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Merck

Retrospective cell lineage reconstruction in humans by using short tandem repeats.

Cell reports methods (2021-08-04)
Liming Tao, Ofir Raz, Zipora Marx, Manjusha S Ghosh, Sandra Huber, Julia Greindl-Junghans, Tamir Biezuner, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Ron Levy, Amos Onn, Noa Chapal-Ilani, Veronika Berman, Asaf Ben Arie, Guy Rom, Barak Oron, Ruth Halaban, Zbigniew T Czyz, Melanie Werner-Klein, Christoph A Klein, Ehud Shapiro
要旨

Cell lineage analysis aims to uncover the developmental history of an organism back to its cell of origin. Recently, novel in vivo methods utilizing genome editing enabled important insights into the cell lineages of animals. In contrast, human cell lineage remains restricted to retrospective approaches, which still lack resolution and cost-efficient solutions. Here, we demonstrate a scalable platform based on short tandem repeats targeted by duplex molecular inversion probes. With this human cell lineage tracing method, we accurately reproduced a known lineage of DU145 cells and reconstructed lineages of healthy and metastatic single cells from a melanoma patient who matched the anatomical reference while adding further refinements. This platform allowed us to faithfully recapitulate lineages of developmental tissue formation in healthy cells. In summary, our lineage discovery platform can profile informative somatic mutations efficiently and provides solid lineage reconstructions even in challenging low-mutation-rate healthy single cells.

材料
製品番号
ブランド
製品内容

Sigma-Aldrich
塩化ナトリウム, ACS reagent, ≥99.0%
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Sigma-Aldrich
グリセロール, for molecular biology, ≥99.0%
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Sigma-Aldrich
スクロース, for molecular biology, ≥99.5% (GC)
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Millipore
抗FLAG® M2抗体 アフィニティーゲル, purified immunoglobulin, buffered aqueous glycerol solution
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Sigma-Aldrich
TWEEN® 20, for molecular biology, viscous liquid
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Sigma-Aldrich
過硫酸アンモニウム, for molecular biology, suitable for electrophoresis, ≥98%
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Sigma-Aldrich
フェノール・クロロホルム・イソアミルアルコール Mix, BioUltra, for molecular biology, 25:24:1
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Sigma-Aldrich
フェニルメチルスルホニルフルオリド, ≥98.5% (GC)
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Sigma-Aldrich
ヨードアセトアミド, ≥99% (NMR), crystalline
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Sigma-Aldrich
エチレングリコール-ビス(2-アミノエチルエーテル)-N,N,N′,N′-四酢酸, for molecular biology, ≥97.0%
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Sigma-Aldrich
Triton X-100, laboratory grade
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Sigma-Aldrich
エチレンジアミン四酢酸, ACS reagent, 99.4-100.6%, powder
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Sigma-Aldrich
DL-ジチオトレイトール, ≥98% (HPLC), ≥99.0% (titration)
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Sigma-Aldrich
抗CD3, T細胞 ウサギ宿主抗体, whole antiserum
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Sigma-Aldrich
塩化マグネシウム 六水和物, BioXtra, ≥99.0%
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Sigma-Aldrich
塩化カリウム, BioXtra, ≥99.0%
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Sigma-Aldrich
ベンズアミジン 塩酸塩 水和物, ≥99%
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