OligoEvaluator™ für T_m Berechnung & Primer-Analyse

OligoEvaluator™ für DNA- oder RNA-Primer

OligoEvaluator ist ein Werkzeug für die Primeranalyse von Oligonukleotiden. Mit ihm werden die Sekundärstruktur, die Primer-Dimer-Bildung und die physikalischen Eigenschaften von Oligonukleotiden analysiert. 

Wir freuen uns, den OligoEvaluator™ anbieten zu können, unseren Online-Rechner für Oligonukleotidsequenzen, der Primer-Analysewerte für die PCR liefert:

• Anzahl Basen
• Molekulargewicht
• Extinktionskoeffizient
• Oligotyp

• µg/OD bei 260 nm
  
• Länge (Basenpaare)
• Primer-Schmelztemperatur Tm (°C)

• GC-Gehalt %
  
• GC-Klemme
• Lauflänge (bp)

• Sekundärstruktur
  
• Primer-Dimer-Prüfung
  
• BLAST-Sequenz-Link

Der OligoEvaluator™ ist einfach zu bedienen: DNA oder RNA auswählen, die Sequenz einfügen und auf Calculate (Berechnen) klicken, damit das OligoEvaluator™ Tool Werte ausgibt. Alle berichteten Eigenschaften können in eine praktische Excel-Vorlage exportiert werden.

Oligoeigenschaften, Resuspension & Verdünnung verarbeiten

Der OligoEvaluator™ besteht aus drei Modulen. Wählen Sie Analyse, um die vollständigen Eigenschaften von bis zu 10 Primern gleichzeitig zu betrachten. Resuspension und Verdünnung sind im OligoEvaluator™ separate Berechnungsmodule.

Module	Leistungsmerkmale
Analyse	Geben Sie bis zu 10 Sequenzen gleichzeitig ein und das Tool liefert Werte für alle wichtigen physikalischen Eigenschaften, wie Molekulargewicht, Schmelztemperatur, Sekundärstruktur und Primer-Dimer-Bildung (Sekundärstruktur- und Primer-Dimer-Bildungsinformationen werden in einem einfach zu interpretierenden Textformat bereitgestellt, wie z. B. secondary structure--strong (Sekundärstruktur--stark))
Resuspension.	Geben Sie die Menge, die gewünschte Konzentration und das Molekulargewicht ein und das Tool gibt die Wasser- oder Puffermenge aus, die für das Resuspendieren eines trockenen Oligonukleotids erforderlich ist
Verdünnung	Geben Sie die Stammkonzentration (Resuspension), das gewünschte Endvolumen und die gewünschte Endkonzentration ein und das Tool gibt das für die Verdünnung erforderliche Volumen der Stammlösung aus

Erweiterte Funktionen des Rechners
Merkmal	Beschreibung
Reaktionsbedingungen	Überprüfung der Sekundärstrukturanalyse und der Bildung von Primer-Dimeren, um problematische Faltungen zu erkennen
BLAST-Suche	Auf Sequenzhomologie des Oligonukleotids prüfen

Reaktionsbedingungen

Im OligoEvaluator™ Rechner verwendete Definitionen und Werte

Parameter	Wert
Oligokonzentration	Standardwert = 250,0 nM.
Monovalente Ionenkonzentration	Dies ist die Konzentration aller einwertigen Ionen, wie z. B. K+, die im Reaktionsgemisch vorhanden sind. K+ begünstigt die Hybridisierung, indem es die Ladungsabstoßung zwischen den negativ geladenen Primern und den Template-Grundgerüsten verringert. Standardwert = 100,0 mM.
Ionenkonzentration freies Mg++	Dies ist die Konzentration von Mg2+ (Magnesiumionen) im Reaktionsgemisch. Mg2+ ist ein Cofaktor, der von thermostabilen DNA-Polymerasen benötigt wird. Standardwert = 5,0 mM.
Gesamt-Na[+] Äquivalent	Das Natriumäquivalent wird wie folgt berechnet: [Na+] = Monovalente Ionenkonzentration + 4 × (Freies Mg2+) 1/2 (alle in Molarität) Standardwert = 382,84 mM
Temperatur für die Berechnung der freien Energie	Sie wird zur Berechnung der freien Gibbs-Energie (ΔG) in der Formel verwendet: ΔG = ΔH - T ΔS. Der Standardwert = 25,0 °C (298 K).

Wie wird die Hybridisierungstemperatur eines Primers berechnet?

Der OligoEvaluator™ liefert Schmelztemperaturen für Oligos. Geben Sie einfach Ihre Sequenz in das Analysemodul des Rechners ein und Sie finden die T_m in der siebten Spalte. Die Hybridisierungstemperatur soll in der Regel einige Grad unter dem T_m Wert liegen. Ausführlichere Informationen zur Schmelztemperatur finden Sie in unserem Artikel über die Schmelztemperatur von Oligonukleotiden.

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