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首頁Western Blotting免疫沉澱的 Western 印迹分析 (IP-Western)

免疫沉澱的 Western 印迹分析 (IP-Western)

IP-Western分析仍是鑑定蛋白質-蛋白質互作和鑑定多蛋白複合物中未知蛋白質的常用技術。步驟包括細胞裂解、形成抗體-抗原(免疫)複合物、沉澱免疫複合物,以及利用 Western 印跡進行分析。

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高背景

高背景,導致 Western 印跡上出現非特異帶

圖 1.高背景,導致 Western 印跡上出現非特異帶。

Possible Cause                  <Remedy

Non-specific binding to beads
  • 使用瓊脂糖珠時,進行預先清除步驟。在蛋白混合物中加入非包被的瓊脂糖珠(在加入抗體包被的珠子之前),可以去除與瓊脂糖非特異性結合的蛋白質。
  • 在加入抗體之前,確保珠子被 BSA 適當阻斷。
  • 減少珠子的體積。

洗滌緩衝液不夠嚴格
  • 改用更嚴格的緩衝液,例如以 RIPA 為基礎的緩衝液。

非特异性抗体结合
  • 减少孵育时间、裂解液体积/浓度和/或抗体浓度。
  • 使用更特異的抗體。

洗滌不充分
  • 增加洗滌次數和/或洗滌更長時間。
  • 增加洗滌緩衝液的嚴格度。
  • 倒置試管數次,以確保充分洗滌。

未洗出目標蛋白質,或洗出的目標蛋白質不足

Possible CauseRemedy
  • 所有步驟均在 4 °C 進行。
    在裂解步驟中蛋白質降解、去磷酸化和變性
  • 在 4 °C 下執行所有步驟。確保蛋白酶和磷酸酶抑制劑的用量充足。

Lysis buffer too stringent
  • 改用中度或低度的緩衝液,例如以 NP-40、Triton® X-100 或 PBS 為主的緩衝液。

未與珠子結合的抗體
  • 確定珠子與抗體同類型相匹配。

抗體與抗原結合不足

沉澱步驟中琼脂糖珠意外脫落
  • 確保琼脂糖珠沒有被吸到移液管中。
  • 使用磁珠代替琼脂糖珠,以減少/消除珠子流失。

Mouse IgG or chicken antibody does not bind efficiently to protein G- or protein-A conjugated beads (for indirect immunoprecipitation)<
  • 在沉澱步驟中加入橋接抗體,以改善這些抗體與蛋白G或蛋白A結合珠的結合。
  • 確保適當的洗滌緩衝液類型和 pH 值。

蛋白質複合物的破壞(在共免疫沉淀實驗中)
  • 輕輕旋轉,並使用寬吸頭以避免蛋白質複合物破壞。

最終 Western 印迹上 50 kDa 和 20 kDa 的額外帶可能會掩蓋感興趣的帶

在交聯 IP western 中,樣品中會排除一抗的重鏈和輕鏈。

圖 2.在交聯 IP western 中,樣品中會排除一抗的重鏈和輕鏈。

Possible Cause                      補救方法

一抗的重鏈和輕鏈被二抗識別
  • 使用可檢測原生
    (非變性)免疫球蛋白的第二抗體。
  • 使用交聯 IP,首先使用 DSS 將蛋白 A 或 G 珠與擷取抗體交聯

選擇免疫沉澱珠指南

相對親和力

蛋白質 A/G 混合液Lambda Ig BinderKappa/Lambda Mix*
兔IgGSASASA  < 
小鼠 IgMRESA <   
小鼠 IgG3<SAMSASA    
小鼠IgG2bSASASA <  
小鼠 IgG2aSASASA   
Mouse IgG1MSAMSAMSA   
人類 IgMMSA  MSAMSASA
人類IgEMSAMSA MSAMSASA
人類 IgDMSAMSA MSAMSASA
人類IgAMSAMSA MSAMSA<<SA
人IgG4SASASASA MSAMSASA
人類 IgG3SA SAMSAMSASA
人IgG2SASASAMSAMSASA
人IgG1SASASASA<MSAMSASA
大鼠 IgMRERE    
Rat IgG2cMSAREMSA   
大鼠 IgG2bMSAREMSA   
大鼠IgG2a2aSARESA   
大鼠 IgG1MSAREMSA   
大鼠 IgGMSASASA   
蛋白質 A/G 混合Kappa Ig 粘合劑Lambda Ig 粘合劑    SAMSA
Human k   SA MSA
人類 FcMSAMSAMSA   
人scFvMSAMSA RERERE
人類F(ab')2MSAMSAMSAMSAMSAMSASA
人類 F(ab)MSAMSAMSAMSAMSASA
蛋白質A和G的相對親和力的關鍵代碼;PureProteome™ Kappa和Lambda磁珠的抗體:SA = 強親和力;MSA = 中等/輕微親和力;RE = 需要評估
*PureProteome™ Kappa/Lambda 混合物不是目錄項目。只需單獨採購 Kappa 和 Lambda 珠子,然後以 1:1 的比例混合即可。
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