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可逆性抑制劑

可逆抑制劑常用於藥物發現研究,因為它們有助於研究酶的活性,而不會永久性地改變酶。請繼續閱讀,瞭解各種類型的可逆抑制劑及其動力學,包括常見的類型:競爭型、非競爭型和非競爭型。

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什麼是可逆抑制劑?

可逆抑制劑是對酵素沒有永久影響的抑制劑,也就是說,一旦移除這些抑制劑,酵素又可以正常運作(也就是說,抑制作用很容易逆轉)。它們以氫鍵、離子鍵和疏水相互作用等非共價作用可逆地與酵素結合(圖 1)。另外,不可逆的抑制劑也可以與酵素發生共價反應,誘發化學變化來改變酵素活性所需的關鍵胺基酸。

顯示可逆性酵素抑制作用的一般圖表,包括酵素-抑制劑複合物、酵素-底物複合物和酵素-底物-抑制劑複合物的產生。

圖 1. 可逆酶抑制的一般方案。

此外,需要注意的是,當酶可以作用於不同的底物時,抑制劑可以根據考慮的底物顯示出不同類型的抑制作用。出現這種情況的原因是活性位點可能有不同的結合位點,每種底物有一個結合位點。因此,抑制劑可以在第一個結合位點與底物 A 競爭,而對於底物 B 則以非競爭方式作用於第二個結合位點。

可逆抑制劑主要有三種類型:競爭型、非競爭型和非競爭型。

競爭性抑制劑

在競爭性抑制中,抑制劑通常與天然底物具有結構相似性,並與底物競爭進入活性位點(圖 2)。抑制劑對活性位點有親和力,如果它比底物結合得更緊,那麼它就是有效的競爭性抑制劑。相反,如果它的結合程度較低,就會被認為是不良的抑制劑。

競爭性抑制劑的例子包括:

  • 甲氨蝶呤,一種抗癌劑
    • 抑制參與四氫葉酸合成的二氫葉酸還原酶的活性<
  • 枸櫞酸西地那非,一種平滑肌鬆弛劑

在競爭性抑制中,競爭性抑制劑只能與游離酶結合,而不能與酶-底物複合物結合。因此,可以通過增加反應混合物中底物的濃度來克服抑制。  通過與底物的競爭,Vmax 仍然可以達到。然而,在有抑制劑的情況下,底物濃度必須增加才能達到 Vmax。這會增加 Km 值。

一個顯示競爭性抑制劑如何與酵素的活性位點結合並阻止底物結合的簡單模型。

圖 2. 競爭性抑制的簡化模型。

對於競爭性抑制,我們可以確定 Ki,即抑制常數,也就是酵素-抑制劑複合物的解離常數。Ki 值越低,表示降低反應速率所需的抑制劑量越少。此關係可簡化為:

競爭性抑制計算公式,包括酵素、底物、抑制劑和抑制常數的變數。

研究競爭性抑制劑效果時的一般提示是在培養基中加入適量的底物。過量的底物會競爭過抑制劑。您應該總是在沒有抑制劑的情況下進行對照反應。

競爭性抑制的動力學

競爭性抑制的動力學結果可以用 Lineweaver-Burk 繪圖來表示 (圖 3)。由於 Km 會因競爭性抑制作用而增加,因此在有抑制劑存在時,X-截距會移近原點。當我們增加抑制劑濃度時,Km 會進一步增加,X-截距會更靠近原點。請注意,所有線都經過相同的 Y-截距,因為競爭性抑制劑不會影響 Vmax

Lineweaver-Burk 圖顯示競爭性抑制的動力學,包括高濃度競爭性抑制劑、低濃度競爭性抑制劑和無抑制劑對 Vmax 和 Km 的影響。

圖 3.競爭性抑制動力學。

有時候,酵素可能會遵循部分競爭性抑制的動力學。此過程類似於競爭性抑制,但酵素-底物-抑制劑複合物 (ESI) 可能表現出部分活性。此類抑制顯示較低的 Vmax,但 Km 不受影響。在完全競爭性抑制下,當抑制劑濃度增加時,反應速度會趨向零。然而,在部分抑制的情況下,酵素會轉換成改良過的、但仍有一定功能的 ESI 複合物。

非競爭性抑制劑

非競爭性抑制劑僅與酵素-底物 (ES) 複合物結合。非競爭性抑制不應與非競爭性抑制混淆。非競爭性抑制劑不與酵素的活性位點結合,也不必與底物相似。在非競爭性抑制中,Vmax 會因為活化的 ES 複合物被移除而降低。ESI 複合物的數量取決於抑制劑的濃度。ES 複合物的消除也會導致 Km 降低。此關係可表示為:

非競爭性抑制的方程式,包括酵素、底物和抑制常數的變數。

非競爭性抑制的動力學

在非競爭性抑制中,Km 和 Vmax 會以相同的速度同時下降。換句話說,Vmax/Km 沒有改變。 圖 4 顯示,使用非競爭性抑制劑時,1/Vmax 會增加。因此,Y-截距上移。抑制作用也會增加 1/Km,增加的程度會維持 Km/Vmax 的比率,也就是曲線的斜率。因此,非競爭性抑制的 Lineweaver-Burk 圖是平行的,有抑制劑和沒有抑制劑都是平行的。

Lineweaver-Burk 圖顯示非競爭性抑制的動力學,包括高濃度非競爭性抑制劑、低濃度非競爭性抑制劑和無抑制劑時的平行線和移動線。

圖 4.非競爭性抑制的動力學。

非競爭性抑制相對罕見,但可能發生在多聚酶系統中。從進化的角度來看,這一點很重要,因為在代謝途徑中,非競爭性抑制對代謝中間物濃度的影響可能比競爭性抑制更大,甚至可能增加毒性。草酸鹽就是一個非競爭性可逆抑制劑的例子,它會抑制乳酸脫氫酶。

