Sekvenování nové generace
Sekvenování nové generace (NGS) je termín, který obecně zahrnuje několik příbuzných technologií, které umožňují masivně paralelní nebo hluboké sekvenování vybrané oblasti nebo celého genomu organismu. V rámci oboru výzkumu založeného na genomice mají sekvenační technologie zásadní význam a existují již několik desetiletí. Neustálý vývoj technologií NGS neboli masivně paralelního sekvenování DNA a RNA však výzkumným pracovníkům umožnil zvýšit pokrytí celého genomu sekvenováním a nástroje pro analýzu dat při současném rychlém snižování nákladů. Aplikace NGS přesahují analýzu celého genomu, protože mají významný význam pro nedávný pokrok v základní genomice i ve výzkumu nemocí.
Související technické články
- Bez ohledu na platformu sekvenování nové generace (NGS) jsou pro správné sestavení fragmentů vzorku nutné univerzální a indexové adaptérové sekvence.
- MISSION siRNA Negative Controls ensure mRNA knockdown efficiency baseline; tested in human, rat, and mouse cells, designed without gene homology.
- MISSION Positive Control siRNA, validated for siRNA silencing experiments, saves time in gene silencing research.
- Explore the essential role of water in next-generation sequencing for accurate and efficient genomic analysis
- Zobrazit vše (22)
Související protokoly
- Žíhání je proces zahřívání a ochlazování dvou jednořetězcových oligonukleotidů s komplementárními sekvencemi.
- SeqPlex DNA Amplification Kit enables NGS from small or degraded DNA quantities for whole genome amplification.
- The SeqPlex RNA Amplification kit provides a method for amplification of total RNA or isolated mRNA prior to entry into the workflows of the commonly used deep sequencing platforms.
- GenomePlex® is a Whole Genome Amplification (WGA) method that allows the researcher to generate a representative amplification of genomic DNA
- WTA2, a Whole Transcriptome Amplification (WTA) method, allows for representative amplification of nanogram quantities of total RNA in less than 4 hours without 3-bias
- Zobrazit vše (6)
Další články a protokoly
Přehled metod NGS
Přestože se metodika a činidla pro NGS neustále vyvíjejí, je nyní výzkumníkům k dispozici řada systémů NGS. Běžně používané platformy zahrnují použití několika kritických kroků pracovního postupu NGS, včetně přípravy vzorků nebo knihoven, generování klastrů, sekvenování a analýzy dat. Příprava vzorků obvykle zahrnuje buď amplifikaci DNA, nebo přidání sekvenčních linkerů či adaptérů. Ke generování klastrů jednotlivých sekvencí DNA dochází, když se DNA obsahující kovalentně připojený linker hybridizuje na pevný povrch pro amplifikaci můstkovou PCR nebo alternativními metodami, jako je emulzní PCR. Kromě toho existuje mnoho metod sekvenování DNA, včetně sekvenování ligací, sekvenování syntézou, pyrosekvenování a iontového polovodičového sekvenování. Každá metoda sekvenování zahrnuje různé reakční kroky a chemikálie, které v konečném důsledku určují délku každé sekvence (délku čtení), chybovost a náklady na činidla.
Analytické přístupy pro analýzy dat NGS
Závěrečným prvkem pro všechny pracovní postupy NGS je kritický krok analýzy dat, který nastává po sekvenování. Zatímco každá platforma a pracovní postup NGS produkují obrovské množství digitálních informací zachycených v počítačích, soubor surových dat musí bioinformatici analyzovat pomocí neustále rostoucího počtu analytických nástrojů pro zarovnávání a mapování čtení, jako jsou Bowtie, Galaxy a mnoho dalších. Mnohý vývoj v oblasti technologií NGS vzešel ze spojení mnoha vědeckých oborů s cílem vyvinout a optimalizovat analýzu a interpretaci takto velkých souborů dat. V závislosti na konkrétních potřebách aplikace jsou nyní vědci schopni používat tyto výkonné nástroje k sekvenování celých genomů, exomů nebo transkriptomů pro studie základního výzkumu a výzkumu nemocí.
Abyste mohli pokračovat ve čtení, přihlaste se nebo vytvořte účet.
Nemáte účet?