Screening funkční genomiky
Funkční genomika umožňuje odhalit funkci genů a jejich zapojení do biochemických, buněčných a fyziologických dějů. Dostupnost kompletních sekvencí genomu v kombinaci se snadno programovatelnými nástroji pro modifikaci genomu umožňuje provádět tyto analýzy v měřítku celého genomu. Základním cílem genomického screeningu je pochopit vznik specifického fenotypu cílenou a účelnou modifikací funkce genu. Pokud jsou jednotlivé geny v buňce nebo organismu odstraněny nebo modulovány, lze prostřednictvím pečlivě naplánovaných experimentů přímo nebo nepřímo pozorovat změny fenotypu nebo chování. Funkční genomický screening umožňuje provádět tuto analýzu systematickým a paralelizovaným způsobem, objasňovat složité dráhy a chorobné stavy a usnadňovat identifikaci nových cílů pro léčiva.
Existují dva základní způsoby, jak může funkční genomika propojit genetiku s fenotypem. Přímý genetický screening zahrnuje modifikaci mnoha genů, výběr buněk nebo organismů se zájmovým fenotypem a následnou identifikaci genů, jejichž modulace vyvolala fenotypovou změnu. Reverzní genetický screening analyzuje fenotyp buněk nebo organismů po narušení určitého genu nebo kombinace genů.
Doporučené kategorie
Komplexní analýza střevního mikrobiomu: Odhalte komplexní řešení zahrnující přípravu vzorků, sekvenování, bioinformatiku a statistiku. Od 16S po WGS.
Použijte sílu našeho portfolia biomateriálů, nanomateriálů, energetických a elektronických materiálů pro všechny vaše výzkumné a průmyslové aplikace.
Pokroky v oblasti editace genů, umlčování genů, genové modulace, sekvenování nové generace (NGS) a technologií fenotypového screeningu umožňují efektivní provádění funkčních genomických screeningů v široké škále modelových systémů.
- RNA interference (RNAi): K umlčování genů lze použít několik typů činidel RNAi, včetně dlouhé dvouvláknové RNA (dsRNA), syntetické malé interferující RNA (siRNA) a krátké vlásenkové RNA (shRNA). Tato RNAi činidla se do buněk zavádějí přímou transfekcí modulujícího faktoru (siRNA a dsRNA), transfekcí DNA kódující shRNA řízenou promotorem nebo virovými transdukčními metodami s použitím lentivirových konstruktů s klonovanými shRNA kazetami. dsRNA a siRNA lze použít v arrayed screenech pro vysoce výkonný screening, zatímco shRNA lze vnést do buněčných populací v arrayed nebo pooled screenech pro vysoce výkonnou analýzu, přičemž pooled screeny využívají sekvenování nové generace (NGS) pro dekonvoluci.
- Systémy CRISPR-Cas: Systémy CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat) lze použít k manipulaci s genomy, transkriptomy a epigenomy savčích buněk. Při úpravě genů pomocí CRISPR-Cas9 je nukleáza Cas9 zacílena na konkrétní lokus pomocí vodicí RNA. V závislosti na použité variantě Cas9 lze CRISPR použít ke genetickému utlumení produkce transkriptů zavedením mutací s posunem rámce, potlačením transkripčního aparátu, rekrutací transkripčních faktorů k aktivaci exprese, vyvoláním cílených bodových mutací nebo modifikací epigenetických markerů. Podobně jako u RNAi lze CRISPR zavést přímo jako komplex RNP při screeningu v uspořádání nebo jako plazmidovou DNA či lentivirus pro aplikace sdruženého i uspořádaného screeningu. CRISPR pooly, knihovny a matrice usnadňují mimořádně všestranný, vysoce výkonný screening genů pro funkční analýzu. Screening modulací genomu je také možný pomocí bezjaderného systému CRISPR, který využívá enzymaticky neaktivní dCas9 v kombinaci s transkripčními efektory, které buď aktivují (CRISPRa), nebo inhibují (CRISPRi) transkripci genů, což vede ke zvýšení nebo snížení exprese genů.
Vyhledejte v našem vyhledávači dokumentů datové listy, certifikáty a technickou dokumentaci.
Související články
- Methods for lentiviral transduction of Jurkat cells were compared. Spinoculation was compared with overnight incubation with polybrene (hexadimethrine bromide) and fibronection-coated plates.
- CRISPR lentiviral screening libraries, partnered with 10x Genomics, offer powerful research tools for pooled screening.
- esiRNA jsou siRNA připravené na bázi endoribonukleázy, které se zaměřují na stejnou sekvenci mRNA pro umlčení genu. Zde jsou některé z nejčastěji kladených otázek týkajících se použití a dostupnosti esiRNA.
- Genome-wide screening with optimized gRNAs per gene ensures specific and efficient knockout, controlling time and cost.
- Lentivirové vektorové systémy upřednostňují bezpečnostní prvky a konstrukční opatření zabraňující replikaci. Pro použití jsou nezbytné správné manipulační postupy.
- Zobrazit vše (18)
Související protokoly
- Protokol a řešení problémů s transfekčním činidlem X-tremeGENE™ siRNA
- Přečtěte si o CRISPR Cas9, co to je a jak funguje. CRISPR je nový, cenově dostupný nástroj pro úpravu genomu, který umožňuje přístup k úpravě genomu pro všechny.
- Podrobný postup, jak provést transdukci lentivirových částic MISSION shRNA, aby se dosáhlo dlouhodobého stabilního umlčení a fenotypové změny.
- Lentiviruses represent a powerful tool in research applications to transduce a wide range of cell types.
- Determine optimal antibiotic concentration for stable cell lines, ensuring efficient selection in transduced cells.
- Zobrazit vše (8)
Další články a protokoly
Jak vám můžeme pomoci
V případě jakýchkoli dotazů odešlete žádost o zákaznickou podporu
nebo se obraťte na náš tým služeb zákazníkům:
Pište [email protected]
nebo volejte na +1 (800) 244-1173
Další podpora
- Chromatogram Search
Use the Chromatogram Search to identify unknown compounds in your sample.
- Kalkulačky a aplikace
Web Toolbox - vědecké výzkumné nástroje a zdroje pro analytickou chemii, vědu o živé přírodě, chemickou syntézu a materiálovou vědu.
- Customer Support Request
Zákaznická podpora včetně pomoci s objednávkami, produkty, účty a technickými problémy s webovými stránkami.
- FAQ
Explore our Frequently Asked Questions for answers to commonly asked questions about our products and services.
Abyste mohli pokračovat ve čtení, přihlaste se nebo vytvořte účet.
Nemáte účet?