MABE1095

Anti-DNA-RNA-Hybrid-Antikörper, Klon S9.6

clone S9.6, from mouse

• Synonym(e): DNA-RNA Duplex, DNA/RNA Duplex, DNA:RNA Duplex, DNA-RNA Hybrid, DNA/RNA Hybrid, DNA:RNA Hybrid, RNA-DNA Duplex, RNA/DNA Duplex, RNA:DNA Duplex, RNA-DNA Hybrid, RNA/DNA Hybrid, RNA:DNA Hybrid
• UNSPSC Code: 12352203
• NACRES: NA.41
• eCl@ss: 32160702
• Clone: S9.6, monoclonal
• Technique(s): ChIP: suitable, affinity binding assay: suitable, dot blot: suitable, immunocytochemistry: suitable, immunoprecipitation (IP): suitable
• Application: ChIP, DB, ICC, IP, affinity binding assay
• Citations: 113

Eigenschaften

• biological source: mouse
• Quality Segment: 100
• antibody form: purified immunoglobulin
• antibody product type: primary antibodies
• clone: S9.6, monoclonal
• species reactivity (predicted by homology): all
• technique(s): ChIP: suitable, affinity binding assay: suitable, dot blot: suitable, immunocytochemistry: suitable, immunoprecipitation (IP): suitable
• isotype: IgG2aκ
• shipped in: ambient
• target post-translational modification: unmodified

Beschreibung

General description

DNA-RNA-Hybride treten natürlicherweise in eukaryotischen Zellen auf. Ihre Konzentration ist in Bereichen mit hoher Transkriptionsaktivität hoch. Es handelt sich um nichtkanonische Nukleinsäurestrukturen, die regulatorische Funktionen für die Transkription haben. Es wurde beschrieben, dass ihr Vorhandensein einen Lokus für einen Chromosomenbruch prädisponiert. Ein Lokus, der ein DNA-RNA-Hybrid bildet, nimmt eine intermediäre A-B-Konformation mit einem zweiten Ziel für Einzelstrang-Nukleinsäuren-Bindeproteine auf dem komplementären verdrängten DNA-Strang ein. Es hat sich gezeigt, dass sie resistent gegenüber der Aktivität von DNA-Methyltransferasen sind. Die Bildung von DNA-RNA-Hybriden ist mit einer Reihe von neurologischen Erkrankungen assoziiert. Mutationen der DNA-RNA-Helikase Senataxin (SETX) sind an der dominaten juvenilen Form der amyotrophen Lateralsklerose Typ 4 und an einer rezessiven Form der Ataxie mit Okulomotorischer Apraxie Typ 2 beteiligt.

Immunogen

DNA-RNA-Heteropolymerduplex, hergestellt durch Transkription von Phi-X174-Einzelstrang-DNA mit DNA-abhängiger RNA-Polymerase (Boguslawski, S.J. et al. (1986). J. Immunol Methods. 89(1):123-130).

Application

Anti-DNA-RNA-Hybrid, Klon S9.6, Bestell- Nr. MABE1095, ist ein hochspezifischer monoklonaler Maus-Antikörper gegen DNA-RNA-Hybride. Er wurde mittels Affinitätsbindungsassay, Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP), ChIP-seq, Dot Blot, Immunzytochemie und Immunpräzipitation getestet.

Dot-Blot-Analyse: Mit 0.2 µg/ml einer repräsentativen Charge wurde in Genomextrakten eines Hefe-Stamms mit RNase-H-Mangel eine erhöhte Konzentration von DNA-RNA-Hybriden gegenüber Extrakten aus Wildtyp-Stämmen nachgewiesen (mit freundlicher Genehmigung von Lorenzo Costantino, Ph.D., Koshland Lab, University of California in Berkley, USA.).

Affinitätsbindungsassay: Klon S9.6 band das DNA-RNA-Heteropolymer und Poly(I)-Poly(dC) in gleichem Maß, aber 100-fach höhere Konzentrationen an Poly(A)-Poly(dT) waren erforderlich, um ein gleiches Maß an Bindung zu erreichen. Einzelsträngige DNA, doppelsträngige DNA und RNA sowie ribosomale RNA wurden von Klon S9.6 nicht gebunden (Boguslawski, S.J. et al. (1986). J. Immunol Methods. 89(1):123-130).

