Accéder au contenu
Merck

Enzymatic primer-extension with glycerol-nucleoside triphosphates on DNA templates.

PloS one (2009-03-24)
Jesse J Chen, Ching-Hsuan Tsai, Xin Cai, Allen T Horhota, Larry W McLaughlin, Jack W Szostak
RÉSUMÉ

Glycerol nucleic acid (GNA) has an acyclic phosphoglycerol backbone repeat-unit, but forms stable duplexes based on Watson-Crick base-pairing. Because of its structural simplicity, GNA is of particular interest with respect to the possibility of evolving functional polymers by in vitro selection. Template-dependent GNA synthesis is essential to any GNA-based selection system. In this study, we investigated the ability of various DNA polymerases to use glycerol-nucleoside triphosphates (gNTPs) as substrates for GNA synthesis on DNA templates. Therminator DNA polymerase catalyzes quantitative primer-extension by the incorporation of two glyceronucleotides, with much less efficient extension up to five glyceronucleotides. Steady-state kinetic experiments suggested that GNA synthesis by Therminator was affected by both decreased catalytic rates and weakened substrate binding, especially for pyrimidines. In an attempt to improve pyrimidine incorporation by providing additional stacking interactions, we synthesized two new gNTP analogs with 5-propynyl substituted pyrimidine nucleobases. This led to more efficient incorporation of gC, but not gT. We suggest that directed evolution of Therminator might lead to mutants with improved substrate binding and catalytic efficiency.

MATÉRIAUX
Référence du produit
Marque
Description du produit

Sigma-Aldrich
Acide acétique, glacial, ReagentPlus®, ≥99%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Bicarbonate de sodium, ReagentPlus®, ≥99.5%, powder
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Tétrakis(triphénylphosphine)palladium(0), 99%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Urée, powder, BioReagent, for molecular biology, suitable for cell culture
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Sulfite de sodium, ≥98%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Tampon bicarbonate triéthylammonium, 1.0 M, pH 8.5±0.1
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
N,N-Diméthylformamide, for molecular biology, ≥99%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Sodium hydride, dry, 90%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Ethylenediaminetetraacetic acid, anhydrous, crystalline, BioReagent, suitable for cell culture
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Iode, ≥99.99% trace metals basis
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Ammonium citrate tribasic, ≥97% (titration)
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Xylene Cyanol FF, BioReagent, for molecular biology
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Triéthylamine, ≥99.5%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Acétonitrile, anhydrous, 99.8%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
DEAE Sephadex® A-25 chloride form
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Potassium carbonate, BioXtra, ≥99.0%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Acetic anhydride, ReagentPlus®, ≥99%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
2-Chloro-1,3,2-benzodioxaphosphorin-4-one, 95%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Bicarbonate de sodium, anhydrous, free-flowing, Redi-Dri, ReagentPlus®, ≥99.5%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Glycogen from rabbit liver, ≥85% dry basis (enzymatic)
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Tris(tetrabutylammonium) hydrogen pyrophosphate, ≥97.0% (calc. on dry substance, T)
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Bromophenol Blue, ACS reagent
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Sodium sulfate decahydrate, BioUltra, ≥99.0% (calc. on dry substance, T)
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Supelco
Gel de silice, high-purity grade (9385), pore size 60 Å, 230-400 mesh particle size
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
5-Iodouracil, 98%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Sulfite de sodium, anhydrous, Redi-Dri, reagent grade, ≥98%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Supelco
3-Hydroxypicolinic acid, matrix substance for MALDI-MS, ≥99.0% (HPLC)
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
5-Iodocytosine
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité