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Merck
  • Technical brief: Optimized pipeline for isolation of high-quality RNA from corneal cell subpopulations.

Technical brief: Optimized pipeline for isolation of high-quality RNA from corneal cell subpopulations.

Molecular vision (2014-06-19)
Chris Bath, Trine Fink, Henrik Vorum, Jesper Hjortdal, Vladimir Zachar
要旨

Attempts to determine the transcriptional profile of discrete subsets of limbal epithelial cells in situ using laser capture microdissection (LCM) face two major challenges. First, the transcriptional profile of cells within a tissue may rapidly change as the tissue is excised and exposed to cold ischemia. Second, there is a risk of degradation of the RNA as the cellular compartment is separated from the remaining tissue. An optimized protocol for LCM of corneal epithelium is presented to address these issues. Experiments using porcine eye globes were carried out to determine both optimal procedures and settings for tissue harvest, transport, storage, histology, LCM, and RNA isolation. The optimized protocol was validated using human corneal epithelium. To facilitate preservation of the gene expression profile, we have developed a mechanical tool for dissection of cornea that, in combination with flash freezing, enables tissue to be stored within 5 min of enucleation of the eye. Furthermore, we describe how RNA from limbal crypt cells may be obtained using a procedure involving cryosectioning, histological staining, and LCM. In this paper, we describe an optimized method for isolating high-quality RNA from cellular subpopulations confined to the limbal crypts of the cornea. The procedure yields RNA in amounts and quality suitable for downstream gene expression analyses, such as microarrays or next generation sequencing.

材料
製品番号
ブランド
製品内容

Sigma-Aldrich
エチルアルコール(純粋), 190 proof, for molecular biology
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, JIS special grade, ≥99.5%
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
L-リシン 一塩酸塩, from non-animal source, meets EP, JP, USP testing specifications, suitable for cell culture, 98.5-101.0%
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, SAJ first grade, ≥99.5%
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エチルアルコール(純粋), 190 proof, ACS spectrophotometric grade, 95.0%
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, purum, fine spirit, denaturated with 4.8% methanol, F25 METHYL1, ~96% (based on denaturant-free substance)
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Supelco
エタノール 溶液, certified reference material, 2000 μg/mL in methanol
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, puriss. p.a., absolute, ≥99.8% (GC)
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
キシラジン, ≥99%
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Supelco
エタノール標準品10% (v/v), 10 % (v/v) in H2O, analytical standard
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
USP
エタノール, United States Pharmacopeia (USP) Reference Standard
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, ≥99.5%, suitable for HPLC
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, JIS special grade, 94.8-95.8%
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, ≥99.5%
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
L-リシン 一塩酸塩, reagent grade, ≥98% (HPLC)
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, ≥99.5%, suitable for absorption spectrum analysis
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
Ethanol Fixative 80% v/v, suitable for fixing solution (blood films)
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, JIS first grade, 94.8-95.8%
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, ≥99.5%, SAJ super special grade
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Supelco
L-リシン 一塩酸塩, Pharmaceutical Secondary Standard; Certified Reference Material
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
リシン 塩酸塩, European Pharmacopoeia (EP) Reference Standard
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
L-リシン 一塩酸塩, BioUltra, ≥99.5% (AT)
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, ≥99.5%, suitable for fluorescence
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Supelco
L-Lysine hydrochloride solution, 100 mM amino acid in 0.1 M HCl, analytical standard
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, JIS 1000, ≥99.5%, for residue analysis
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
エタノール, JIS 300, ≥99.5%, for residue analysis
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Supelco
L-リシン 一塩酸塩, certified reference material, TraceCERT®, Manufactured by: Sigma-Aldrich Production GmbH, Switzerland
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量
Sigma-Aldrich
L-リシン 一塩酸塩, SAJ special grade, ≥99.0%
カタログ番号
容量
在庫状況
単価
数量