Analyse mittels Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP): Mit einer repräsentativen Charge wurde eine erhöhte Konzentration von DNA-RNA-Hybriden an vier aktiv transkribierten Genen bei einem shRNA-vermittelten Knockdown von BRCA1 oder BRCA2, aber nicht von PCID2 oder RAD51 in HeLa-Zellen nachgewiesen (Bhatia, V. et al. (2014). Nature. 511(7509):362-365).

Analyse mittels Chromatin-Immunpräzipitation(ChIP): Mit einer repräsentativen Charge wurden R-Schleifen über dem beta-Aktin-Gen in einem HeLa-Chromatin-Präparat nachgewiesen. Eine RNase-H-Behandlung des Chromatin-Präparats verhinderte die Immunpräzipitation der Ziel-Chromatinfragmente in Klon S9.6 (Skourti-Stathaki, K. et al. (2011). Mol. Cell. 42(6):794-805).

Analyse mittels Chromatin-Immunpräzipitation-Sequenzierung (ChIP-seq): Mit einer repräsentativen Charge wurde die genomweite Verbreitung von DNA-RNA-Hybriden in knospenden Hefezellen durch ChIP-seq-Analyse nachgewiesen (El Hage, A. et al. (2014). PLoS Genet. 10(10):e1004716).

Analyse mittels Immunzytochemie: Mit repräsentativen Chargen wurden R-Schleifen im Zellkern mittels Immunlokalisation durch immunhistochemische Fluoreszenzfärbung von Methanol-fixierten humanen embryonalen Stammzellen (hESCs) der Linie H1 und Formaldehyd-fixierten HeLa-Zellen nachgewiesen (Bhatia, V. et al. (2014). Nature. 511(7509):362-365; Ginno, P.A. et al. (2012). Mol. Cell. 45(6):814-825).

Analyse mittels Immunpräzipitation: Mit einer repräsentativen Charge wurde mittels Immunpräzipitation in vitro transkribiertes R-Schleifen-Substrat (DNA-RNA-Hybrid), aber keine doppelsträngige DNA (dsDNA) nachgewiesen (Ginno, P.A. et al. (2012). Mol. Cell. 45(6):814-825).

Forschungskategorie
Epigenetik & Zellkernfunktion

Biochem/physiol Actions

Die Zielstruktur des DNA-RNA-Heteroduplex (R-Schleife) ist nicht sequenz- oder artspezifisch.

Klon S9.6 band das DNA-RNA-Heteropolymer und Poly(I)-Poly(dC) in gleichem Maß, aber 100-fach höhere Konzentrationen an Poly(A)-Poly(dT) waren erforderlich, um ein gleiches Maß an Bindung zu erreichen. Einzelsträngige DNA, doppelsträngige DNA und RNA sowie ribosomale RNA wurden von Klon S9.6 nicht gebunden (Boguslawski, S.J. et al. (1986). J. Immunol Methods. 89(1):123-130).

Physical form

Aufgereinigtes Maus-IgG2aκ in Puffer mit 0,1 M Tris-Glycin (pH 7,4), 150 mM NaCl mit 0,05 % Natriumazid.

Format: Aufgereinigt

Über Protein G aufgereinigt.

Preparation Note

Bei 2–8 °C 1 Jahr ab Empfangsdatum haltbar.

Analysis Note

Mittels Immunzytochemie in HeLa-Zellen beurteilt.

Analyse mittels Immunzytochemie: Mit einer Verdünnung dieses Antikörpers von 1:50 wurden mittels Immunlokalisation DNA-RNA-Hybride im Zellkern und in den Mitochondrien in mit Paraformaldehyd (4 %) fixierten und mit Triton X-100 (0,3 %) permeabilisierten HeLa-Zellen nachgewiesen.

Other Notes

Konzentration: Die Konzentration entnehmen Sie bitte dem chargenspezifischen Datenblatt.

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