可用於 qPCR 的客製探針選擇眾多，每種探針在不同的應用中都有其優點。下面的摘要重點介紹了常用自訂 qPCR 探針的應用。
報告器、淬火劑和儀器相容性
現代的 qPCR 平台通常具有多個檢測通道，因此可以靈活選擇探針標籤。重要的是，要選擇與 qPCR 儀器檢測通道相容的螢光標籤，並確保為儀器進行正確的過濾器設定或檢測校準。報告器和儀器相容性表列出了一些最廣泛使用的 qPCR 平台，並指出可使用的螢光標籤。請注意，並非所有標籤都已列出，而且還有許多替代報告器可供使用。有關在這些平台上使用非標準標籤的資訊，請聯絡您當地的專業技術服務人員。
染料替代品
幾種 qPCR 儀器使用一般無法在市場上買到的專有染料，例如 VIC® and NED™。在尋找染料替代品時，以下標準非常重要：
- 激發和檢測波長與儀器光源和檢測系統相容
- 對於探針，淬滅劑可有效吸收報告器發射波長的光
- 消光係數越高，染料越亮，有助於靈敏檢測&?nbsp;
- 使用多種染料（多重）時，每種染料的激發和發射波長必須獨立，以避免串擾
Quenchers
淬火分子通常放置在單分子探針的 3' 端，例如雙標記探針、分子信標和 Scorpions 探針。淬火劑可以是螢光分子 (TAMRA™) 或非螢光分子 (DABCYL、Black Hole Quencher™ (BHQ™))。為達到最佳效能，淬火劑的吸光光譜應儘可能與報告器的發射光譜相匹配。建議的報告器/淬火器組合可在光譜特性表中找到。
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