進行 shRNA 實驗時,適當的對照是實驗設計的關鍵要素。適當使用對照允許準確解釋基因敲除結果,並確保觀察到的表型具有特異性。我們提供各種陽性、陰性和轉導對照品,以滿足這些需求。所有的對照品都有純化質粒 DNA 和慢病毒粒子兩種形式。DNA 格式的對照品可用於直接轉染實驗,或與 MISSION® Lentiviral Packaging Mix (SHP001)結合使用,以製造複製無效的病毒粒子,用於轉導實驗。此外,我們最受歡迎的對照品現在也以高滴度的形式提供"現成的!"這些對照品以慢病毒形式提供,最低滴度為 109 TU/ml(p24 分析)。所有其他對照以及任何 MISSION® TRC shRNA 都可以透過我們的定制慢病毒生產流程製備成高滴度格式。
MISSION® 研發團隊與 the RNAi Consortium (TRC) scientists, have generated a series of controls to enable successful implementation of your shRNA experiments.TRC1.5-pLKO.1-puro1 基礎載體是由 Broad Institute 開發,是 TRC 的一部分。TRC1.5 為本公司專有,包含近 200,000 個克隆,其中包括 49,000 多個經過驗證的克隆。它結合了 TRC1 的所有內容,加上針對 2,661 個新人類基因和 2,395 個小鼠基因的額外 39,212 個克隆。TRC1.5 克隆與 TRC1 克隆的載體骨架完全相同。
我們是 TRC1.5 和 TRC2 的合作成員和供應商。TRC2 的載體略有不同。TRC1.5載體和TRC2載體之間唯一的變化是增加了WPRE(或稱木鱉肝炎轉錄後調節元件)。2 因為有兩種載體骨架,我們也提供了兩套對照,以獲得最佳的實驗結果。
對於大多數的 RNAi 需求而言,成長性表達的 shRNA 是有用的,但進一步的特性分析往往需要調控基因表達的能力。在研究必需基因和致死基因時,調節表達尤其重要。我們很榮幸能提供 IPTG-inducible shRNA vectors as the latest development from our continued partnership in TRC.
。Non-Targeting shRNA Controls (SHC002, SHC002V, SHC002H, SHC016, SHC016V, SHC016H)
這些非靶向 shRNA 向量是有用的陰性控制,將激活 RISC 和 RNAi 通路,但不針對任何人類或小鼠基因。 非哺乳動物非靶向控制已被發現可以靶向 tGFP 的一部分。如果您正在使用 tGFP 表達的細胞系進行實驗,您應該考慮購買我們最新的非靶點 shRNA 對照組,它已經經過生物資訊學的判定,不會針對任何物種的任何基因。這樣可以檢驗 shRNA 轉導和 RNAi 啟動對基因表達的影響。以非靶點 shRNA 媒體轉染的細胞也可提供有用的參考,以解釋基因敲除的情況。
細胞在轉導後 48 小時表達 TurboGFP。使用基於 p24 的 ELISA 估計慢病毒滴度為 1.0 x 106 TU/ml。
誘導後 6 天以 MOI 5 表達 TagRFP 的細胞。
誘導後 6 天以 MOI 5 表達 UbC-TurboGFP 的細胞。
eGFP shRNA 在 HEK293T 細胞中的抑制效率。圖片顯示轉染後 48 小時。 A) 單獨 100 ng eGFP 表達質粒。 B) 100 ng eGFP 質粒 + 200 ng MISSION eGFP shRNA Control Vector. C) 明視場照明。
人類陽性對照 #1,B2M shRNA
B2M 是一種廣泛表達的基因,這種蛋白存在於大多數細胞的表面。此對照將提供清楚且可測量的人類基因目標敲除,通常在 A549 細胞(一種人類上皮肺癌細胞株)中可達到 80-90% 的敲除率。在我們的實驗中,我們使用的 MOI 為 3,細胞在轉化後 1 天置於嘌呤霉素選擇下,並生長 1-2 週。使用 B2M 特異性引物探針組進行 RNA 分析。Western blot 資料也顯示此對照物會造成基因敲除。
Human Positive Control #2, ARHGDIA shRNA
此對照將提供清楚且可測量的人類基因目標敲除,在 A549 細胞(一種人類上皮肺癌細胞株)中通常為 80-90%。Rho GDP Dissociation Inhibitor (GDI) alpha (ARHGDIA) 是一種廣泛表達的基因,在大多數細胞中都能找到這種蛋白質。
TRC2 控制描述
注意:所有對照的向量圖可以在 shRNA 向量映射頁面。
TRC2 陰性對照
。 未處理的細胞
任何好的實驗,陰性對照的第一個建議是未處理的細胞。未處理的細胞將提供比較所有其他樣本的參考點。
TRC2 用於敲除的陽性對照
TurboGFP shRNA (SHC204, )。a title="SHC204V" href="/TW/zh/product/SIGMA/SHC204V">SHC204V)
TurboGFP的shRNA載體由TRC2-pLKO-puro載體組成,含有針對TurboGFP的shRNA,可作為陽性對照快速觀察基因敲除。實驗證明,此 TurboGFP shRNA 對照物在 HEK293T 細胞中 24 小時後可使 GFP 表達降低 99.6%。
Inducible Non-Targeting shRNA Controls (SHC312, SHC312V, SHC332SHC332V)
這些MISSION非靶向誘導性shRNA載體是有用的陰性對照,它們會激活RISC和RNAi通路,但不會在任何物種中靶向任何已知基因。這樣就可以檢驗 shRNA 轉導和 RNAi 啟動對基因表達的影響。以非靶點誘導性 shRNA 媒體轉染的細胞也將為詮釋基因敲除提供有用的參考。
誘導型 TurboGFP shRNA and 誘導型 Luciferase shRNA
由於這些誘導型 shRNA 並不針對任何已知的人類或小鼠基因,因此可在許多誘導型 shRNA 實驗中作為非針對性對照。
誘導型螢光素酶 shRNA
MISSION誘導型螢光素酶 shRNA 載體由 pLKO.5-puro载体,含有针对北美萤火虫荧光素酶的shRNA插入。這些對照可用作陽性對照,以快速確認基因敲除。
參考資料
MISSION是Sigma-Aldrich Co.LLC
TurboGFP、TagCFP、TagYFP、TagRFP、TagFP635 是 Evrogen 的商標。
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