胃腸器官生物資料庫

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什麼是患者衍生的有機體？

患者衍生的有機體 (PDOs) 是新穎的體外 3D 細胞模型，可保留原有的組織生理學和分子病理學，因此是傳統 2D 細胞系的臨床相關替代品，也是完善和減少動物模型的有效工具。PDOs 可來自成人患者活組織切片或切除組織，其中含有原生 LGR5+ 幹細胞群，並使用專門的有機體培養基（如 L-WRN 條件培養基 (SCM105）在富含 ECM 的基底內培養。成體組織衍生的有機體在長期培養中具有表型和基因的穩定性，與 iPSC 衍生的有機體相比，能呈現更成熟的表型。

胃腸有機體生物資料庫

我們現在提供一個全面的生物資料庫，包含來自正常和疾病患者的高度特徵化組織衍生人體胃腸有機體。腸道類器官生物庫包含 50 多個來自正常和患病患者的高度表徵的腸道類器官，這些器官來自消化系統的多個區域，包括小腸（十二指腸、回腸）、胃、直腸和結腸。

3dGRO^™ 類器官是利用 HUB 類器官技術製成的。

3dGRO^™有機體是利用HUB有機體技術製造而成。本產品的購買者在轉讓本產品給購買者之前，應同意HUB的使用條款，該購買者應單獨確認和接受該條款。

生物庫概述

• 58個患者衍生類器官樣本
• 多種性別、年齡和性別
• 多種組織/疾病：結腸、十二指腸、胰臟、胃、直腸、癌症、潰瘍性結腸炎、IBS
• RNA-Seq 可用
• 低通過率和高存活率
• 培養於最佳化的 3dGRO^™ L-WRN Conditioned Media

Prep-78-C (SCC311)

Prep-87-C (SCC321)

Prep-81-C (SCC313)

14-881-CR (SCC310)

Figure 1.SCC311、SCC321、SCC313）和患病患者（直腸腺癌，SCM105）中培養五個傳代。

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正常胃腸道 PDOs

ID	型錄編號	年齡	性別	器官	疾病類型或正常
Prep 78-C	資料庫
Prep 78-C	SCC311<	52	F	Colon	正常(RNA-seq)
Prep 80-C	SCC312	29	F	Colon	SCC313	49	F	Colon	正常(RNA-seq)
Prep 81-D	正常（RNA-seq）
Prep 83-C	SCC315	45	F	Colon	正常(RNA-seq)
Prep 83-D	正常(RNA-seq)
Prep 84-C	SCC317	56	F	Colon	正常（RNA-seq）
Prep 84-D	正常（RNA-seq）
Prep 85-C	SCC319	62	F	Colon	正常(RNA-seq)
Prep 85-D	SCC321	21	M	Colon	正常(RNA-seq)
Prep 87-D	正常(RNA-seq)
Prep 88-C	SCC323	33	F	Colon	正常（RNA-seq）
Prep 88-D	正常（RNA-seq）
Prep 89-C	SCC325	55	M	Colon	正常(RNA-seq)
Prep 89-D	正常(RNA-seq)
18-1417-N	SCC327	45	M	Colon	SCC330	59	F	結腸	SCC332	59	F	Colon	SCC335	63	M	Colon	SCC336	51	M	Colon	SCC337	51	M	Ileum	SCC338	19	M	Colon	SCC339	19	M	Ileum	SCC340	43	男	結腸
ht-119-C	SCC341	53	F	大腸	正常
ht-127-S	SCC342	52	F<	胃	正常
ht-128-S<	SCC343	60	F	胃部	正常
SCC344	60	男	胃	正常
ht-130-S	SCC345	68	中	胃	正常
ht-215-CD	SCC346	59	F	結腸降部	正常
ht-215-CT	SCC347	59	F	結腸超越	正常
ht-215-D	SCC348	59	正常
F	十二指腸	正常
ht-222-D	SCC349	33	M	十二指腸	正常
ht-180-D	SCC350	38	F	十二指腸
ht-185-D	SCC351	45	M	十二指腸	正常
ht-188-D	SCC352	50	F	十二指腸	正常
SCC353	33	F	結腸乙狀	正常邊緣到克羅恩氏(RNA-seq)
ht-205-D	SCC354	33	F	十二指腸	正常邊緣至克羅恩氏腫瘤
ht-205-I	SCC355	33	F	回腸	正常邊緣至克羅恩
ht-213-CA	SCC356	36	F	結腸上升	UC正常邊緣
ht-213-CD	SCC357	36	F	對UC正常邊距
正常邊距至 UC
ht-213-CT	SCC358	36	F	結腸超越	正常邊緣至UC
ht-213-D	SCC359	36	F	十二指腸	UC正常邊緣
HT-213-D
ht-214-I	SCC360	46	M	回廊	正常邊緣至 UC
ht-227-D	SCC362	62	M	十二指腸	UC正常邊緣
ht-230-D<	SCC363	59	F	十二指肠	UC正常边缘
ht-506-I	SCC368	34	F	迴腸	正常邊緣至克羅恩氏病
ht-352-D	SCC370	55	F<	十二指腸	正常
CSC.406N	SCC725	69
CSC。	F	結腸	正常 (鄰近 CRC 組織)
CSC.421N	SCC726	83<	F	結腸	正常(CRC組織鄰近)
CSC.449N	SCC727	40	M	結腸	正常(鄰近CRC組織)

