OligoEvaluator™ do obliczania Tm i analizy primerów
OligoEvaluator™ dla starterów DNA lub RNA
OligoEvaluator to narzędzie do analizy starterów oligonukleotydów. Analizuje strukturę drugorzędową, tworzenie dimerów starterów i właściwości fizyczne oligonukleotydów.
Z przyjemnością oferujemy OligoEvaluator™, nasz internetowy kalkulator sekwencji oligonukleotydów, który zapewnia wartości analizy starterów dla PCR:
- Liczba zasad
- Masa cząsteczkowa
- Współczynnik ekstynkcji
- Typ oligo
- µg/OD przy 260 nm
- Długość (pary zasad)
- Temperatura topnienia Tm (°C)
- Zawartość GC %
- Zacisk GC
- Długość przebiegu (bp)
- Secondary structure
- Primer dimer check
- BLAST sequence link
OligoEvaluator™ jest łatwy w użyciu: wybierz DNA lub RNA, wklej sekwencję i kliknij przycisk oblicz, aby narzędzie OligoEvaluator™ zwróciło wartości. Wszystkie zgłoszone właściwości są dostępne do eksportu do wygodnego szablonu Excel.
Oblicz właściwości oligo, zawiesinę i rozcieńczenie
OligoEvaluator™ składa się z trzech modułów. Wybierz analizę, aby sprawdzić pełne właściwości do 10 starterów jednocześnie. Resuspension i Dilution są oddzielnymi modułami kalkulatora w OligoEvaluator™.
| Moduły | Funkcje |
|---|---|
| Analiza | Wprowadź do 10 sekwencji jednocześnie, a narzędzie zwróci wartości dla wszystkich głównych właściwości fizycznych, takich jak masa cząsteczkowa, temperatura topnienia, struktura drugorzędowa i tworzenie dimerów starterów (informacje o strukturze drugorzędowej i tworzeniu dimerów starterów są dostarczane w prostym do interpretacji formacie tekstowym, np.g. struktura drugorzędowa--strong) |
| Resuspension | Wprowadź ilość, pożądane stężenie i masę cząsteczkową, a narzędzie zwróci objętość wody lub buforu potrzebną do ponownego zawieszenia suchego oligonukleotydu |
| Rozcieńczanie | Wprowadź stężenie podstawowe (zawiesiny), żądaną objętość końcową i żądane stężenie końcowe, a narzędzie zwróci objętość roztworu podstawowego potrzebną do rozcieńczenia |
Zaawansowane funkcje kalkulatora | |
|---|---|
| Funkcja | Opis |
| Warunki reakcji | Przegląd analizy struktury drugorzędowej i tworzenia dimerów starterów w celu sprawdzenia problematycznego składania |
| Wyszukiwanie BLAST | Sprawdzenie homologii sekwencji oligonukleotydów |
Warunki reakcji
Definicje i wartości używane w kalkulatorze OligoEvaluator™
| Parametr | Value |
|---|---|
| Oligo Concentration | Domyślna wartość = 250.0 nM. |
| Stężenie jonów jednowartościowych | Jest to stężenie wszystkich jonów jednowartościowych, np. K+, obecnych w mieszaninie reakcyjnej. K+ zachęca do annealingu poprzez zmniejszenie odpychania ładunku między ujemnie naładowanymi starterami i szkieletem matrycy. Wartość domyślna = 100,0 mM. |
| Stężenie wolnych jonów Mg++ | Jest to stężenie Mg2+ (jonów magnezu) w mieszaninie reakcyjnej. Mg2+ jest kofaktorem wymaganym przez termostabilne polimerazy DNA. Wartość domyślna = 5,0 mM. |
| Równoważnik Na[+] ogółem | Równoważnik sodu jest obliczany w następujący sposób: [Na+] = Stężenie jonów jednowartościowych + 4 × (Wolny Mg2+) 1/2 (wszystko w molarności) Wartość domyślna = 382.84 mM |
| Temperatura do obliczania energii swobodnej | Służy do obliczania energii swobodnej Gibbsa (ΔG) według wzoru: ΔG = ΔH - T ΔS. Wartość domyślna = 25,0 °C (298K). |
Jak obliczyć temperaturę annealingu startera?
OligoEvaluator™ podaje temperaturę topnienia oligos. Wystarczy wprowadzić sekwencję w module analizy kalkulatora, a wartość Tm zostanie podana w siódmej kolumnie. Temperatura wyżarzania powinna być zwykle o kilka stopni niższa od wartości Tm . Więcej szczegółowych informacji na temat temperatury topnienia można znaleźć w naszym artykule na temat Temperatura topnienia oligonukleotydów.
Network error: Failed to fetch
Zaloguj się lub utwórz konto, aby kontynuować.
Nie masz konta użytkownika?Dla wygody naszych klientów ta strona została przetłumaczona maszynowo. Dołożyliśmy starań, aby zapewnić dokładne tłumaczenie maszynowe. Tłumaczenie maszynowe nie jest jednak doskonałe. Jeśli tłumaczenie maszynowe nie spełnia Twoich oczekiwań, przejdź do wersji w języku angielskim.
