstředěním.
Asymetrické disulfidy
S-Npysem chráněné peptidy rychle reagují s thioly v širokém rozsahu pH za vzniku smíšených disulfidů.37, díky čemuž je tato ochranná skupina zvláště užitečná pro přípravu konjugátů peptid-protein nebo peptidů se dvěma různými řetězci spojenými disulfidickým můstkem38-41. Avšak vzhledem k nestabilitě skupiny Npys vůči piperidinu při použití chemie Fmoc se zbytek Cys(Npys) obvykle zavádí na Nkonci peptidu pomocí Boc-Cys(Npys)-OH. Alternativně bylo zjištěno, že Npys skupinu lze přidat post-synteticky k jakémukoli Trt chráněnému Cys zbytku přidáním 5 ekvivalentů 2,2'-dithio-bis-(5-nitropyridinu) ke standardnímu TFA/TIS/voda (95:2.5:2,5) štěpné směsi42.
Přímé konverze Cys(tBu) na Cys(Pys) v přítomnosti Cys(Acm) a disulfidového můstku bylo dosaženo ošetřením DPDS/thioanisolem/TFA/TFMSA43. Tato metoda byla použita k získání aktivovaného relaxinového řetězce A, klíčového meziproduktu pro syntézu inzulinu podobného hormonu relaxinu43.
Metoda 17: konverze tBu na Pys43
- Rozpusťte peptid Cys-tBu a DPDS (4 eq.) v TFA a thioanisolu (9:1 v/v) (50 mg/ml).
- Směs byla zchlazena na ledu, načež byl přidán podobný objem TFMSA v TFA (1:4 v/v) a reakce probíhala 45 min při 0 °C.
- Precipitace Cys(Pys) peptidu studeným diethyletherem a izolace centrifugací. Peleta se 4x promyje čerstvým etherem, aby se odstranil přebytek DPDS.
Redukce disulfidických vazeb
Redukce pomocí DTT
DTT (kód výrobku 233153-M) se od svého zavedení W. W. Clelandem44 stal standardním činidlem pro redukci cystinylpeptidů. Má malý zápach, je dobře rozpustný ve vodě a kvantitativně redukuje disulfidy ve vodném prostředí při pH 8.
Metoda 18: Redukce pomocí DTT
- Rozpusťte peptid v 0,5 ml vody.1 M hydrogenuhličitanu amonného (1-3 mg/ml).
- Přidejte DTT (5násobný přebytek vzhledem k thiolovým skupinám).
- Směs se přelije N2 a nechá se stát 6 h.
- Směs se okyselí AcOH a lyofilizuje.
- DTT se odstraní gelovou filtrací.
Redukce pomocí TCEP
TCEP je ve vodě rozpustný fosfin, který redukuje disulfidy v širokém rozsahu pH (1,5 -9,0)45. Na rozdíl od redukčních činidel na bázi thiolů není TCEP citlivý na kyslík, takže není nutné provádět žádná zvláštní opatření k vyloučení přístupu vzduchu. Reakce je nevratná a kineticky řízená, na rozdíl od reakce s DTT, která je řízena termodynamicky42. Použití TCEP je ideální pro redukci peptidů, které nejsou rozpustné při pH 8 potřebném pro redukci pomocí DTT. Je třeba poznamenat, že delší kontakt peptidu s nadbytkem TCEP může způsobit desulfurizaci cysteinových zbytků.
Metoda 19: Redukce pomocí TCEP
- Rozpusťte peptid v jakékoli vhodné směsi vodného/organického rozpouštědla (1-3 mg/ml, pH ).
- Přidejte TCEP (5násobný přebytek vzhledem k disulfidu).
- Mírně míchejte roztok po dobu 1 h.
- Přečistěte redukovaný peptid pomocí HPLC nebo gelové filtrace.
Ellmanův test
5,5'-Dithiobis(2-nitrobenzoová kyselina) (DTNB) kvantitativně reaguje s alifatickými sulfhydrylovými skupinami za vzniku žlutého aniontu. Tuto reakci lze použít ke sledování průběhu oxidačních reakcí na vzduchu. Vzorky z reakční směsi se odebírají ve vhodných intervalech a testuje se obsah thiolů46, 47.
Metoda 20: Ellmanova zkouška
- Rozpusťte DTNB (40 mg) v 0,5 ml vody.1 M fosforečnanového pufru sodného, pH 8 (10 ml).
- Odeberte vzorek z reakční směsi a zřeďte pufrem tak, abyste získali 3 ml roztoku obsahujícího 0,1-0,2 µmol peptidu. K roztoku peptidu se přidá činidlo DTNB (0,1 ml) a směs se nechá 15 min stát. Změřte absorbanci při vlnové délce 410 nm pomocí 1 cm cely.
- Připravte referenční roztok přidáním činidla DTNB (0,1 ml) do pufru (3 ml) a změřte absorbanci.
- Vypočítejte koncentraci sulfhydrylových skupin pomocí následující rovnice; [SH] = [A410(vzorek)-A410(referenční)]/13650.
Odkazy
Odkazy
Abyste mohli pokračovat ve čtení, přihlaste se nebo vytvořte účet.
Nemáte účet?