腺瘤和腺癌 胃腸道 PDOs

ID	型錄編號	年齡	性別	器官	疾病類型或正常
14-881-CR	SCC310	46	M	結腸 (直腸)	腺癌 (TP53 Pro151Ser, KRAS Gly12Asp, APC Pro1443fs) (RNA-seq)
ht-131-C	SCC328	58	F	結腸	腺瘤
CSC.240	SCC721	83	M	結腸癌	腺癌
POP.024.G4	SCC728	66	M	結腸	腺癌，轉移性（肝臟）
CSC.073.G1	SCC729	67	M	結腸	腺癌，轉移性（肺）
OP.074.G4	SCC730	86	M	結腸癌	腺癌
OP.112.G2	SCC731	74	M	結腸癌	腺癌
OP.161.G1	SCC732	60	F	結腸	腺癌，轉移性（肺）
OP.141.G2	SCC733	57	M	結腸癌	腺癌，轉移性（肝臟）
OP.174.G1	SCC734	56	M	結腸癌	腺癌，轉移性（肺）
OP.170	SCC735	61	M	結腸癌	腺癌，轉移性（肝臟）
OP.066.G4	SCC736	46	F	結腸	腺癌，轉移性（肝臟）
OP.092.G2	SCC737	46	F	結腸	腺癌
OP.160.G2	SCC738	69	M	結腸癌	腺癌，轉移性（肝臟）
CSC.171C.G1	SCC739	47	F	結腸癌	腺癌
CSC.171L.G1	SCC740	47	F	結腸	腺癌，轉移性（肝臟）
CSC.413	SCC741	43
SC.	M	結腸癌	腺癌
CSC.456	SCC742	68	M	結腸	腺癌，轉移性（肝臟）
CSC.463	SCC743	43	F	結腸	腺癌，轉移性（肺）

結腸直腸癌 胃腸道 PDOs

* 購買前不需要 HUB 使用條款協議。

ID	型錄編號	年齡	性別	器官	疾病類型或正常
ISO34	SCC500*	否/A	否/A	乙狀結腸	結腸直腸癌 (APC ∆E1451*, BRAF ∆K601E)
ISO38	SCC501*	N/A	N/A	Sigmoid Colon	大腸癌 (TP53 Pro151Ser, KRAS Gly12Asp, APC Pro1443fs)
ISO48	SCC502*	N/A	N/A	盲腸癌	結腸直腸癌 (PIK3CA ∆)E542K, CTNNB1 ∆S33C)
ISO49	SCC503*<	否/A	否/A	乙狀結腸下部	結腸直腸癌 (APC ∆R1450*A1446Lfs*27, TP53 ∆R248Q, KRAS ∆R248Q, KRAS ∆R248Q, KRAS ∆R248Q, KRAS ∆R248Q, KRAS ∆R248Q)G12D, PIK3CA ∆E542K, FBXW7 ∆R465C)
ISO50	SCC504*	不適用	不適用	結腸 (直腸)	結腸直腸癌 (APC ∆R232*E1286*, TP53 ∆R248Q"；KRAS ∆G12D, SMAD4 ∆E526K, SMAD2 ∆S464*)
ISO57	SCC505*	否/A	否/A	結腸 (直腸上部)	結腸直腸癌 (APC ∆Q978*, TP53 ∆R282W, KRAS ∆G13D)
ISO68	SCC506*	N/A	N/A	乙狀結腸	結腸直腸癌 (APC ∆Q1096*E1408*, TP53 ∆R248W, KRAS ∆G13D, SMAD4 ∆Q534*)
ISO72	SCC507*	N/A<	N/A	盲腸	大腸癌 (APC ∆Q1291*, KRAS ∆G12D, ERBB3 ∆A232V)

