琼脂糖珠與磁珠在 ChIP 中的比較

ChIP抗體可以直接與瓊脂糖或磁珠結合，也可以固定在與蛋白A和/或蛋白G結合的珠子上。最初的ChIP方案使用瓊脂糖珠，但許多長期使用ChIP的用戶已經轉用磁珠。使用磁性分離裝置，例如 Magna GrIP™ Rack (20-400)、Magna GrIP™ HT96 rack (17-10071）。

琼脂糖珠在許多研究人員手中表現良好，提供了一種較便宜但較耗時的選擇。這些珠子需要離心才能分離，而且可能會出現非特異性結合，因此可能需要阻斷和預清裂解液。

	高容量結合（多孔），也可能增加非特異結合 所需設備簡單（離心或過濾） 成本略低	非特異結合性低 不需要阻斷和預清 在洗滌過程中易於處理 珠子在管中可見
需要阻塞 需要預清 在試管中不可見	成本略高 需要磁架 無孔（結合能力取決於珠子表面面積）

我們提供瓊脂糖和磁珠以及 ChIP 套件。我們的試劑盒和磁珠有多種形式，包括蛋白 A、蛋白 G 以及蛋白 A 和 G 結合物的混合體 (蛋白 A/G)。珠子類型的選擇通常會受到實驗中計劃使用的抗體類型的影響。蛋白 A 珠對兔多克隆抗體的親和力最高，而蛋白 G 珠則能結合更多抗體，包括大多數類型的小鼠單克隆 IgG。蛋白 A/G 混合物在您可以使用的抗體類型方面提供了最大的靈活性，因為它結合了蛋白 A 和蛋白 G 的結合特性。我們的研發團隊發現，對於多種抗體，蛋白 A/G 混合物通常比蛋白 A 或蛋白 G 單獨使用產生的背景更低，而且不會影響牽引效率（圖 1）。

 蛋白A/G珠： 17-646 ChIPAb+™ Hp1g (CBX3) 蛋白G純化小鼠單克隆

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圖 1.單獨使用蛋白質 A 或 G 與 A/G 混合物進行 ChIP 的比較。 與較低的背景信號一致，與單獨使用蛋白質 A 或 G 珠相比，使用蛋白質 A/G 珠混合物較遲偵測到 IgG 信號（Cq 較高）（左圖）。

此外，與單獨使用蛋白質 A 或 G 相比，使用蛋白質 A/G 珠混合物可檢測到相似的 Cq，表明信號沒有損失。

 

無論您選擇哪種珠子，在 ChIP 反應中使用磁珠或琼脂糖珠的順序可能會影響您的 ChIP 信號。一種方法是先將磁珠與擷取抗體一起孵育（室溫數小時，或 4 °C 過夜），然後再加入染色質，並進一步孵育（4 °C，旋轉 1 小時至過夜）。增加孵育時間可能會增加本底和 ChIP 信號；然而，對其靶點親和力低的抗體通常不需要較長時間（過夜）的孵育就不會產生顯著的 ChIP 信號。另外，有些方案是先孵育抗體和染色質，然後再加入珠子，或同時加入這三種成分。加入這三種成分通常都有效，而且可以減少進行整體反應所需的時間。

磁珠

蛋白 A/G 珠

有效的磁珠擷取： 聚乙烯支架包含 4 塊釹磁鐵

多用途： 支架也可用於 15 mL 或 0.5 mL 试管

易于操作：符合人體工學設計的磁性支架有 8 個孔，適合 1.5-2.0 mL 管或旋轉色谱柱

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