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Integrated metabolomics and transcriptomics reveal enhanced specialized metabolism in Medicago truncatula root border cells.

Plant physiology (2015-02-11)
Bonnie S Watson, Mohamed F Bedair, Ewa Urbanczyk-Wochniak, David V Huhman, Dong Sik Yang, Stacy N Allen, Wensheng Li, Yuhong Tang, Lloyd W Sumner
RÉSUMÉ

Integrated metabolomics and transcriptomics of Medicago truncatula seedling border cells and root tips revealed substantial metabolic differences between these distinct and spatially segregated root regions. Large differential increases in oxylipin-pathway lipoxygenases and auxin-responsive transcript levels in border cells corresponded to differences in phytohormone and volatile levels compared with adjacent root tips. Morphological examinations of border cells revealed the presence of significant starch deposits that serve as critical energy and carbon reserves, as documented through increased β-amylase transcript levels and associated starch hydrolysis metabolites. A substantial proportion of primary metabolism transcripts were decreased in border cells, while many flavonoid- and triterpenoid-related metabolite and transcript levels were increased dramatically. The cumulative data provide compounding evidence that primary and secondary metabolism are differentially programmed in border cells relative to root tips. Metabolic resources normally destined for growth and development are redirected toward elevated accumulation of specialized metabolites in border cells, resulting in constitutively elevated defense and signaling compounds needed to protect the delicate root cap and signal motile rhizobia required for symbiotic nitrogen fixation. Elevated levels of 7,4'-dihydroxyflavone were further increased in border cells of roots exposed to cotton root rot (Phymatotrichopsis omnivora), and the value of 7,4'-dihydroxyflavone as an antimicrobial compound was demonstrated using in vitro growth inhibition assays. The cumulative and pathway-specific data provide key insights into the metabolic programming of border cells that strongly implicate a more prominent mechanistic role for border cells in plant-microbe signaling, defense, and interactions than envisioned previously.

MATÉRIAUX
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Sigma-Aldrich
Acide chlorhydrique solution, 1.0 N, BioReagent, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Iodure de propidium, ≥94.0% (HPLC)
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Sigma-Aldrich
Acide chlorhydrique, 36.5-38.0%, BioReagent, for molecular biology
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Sigma-Aldrich
Divinylbenzene, technical grade, 80%
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Supelco
Acide chlorhydrique solution, volumetric, 0.1 M HCl (0.1N), endotoxin free
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Sigma-Aldrich
Alcool isopropylique, ≥99.7%, FCC, FG
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Sigma-Aldrich
2-Propanol, BioUltra, for molecular biology, ≥99.5% (GC)
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Sigma-Aldrich
Fluorescein diacetate, used as cell viability stain
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Sigma-Aldrich
2-Propanol, electronic grade, 99.999% trace metals basis
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Sigma-Aldrich
Hydrogen chloride, ReagentPlus®, ≥99%
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Sigma-Aldrich
Potassium fluoride, anhydrous, powder, ≥99.9% trace metals basis
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Sigma-Aldrich
Acide chlorhydrique solution, ~6 M in H2O, for amino acid analysis
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Sigma-Aldrich
Umbelliferone, 99%
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Sigma-Aldrich
Chlorure d'hydrogène solution, 3 M in cyclopentyl methyl ether (CPME)
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Sigma-Aldrich
Divinylbenzene, technical grade, 55%
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Sigma-Aldrich
Poly(dimethylsiloxane), viscosity 1.0 cSt (25 °C)
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Sigma-Aldrich
2-Propanol, anhydrous, 99.5%
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Sigma-Aldrich
2-Propanol, for molecular biology, BioReagent, ≥99.5%
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Quantité
Sigma-Aldrich
Acide chlorhydrique solution, 32 wt. % in H2O, FCC
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Sigma-Aldrich
Potassium fluoride, ≥99.97% trace metals basis
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Sigma-Aldrich
Potassium fluoride, BioUltra, ≥99.5% (F)
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Sigma-Aldrich
Flavone, ≥99.0%
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Sigma-Aldrich
Hexaméthyldisiloxane, viscosity 0.65 cSt (25 °C)
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Sigma-Aldrich
Allene, ≥95%
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Sigma-Aldrich
Iodure de propidium solution
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Sigma-Aldrich
Umbelliferone, suitable for fluorescence indicator, ≥98.0% (HPLC)
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Sigma-Aldrich
2-Propanol, ACS reagent, ≥99.5%
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Sigma-Aldrich
2-Propanol, HPLC Plus, for HPLC, GC, and residue analysis, 99.9%, poly coated bottles
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