OligoEvaluator™ 用於 T_m 計算與引物分析

OligoEvaluator™ for DNA or RNA Primers

OligoEvaluator 是寡核苷酸的引物分析工具。它可以分析寡核苷酸的次級結構、引物二聚體的形成和物理特性。

我們很高興提供 OligoEvaluator™，這是我們的線上寡核苷酸序列計算機，可以為 PCR 提供引物分析值：

我們很高興提供 OligoEvaluator™，這是我們的線上寡核苷酸序列計算機，可以為 PCR 提供引物分析值：

• 基數
• 分子量
• 消光係數
• 寡聚物類型

• 260nm下的µg/OD
  
• 長度（基對）
• 引物熔解溫度Tm (°C)

• GC含量%
  
• GC鉗位
• 運行長度 (bp)

• 二次結構
  
• 引物二聚體檢查
  
• BLAST序列連結

OligoEvaluator™ 使用簡單：選擇 DNA 或 RNA，貼上您的序列，然後按一下計算，OligoEvaluator™ 工具就會回傳數值。所有報告的屬性都可以匯出到方便的 Excel 模版。

Compute Oligo Properties, Resuspension &; Dilution

The OligoEvaluator™ 包含三個模組。選擇分析，一次最多可檢視 10 個引物的完整特性。重懸浮和稀釋是 OligoEvaluator™ 中獨立的計算模組。

模組	特性
分析	一次最多可輸入 10 個序列，該工具會回傳所有主要物理性質的數值，例如分子量、熔解溫度、次級結構和引物二聚體形成（次級結構和引物二聚體形成資訊以簡單易懂的文字格式提供，例如......）。g.次級結構--strong）
重懸	輸入數量、所需濃度和分子量，工具就會回傳重懸乾寡核苷酸所需的水或緩衝液容量 <
稀釋	輸入原液（重懸浮）的濃度、所需的最終容量和所需的最終濃度，工具會返回稀釋所需的原液容量

計算機進階功能

說明
反應條件
BLAST 搜尋	檢查寡核苷酸序列的同源性

反應條件

OligoEvaluator™計算器中使用的定義和數值

參數
奧利高濃度	預設值 = 250。th>值
Oligo 濃度	預設值 = 250.0 nM.
單價離子濃度	這是反應混合物中所有單價離子的濃度，例如 K+。K+ 可減少帶負電的引物和模板骨架之間的電荷排斥，從而促進退火。 預設值 = 100.0 mM。
Free Mg++ 離子濃度	這是反應混合物中 Mg2+ （鎂離子）的濃度。Mg2+ 是耐熱 DNA 聚合酶所需的輔助因子。 預設值 = 5.0 mM。
總 Na[+] 當量	鈉當量的計算如下： [Na+] = 單價離子濃度 + 4 × (游離 Mg2+) 1/2 (均為摩爾濃度) 預設值 = 382.84 mM
自由能計算的溫度	這是用來計算吉布斯自由能 (ΔG)，公式為：ΔG = ΔH - T ΔS。 預設值 = 25.0 °C (298K).

如何計算引物的退火溫度？

OligoEvaluator™ 提供寡核苷酸的熔化溫度。只要在計算分析模組中輸入您的序列，您就會發現第七欄中報告的 T_m 。退火溫度通常應該比 T_m 值低幾度。您可以在我們關於寡核苷酸熔解溫度的文章中找到有關熔解溫度的更多詳細資訊。