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  • The tissue is the issue: improved methylome analysis from paraffin-embedded tissues by application of the HOPE technique.

The tissue is the issue: improved methylome analysis from paraffin-embedded tissues by application of the HOPE technique.

Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology (2014-06-17)
Sebastian Marwitz, Julia Kolarova, Martin Reck, Niels Reinmuth, Christian Kugler, Ines Schädlich, Andrea Haake, Peter Zabel, Ekkehard Vollmer, Reiner Siebert, Torsten Goldmann, Ole Ammerpohl
ABSTRACT

Alterations in the DNA methylome are characteristic for numerous diseases and a typical hallmark of cancer. Therefore, DNA methylation is currently under investigation in research labs and has also entered diagnostics. Recently, protocols like the BeadChip technology have become commercially available to study DNA methylation in an array format and semiquantitative fashion. However, it is known that fixation of the sample material with formalin prior to BeadChip analysis can affect the results. In this study we compared the influence of fixation on the outcome of BeadChip analysis. From six patients each a lung cancer tissue sample and a corresponding tumor-free lung tissue sample were collected. The samples were separated into three pieces. One piece of each sample was fixed with formalin, another one by the non-cross-linking HOPE technique (Hepes-glutamic acid buffer mediated Organic solvent Protection Effect). Subsequently, both became paraffin embedded. As a reference, the remaining third piece was cryopreserved. In addition we used three adenocarcinoma cell lines (H838, A549, and H1650) to validate the results from patient tissues. We show that using the HOPE technique instead of formalin largely prevents the introduction of formalin-fixation related artifacts. An ANOVA analysis significantly separated HOPE- and cryopreserved from formalin-fixed samples (FDR<0.05), while differences in the methylation data obtained from HOPE-fixed and cryopreserved material were minor. Consequently, HOPE fixation is superior to formalin fixation if a subsequent BeadChip analysis of paraffin-embedded sample material is intended.

MATERIALI
N° Catalogo
Marchio
Descrizione del prodotto

Sigma-Aldrich
HEPES, ≥99.5% (titration)
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
HEPES, 1 M, pH 7.0-7.6, sterile-filtered, BioReagent, suitable for cell culture
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
HEPES, BioPerformance Certified, ≥99.5% (titration), suitable for cell culture
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acido L-glutammico, ReagentPlus®, ≥99% (HPLC)
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
HEPES, BioUltra, for molecular biology, ≥99.5% (T)
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
HEPES, ≥99.0% (titration)
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Soluzione tampone HEPES, 1 M in H2O
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
HEPES, BioPerformance Certified, 1 M, suitable for cell culture, 0.2 μm filtered
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acido L-glutammico, from non-animal source, meets EP testing specifications, suitable for cell culture, 98.5-100.5%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
SAFC
HEPES
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
HEPES, BioPerformance Certified, suitable for cell culture, ≥99.0%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
HEPES, BioXtra, suitable for mouse embryo cell culture, ≥99.5% (titration)
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acido L-glutammico, BioUltra, ≥99.5% (NT)
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
SAFC
HEPES
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
SAFC
HEPES
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
D-Glutamic acid, ≥99% (TLC)
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
L-Glutamic acid hydrochloride
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
HEPES sodium salt solution, BioReagent, 1M, suitable for cell culture
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
HEPES, BioXtra, pH 5.0-6.5 (1 M in H2O), ≥99.5% (titration)
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
Acido L-glutammico, FCC
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
HEPES, anhydrous, free-flowing, Redi-Dri, ≥99.5%
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Supelco
Acido L-glutammico, Pharmaceutical Secondary Standard; Certified Reference Material
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Supelco
HEPES, Pharmaceutical Secondary Standard; Certified Reference Material
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Acido L-glutammico, European Pharmacopoeia (EP) Reference Standard
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Supelco
Acido L-glutammico, certified reference material, TraceCERT®, Manufactured by: Sigma-Aldrich Production GmbH, Switzerland
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili
Sigma-Aldrich
HEPES, ≥99.5% (titration), free-flowing, Redi-Dri
Prezzi e disponibilità al momento non sono disponibili