Tris

Tris, označovaný také jako THAM (Tris(hydroxymethyl)aminomethan), je bílý krystalický prášek. Tris pufr má pKa přibližně 8,1 při 25 °C, což z něj činí vhodnou volbu pro většinu biologických procesů v rozmezí pH 7-9. Ve srovnání s jinými specializovanými pufry, jako je HEPES, je trisový prášek cenově výhodnější a robustnější volbou.

Roztoky trisových pufrů se připravují rozpuštěním trisové báze ve vodě a úpravou pH pomocí kyseliny, obvykle kyseliny chlorovodíkové nebo kyseliny sírové. Výsledný roztok slouží jako spolehlivý regulátor pH a stabilizátor v různých experimentálních prostředích, včetně biochemie bílkovin, molekulární biologie a enzymologie, jakož i technik, jako je elektroforéza, Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) a chromatografické procesy. Také v buněčných kulturách pomáhá trisový pufr udržovat optimální pH prostředí nezbytné pro růst buněk, jejich proliferaci a udržování fyziologických podmínek v médiích pro buněčné kultury.

Trisový pufr je k dispozici v různých formách, včetně předem připravených roztoků nebo ve formě prášku, a je tak vhodný pro laboratorní použití.

Tris HCl

Tris HCl neboli tris-hydrochlorid (známý také jako Trizma HCl) je pufrovací činidlo (kyselý pufr) běžně používané v molekulární biologii a biochemii k úpravě pH roztoku nebo stabilizaci pH. Podobně jako tris báze je tris HCl také bílý krystalický prášek s molekulovým vzorcem C₄H₁₂ClNO₃ a o něco vyšší molekulovou hmotností 157,60. Klíčový rozdíl spočívá v přidání kyseliny chlorovodíkové k trisové bázi, čímž vzniká Tris HCl. Zatímco Tris báze má pKa přibližně 8,1, což jí umožňuje fungovat jako pufr v rozmezí pH 7-9, Tris HCl již obsahuje kyselinu chlorovodíkovou. Tento přídavek snižuje pH, takže Tris HCl je vhodná k pufrování v rozmezí pH 7,0-8,6.

Tris báze slouží jako univerzální pufr v širokém rozsahu pH, zatímco Tris HCl nabízí specifičtější rozsah pH díky obsahu kyseliny chlorovodíkové. Výběr mezi Tris a Tris HCl závisí na požadovaném rozsahu pH a specifických experimentálních nebo aplikačních potřebách.

Fyziologický roztok pufrovaný trisem (TBS)

Fyziologický roztok pufrovaný trisem (TBS) je pufr běžně používaný v biologických a biochemických aplikacích. Obvykle obsahuje Tris(hydroxymethyl)aminomethan, zkráceně Tris, pufrovací činidlo, které udržuje konstantní pH, a chlorid sodný, který zajišťuje potřebnou iontovou sílu. TBS má relativně neutrální pH (přibližně 7,4) a je široce používán pro aplikace, jako je Western blotting, imunohistochemie a testy ELISA. TBS se také používá jako promývací pufr k odstranění nenavázaných protilátek nebo jiných činidel ze vzorku. Koncentrace Tris a chloridu sodného se může lišit v závislosti na konkrétní aplikaci, ale běžně se používá složení 50 mM Tris a 150 mM chloridu sodného.

Tris acetát EDTA (TAE)

Tris acetát EDTA je další běžně používaný pufr v molekulární biologii, elektroforéze a pro severní a jižní blotting. V pufru TAE funguje tris jako pufrovací činidlo, kyselina octová přispívá k pufrovací kapacitě a EDTA (kyselina ethylendiamintetraoctová) působí jako chelatační činidlo. TAE se široce používá jako pufr při elektroforéze v agarózovém gelu, analýze fragmentů DNA, elektroforéze v gelu s pulzním polem (ke stanovení velikosti fragmentů DNA), elektroforéze RNA a přenosu nukleových kyselin.

Tris Borate EDTA (TBE)

TBE pufr se široce používá k separaci a analýze fragmentů DNA, zejména pro dosažení vyššího rozlišení při separaci menších fragmentů DNA. V pufru TBE hraje kyselina boritá významnou roli při udržování pufrovací kapacity roztoku. Pufr TBE nachází uplatnění v různých technikách, včetně elektroforézy v agarózovém gelu, sekvenování DNA, polymerázové řetězové reakce (PCR), analýzy produktů, analýzy oligonukleotidů, denaturační gelové elektroforézy a in nativní gelové elektroforézy.

Tris-glycinový pufr

Tris-glycinový pufr je běžně používaný pufrovací systém v molekulární biologii, zejména při elektroforéze proteinů. V rámci tris-glycinového pufru glycin významně přispívá k pufrovací kapacitě roztoku a pomáhá při dosažení požadované úrovně pH. pH pufru lze upravit přídavkem HCl. Tris-glycinový pufr se používá k resuspenzi proteinových vzorků, k ředění proteinových extraktů pro následnou analýzu nebo skladování a je zvláště užitečný při nedenaturačních technikách elektroforézy proteinů, kde je rozhodující zachování nativní konformace proteinů. Slouží také při izoelektrické fokusaci a jako pufrovací činidlo pro různé proteinové experimenty.

Tris-glycin-dodecylsulfát sodný (SDS)

Tris-glycin-SDS pufr slouží jako standardní pufr pro SDS-PAGE, technice používané k separaci a analýze proteinů na základě jejich molekulové hmotnosti. Tento pufr se používá ke kvantifikaci proteinů, denaturaci proteinů, Western blottingu a jako součást procesu přípravy vzorků pro následnou následnou analýzu.