非競爭性抑制劑

在非競爭性抑制中,抑制劑的結合會降低酵素活性,但不會影響底物的結合(圖 5)。因此,抑制程度僅取決於抑制劑的濃度。洋地黄就是非竞争性可逆抑制剂的一个例子,它可以阻断 Na+-K+ ATP 酶的活性,用于治疗心律失常。這些非競爭性抑制劑與底物結合位點以外的位點非共價性結合。抑制劑的結合不會影響底物結合位點的可用性。因此,底物和抑制劑的結合是相互獨立的,而且抑制作用不能通過增加底物濃度來克服。

顯示非競爭性抑制作用的圖表,包括非競爭性抑制劑如何與酵素活性位點以外的位點結合,以阻止底物結合。

圖 5.非競爭性抑制的簡化模型。

非競爭性抑制的動力學

非競爭性抑制劑對酵素和 ES 複合物具有相同的親和力;因此,Ki = K「I (ES 複合物解離常數 = K」i)。因此,Vmax 會降低,但 Km 不受影響。在存在非競爭性抑制劑的情況下,Vmax 無法達到。非競爭性抑制的平衡狀態可簡化如下:

非競爭性抑制的平衡方程式,包括酵素、底物和抑制常數的變數

非競爭性抑制劑的效果以圖形顯示在 圖 6中。由於 Y-截距為 1/Vmax,當 Vmax 減小時,1/Vmax 會增加。然而,對於任何濃度的非競爭性抑制劑,Km 都保持相同。因此,所有線都經過相同的 X-截距。

顯示非競爭性抑制動力學的圖表,包括高濃度非競爭性抑制劑、低濃度非競爭性抑制劑和無抑制劑的效果。

圖 6.非競爭性抑制的動力學。

混合型抑制劑

在某些情況下,抑制劑可以同時與游離酵素(解離常數 Ki)和 ES 複合物(解離常數 K'i )結合。sub>i)和 ES 複合物(解離常數 K'i)結合。然而,它們的親和力不同,因此 Ki ≠ K'i。在此,加入更多的底物可以減少抑制劑的結合,但抑制作用不能像競爭性抑制那樣被完全克服。混合型抑制的一個例子是鈀離子對黃嘌呤氧化酶的抑制。

混合型抑制的動力學

混合型抑制劑會干擾結合,降低翻轉的效果。這類型的抑制多半是異位抑制,抑制劑結合到活性位點以外的位點,造成酵素結構的構象改變,降低底物對活性位點的親和力。因此,Km增加,而 Vmax 降低(圖 7)。

顯示混合型抑制動力學的圖表,包括高濃度混合型抑制劑、低濃度混合型抑制劑和無抑制劑的效果。

圖 7.混合型抑制動力學。

Michaelis-Menten kinetics。它們通常在細胞中扮演調節的角色。它們透過作用分子(活化劑和抑制劑)與其調節位點的可逆、非共價結合來發揮功能。激活劑的結合會促進活性形態和酶的活性,而抑制劑與調節位點的結合會使異位酶採用非活性形態,並導致活性降低(圖 8)。

顯示異位抑制作用的圖表,包括異位抑制劑如何與酵素活性位點以外的位點結合,使活性位點扭曲並阻止底物結合。

圖 8.異位抑制模型。

當一種配體的結合降低了其他活性位點對底物的親和力時,就發生了異位抑制。異位抑制的一個典型例子是磷酸果糖激酶 (PFK)。PFK 催化 6-磷酸果糖磷酸化形成 1-6-二磷酸果糖。當 ATP 水平增加時,PFK 的活性會受到異位抑制。ATP 結合到 PFK 上的異構位點,導致酵素的形狀改變。

異構酶的活性和非活性形式存在於一種平衡狀態,這種平衡狀態取決於底物和抑制劑的相對濃度。異構抑制劑的結合會使酶採用非活性的構象,並能促進第二種抑制劑的合作結合。

異構抑制的動力學

異構抑制劑的動力學會產生一條等腰曲線,而不是雙曲線。這是因為這些酵素擁有多個結合位點,可以結合一個以上的底物分子。當 [S] 足夠高時,它們與底物會呈現飽和狀態。在此弧形反應曲線中,反應速度達到半最大值的底物濃度不能指定為 Km,因為 Michaelis-Menten 模型並不適用。取而代之,符號 [S]0.5 或 K0.5 用來表示觀察到半最大速度時的底物濃度。

終產物抑制劑

許多酵素催化的反應都是依序發生的,在生化通路中,一個反應的產物會成為下一個反應的底物。如果通路的終產物累積到超過所需的數量,那麼這個終產物就會抑制第一個酵素的活性。當一個通路的終產物與該通路第一個酵素上的異位點結合在一起時,該通路就會被關閉(圖 9)。

顯示終產物抑制作用的圖表,其中通路的終產物可直接與酵素結合(並抑制酵素),從而關閉通路。

圖 9. 在終產物抑制中,通路的終產物 (D) 可以直接與將 A 轉換成 B 的酵素結合 (並抑制),進而關閉通路。

在結合時,酵素會發生構象改變,無法與第一個底物發生反應。這是一種生物控制形式,可防止產品過度堆積。一個例子是 L-蘇氨酸脫水酶催化 L-蘇氨酸形成 L-異亮氨酸,而 L-異亮氨酸會強烈抑制 L-異亮氨酸。

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