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Merck

Sensitive CometChip assay for screening potentially carcinogenic DNA adducts by trapping DNA repair intermediates.

Nucleic acids research (2019-12-12)
Le P Ngo, Norah A Owiti, Carol Swartz, John Winters, Yang Su, Jing Ge, Aoli Xiong, Jongyoon Han, Leslie Recio, Leona D Samson, Bevin P Engelward
RÉSUMÉ

Genotoxicity testing is critical for predicting adverse effects of pharmaceutical, industrial, and environmental chemicals. The alkaline comet assay is an established method for detecting DNA strand breaks, however, the assay does not detect potentially carcinogenic bulky adducts that can arise when metabolic enzymes convert pro-carcinogens into a highly DNA reactive products. To overcome this, we use DNA synthesis inhibitors (hydroxyurea and 1-β-d-arabinofuranosyl cytosine) to trap single strand breaks that are formed during nucleotide excision repair, which primarily removes bulky lesions. In this way, comet-undetectable bulky lesions are converted into comet-detectable single strand breaks. Moreover, we use HepaRG™ cells to recapitulate in vivo metabolic capacity, and leverage the CometChip platform (a higher throughput more sensitive comet assay) to create the 'HepaCometChip', enabling the detection of bulky genotoxic lesions that are missed by current genotoxicity screens. The HepaCometChip thus provides a broadly effective approach for detection of bulky DNA adducts.

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Sigma-Aldrich
Diméthylsulfoxyde, Hybri-Max, sterile-filtered, BioReagent, suitable for hybridoma, ≥99.7%
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Sigma-Aldrich
Trizma® base, Primary Standard and Buffer, ≥99.9% (titration), crystalline
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Sigma-Aldrich
HEPES, BioPerformance Certified, ≥99.5% (titration), suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Dexaméthasone, powder, BioReagent, suitable for cell culture, ≥97%
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Sigma-Aldrich
Percoll®, pH 8.5-9.5 (25 °C), suitable for cell culture
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Bicarbonate de sodium solution, solution (7.5%), sterile-filtered, BioReagent, suitable for cell culture
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Chlorhydrate de Trizma®, BioPerformance Certified, suitable for cell culture, ≥99.0% (titration)
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Sigma-Aldrich
L-Glutathion réduit, suitable for cell culture, BioReagent, ≥98.0%, powder
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Sigma-Aldrich
Hydroxyurée, 98%, powder
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Sigma-Aldrich
Cytosine β-D-arabinofuranoside, crystalline, ≥90% (HPLC)
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Roche
Insulin-Transferrin-Sodium Selenite Supplement, suitable for cell culture, lyophilized, pkg of 50 mg (for 5 l medium)
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146,00 $US
Sigma-Aldrich
Aprotinine from bovine lung, lyophilized powder, 3-8 TIU/mg solid, BioReagent, suitable for cell culture
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