MISSION^® esiRNA 規格

Custom & Predesigned esiRNA

從 2020 年 10 月底 / 11 月初開始，管裝的 esiRNA 產品Individual esiRNA、esiOPEN 和 esiSEC - 將開始以凍乾狀而非溶液狀出貨（esiRNA 板裝產品 - esiLibrary 和 esiFLEX - 將繼續以溶液狀出貨）。我們對試管中的產品（大多數 esiRNA 以試管裝運送）作出這項變更，原因如下：

1. 凍乾的材料可以在環境溫度下運送，而不是用乾冰冷凍。
2. 運送過程中不使用乾冰，我們將使用較少的包裝，這也有助於我們實現公司減少對環境影響的承諾。作為 RNA，esiRNA 在室溫下至少可穩定 3 週。收到您的 esiRNA 後，請放置於 -20 °C 儲存，直到您準備使用為止。產品技術公告中的附錄 2 包含重懸浮方案。在過渡期間，有些 esiRNA 可能仍以溶液形式寄送，有些則以乾貨寄送。我們將儘快轉換成所有乾貨。

所有訂購和報價選項請參閱 Eupheria Biotech-為 RNAi 研究人員提供一種行之有效、具成本效益且簡單的方法，以執行蛋白質編碼基因和 lncRNA（長非編碼 RNA）的轉錄後沉默。由生物製備的 esiRNA 是由異質的 siRNA (天然 RNA，未經修飾) 組成，這些 siRNA 都是針對相同的 mRNA 序列。與單一化學合成的 siRNA 相比，這些多重沉默觸發因子能以較低的脫靶（圖 1）效果，達到高度特異性和有效的基因敲除。

圖 1. 可以使用化學合成的 siRNA 或酵素製備的 siRNA (esiRNA) 來敲除目標 mRNA。A) 化學合成的 siRNA 由 21 bp 的單一沉默觸發因子組成，與目標 mRNA 互補。轉染反應中高濃度的 siRNA 會導致明顯的脫靶效應。B) 相比之下，esiRNA 由數百個 siRNA（21 bp）組成，覆蓋目標 mRNA 的 300 - 600 bp 區域。每條 siRNA 在池中的濃度較低，因此脫靶效應較低，同時可產生有效的基因敲除。

產品優點

• 保證 基因沉默
• 比單一化學合成的 siRNA 更低的脫靶效應
• 高靶上特異性使其成為有效的初級篩選工具（圖 2）
• 經濟實惠的基因組規模 RNAi 篩選工具

圖 2. 用針對 Renilla Luciferase（陰性對照）和不同表達靶點的 esiRNA 轉染 HeLa 細胞後，在 mRNA 和蛋白水平上對基因敲除的評估。A) qPCR 數據驗證了轉染後 24 小時的基因敲除。所有轉染的 mRNA 豐度都降低了 >90%。B) 定量 Western 印迹数据验证了转染后 72 小时的高效基因敲除。蛋白水平降低了 45% 到 90%。

產品特色

以下適用於esiRNA規格表中的所有產品選項：

• 純化：Q-Sepharose分離、異丙醇沉澱及乙醇洗滌
• 序列形式：數百個 siRNA 的匯集，平均雙工長度為 21 bp
• 品質控制：在兩個階段進行
  o    cDNA 克隆的 PCR 產物通過凝膠電泳和 DNA 測序進行分析
  o    消化反應通過凝膠電泳進行分析
• 穩定性：儲存於 -20 °C 時可存活 2 年

對於以下標示為「詢問」的任何事項，或如果您有不同於其他一般規格的需求，請發送請求至 [email protected]。

瀏覽 predesigned esiRNA.

。

*DEQOR 是 esiRNA 的設計演算法。詳情請參閱：Henschel A, Bucholz F & Habermann B (2004).DEQOR: a web-based tool for the design and quality control of siRNAs.Nucleic Acids Res, 32, W113-120.

esiRNA產品選項與規格
定義：針對單一蛋白質編碼基因及 lncRNA 預先設計的個別 esiRNA (依 Accession No. 搜尋 lncRNA)。所有 esiRNA 都是根據 ENSEMBL 資料庫的注釋而設計：人類 & 小鼠 數量：20 & 50 µg 格式：冻干在试管中和amp; 在TE缓冲液中，96 / 384孔板（查询），浓度为200 ng µL-1 <
esiLibrary	定義：針對全基因組 & lncRNA 轉錄組預先設計的 esiRNA 文庫。所有的 esiRNA 都是根據 ENSEMBL 資料庫的注釋來設計的：人類和小鼠 數量：1, 2.5 & 5 µg 格式：在 96 & 384 孔板的無核酸酶 TE 緩衝液中，濃度為 50 ng µL-1 Request Quote
esiFLEX	定義：定制陣列選自全基因組 & lncRNA 轉錄組集合。所有的 esiRNA 都是根據 ENSEMBL 資料庫的注釋來設計的：人類和小鼠 數量：1, 2.5 & 5 µg 格式：在 96 & 384 孔板的無核酸酶 TE 緩衝液中，濃度為 50 ng µL-1 最小陣列大小：24 目標 Request Quote
esiOPEN	定義：用於單一蛋白質編碼基因 & lncRNA 的自訂 esiRNA。提供 500 bp 的目標序列，並使用 DEQOR* 設計 esiRNA：任何種類 數量：20 & 50 µg 格式：Request Quote<
esiSEC	定義：用於驗證針對單一蛋白質編碼基因及 lncRNA 的主要 esiRNA 的個別、次要及獨立 esiRNA。所有 esiRNA 都是根據 ENSEMBL 資料庫的注釋來設計的：人類和小鼠 數量：20 和 50 µg 格式：Lyophilized in tubes 索取報價

對照 esiRNA

提供多種陽性和陰性對照（圖 3）：

• 陽性對照：人類 Eg5 (Kif11) esiRNA 以及所有經驗證的 esiRNA (見下表)，以確保轉染 & 實驗設定最佳化
• 陰性對照： RLUC, FLUC & EGFP (EGFP也可在表達EGFP的細胞中作為陽性對照) esiRNA以區分序列特異性沉默和非特異性效果

圖 3. 使用針對 A) RLUC（陰性對照）和 B) Eg5/KIF11（陽性對照）的 esiRNA 轉染 HeLa 細胞的表型分析。RLUC 不會誘發任何表型變化，而 Eg5/KIF11 則會誘發細胞有絲分裂停滯，如圓形細胞所示。

Validated Western Blot 驗證資料）。請參閱表中按基因符號排序的常見已驗證 esiRNA 清單。已驗證的 esiRNA 適合轉染最佳化及作為陽性對照。

ANAPC1			DCTN2	PLK4
ANAPC10	CETN3	RAD21
<ANAPC5	H3F3A	EDC4
AURKB	INCENP	SEC13L1
PPP2R3C<	KIF11	SEH1L
CENPA	KIF23	SUV39H2
CEP192	LMNA	TACC3
CETN2	MAD2L1	TUBG1
CKAP5	NEK2	TUBGCP3
NUMA1	TPX2
CCP110	NUP37

lncRNAesiRNA

轉錄組分析顯示，高達 90% 的基因組被轉錄成非編碼 RNA，其中包括 lncRNA 等類型。lncRNA 與不同的功能有關，包括染色質修飾、共同啟動轉錄因子、轉錄、與 RNA 結合蛋白互動，以及抑制啟動子。此外，lncRNA 也與癌症等疾病有關。lncRNA 如何運作的細節必須進一步闡明。esiRNA 是研究 lncRNA 功能的有效篩選工具（圖 4）。

圖 4. 用相應的 esiRNA 轉染 HeLa 細胞 24 小時後，驗證敲除 lncRNA 的 qPCR 資料。對照組轉染了針對 RLUC 的 esiRNA 並用於標準化。

產品製造

生物製備 (圖 5)，esiRNA 是用內切核酸酶 (endoribonuclease,  E. coli RNase III) 裂解長 dsRNA (double-stranded RNA) 而製成

。

圖 5. 單基因 esiRNA 的製造概覽。A) 使用 DEQOR 來選擇 mRNA 目標區域，以產生最大數量的高效 siRNA，涵蓋所有已知的轉錄本變異，並將脫靶效應降至最低。B) 從 cDNA 克隆中提取目標區域，並通過 PCR 進行擴增（兩種引物均用於引入 T7 啟動子。 C) 利用 RNA 聚合酶在體外轉錄 PCR 产物。D) 用 RNase III 消化退火的長雙鏈 RNA (dsRNA)，並純化去除 DNA 模板、殘留的 NTP 和未完全消化的 dsRNA。最後，esiRNA 即成為由數百個 siRNA 組成的池子，平均雙工長度為 21 bp。

esiRNA 保證

MISSION^® esiRNA 在培養細胞中轉染濃度≥30 nM 時，可降低目標 mRNA 水平 70%。如果 esiRNA 未能將目標基因的含量降低 70%，我們將免費提供該基因的額外 esiRNA。

收到適當的轉染效率支持數據是保證的必要條件。轉染效率的適當佐證資料將包括比較經驗證的 MISSION^® esiRNA 的目標 mRNA 水平（轉染量≥30 nM）與適當陰性對照（如模擬轉染、RLUC、FLUC 或 eGFP esiRNA）的 qPCR 資料，證明目標 mRNA 的敲除率達 70%。

由於抗體和蛋白質半衰期的變化，我們無法接受基於蛋白質的檢測方法的數據。

常見問題

若要進一步瞭解 esiRNA，請造訪我們的 常見問題 部分。

Video Tutorial

學習使用 esiRNA 在哺乳動物細胞中進行篩選。

如果需要其他協助，請至 瞭解更多有關 RNA 干擾：從單基因研究到全基因篩選 - Dr. Julia Krüger Eupheria Biotech GmbH 的資深科學家

。

選擇引文

單基因 esiRNA

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全基因組與子庫篩選

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lncRNA esiRNA

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