克隆氏症和潰瘍性結腸炎胃腸道 PDOs

ID	型錄編號	年齡	器官	疾病類型或正常
ht-206-CR	SCC365。	24	F	Colon	克羅恩氏症 (RNA-seq)
ht-206-I-CR	SCC366	24	F	回盲腸	克羅恩腸
ht-208-CR-CR	SCC368	34	F	回腸	正常邊緣至 Crohns
ht-405-CA-UC	SCC369	36	F	結腸升支	潰瘍性結腸炎

胃腸類器官資料

圖 2. 人類結腸有機體（Colon-87、SCC321）的免疫細胞化學特性。人類結腸 PDOs 對結腸特異性標記呈陽性反應：CA II、CA IV 和 Mucin5B，後後腸標誌物：CDX2、幹細胞標記：Lgr5 和 Sca1 以及上皮標記：TPH-1 和 E-Cad。

圖 3. 前 30 個不同表達基因的熱圖。

表 1. 人類 iPSC、iPSC 衍生的結腸器官組織與成人患者衍生的組織器官組織的基因表達差異。

hiPSC	基因名稱	人類 iPSC (平均值)	人類iPSC衍生的結腸有機體（平均值）
相較於 hiPSC，結腸有機體過度表達的基因	TJP3	664	4932	4401	緊密結合蛋白ZO-3
	CDKN1A	793	7570	11107	細胞倚賴激酶抑制劑 1A
	EPHB2	784<	2608	2372	Ephrin類型B受體2
	64	6601	21930	醛脫氫酶 1
	LGR5	2	503	524	腸道幹細胞生物標記
	MYC	1142	2828	2661<	原癌基因
	CDX2	4	1399	3980	腸道特異性轉錄因子
	KRT20	2	162	6027	1型細胞角蛋白；成熟腸細胞和絨毛細胞的主要蛋白
	BMP2	169	827	2910	TGFb訊號通路
	LY6E	2555	10162	36304	與耐藥性& 乳癌中腫瘤免疫逃逸相關
	EPHB3	61	4652	337	Ephrin type B receptor 3<
	MUC5B	7	935	48	編碼呼吸道黏蛋白糖蛋白
	MUC2	1	9<	126	從腺泡細胞分泌；凝膠提供不溶性黏液屏障，保護腸上皮
	CA2	126	200	2207	碳酸酐酶 II，在許多組織中表達的酵素，包括消化道
	CDH1	8052	10517	20622	上皮細胞黏附素; E-cadherin
相對於hiPSC較低表達的基因	DCLK1			4	2	微管相關蛋白激酶；小腸中的簇細胞標記
	CCNA2	4002	1226	1008	環狀蛋白 A2
	TAGLN	4460	184	94	涉及 Ca 相互作用和細胞收縮特性的肌動蛋白交聯/膠凝蛋白
	TAGLN
	PLK1	5077	1513	1221	G2/M轉換的早期觸發器
	CDC20	5093	2198	1257	參與通路蛋白質泛素化
GNA14	711<	9	74	G-蛋白家族成員

圖 4. 成人組織衍生的結腸 (SCC321, Colon-87) 和十二指腸 (SCC320, DUO-85) 器官組織會表達 SARS-CoV-2 相關蛋白質 ACE2 和 TMPRSS2。

圖 5. Forskolin 誘導十二指腸腸道有機體 (SCC314, DUO-81) 腫脹。計算相對於 FSK 處理 T=0 的器官總面積增加，並取每個條件下 10 個獨立囊腫的平均值。比例尺 = 500 um。

圖 6. 生成根尖外 illeum 腸道器官組織 (SCC339、HT-105-I)。用 dapi (藍色) 和 ZO-1 (綠色) 抗體染色頂端出腸有機體，以分析上皮極性逆轉的效率。