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XBAI-RO
Roche
Xba I
from recombinant E.Coli
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About This Item
UNSPSC-Code:
12352204
Empfohlene Produkte
![Refractive index standard traceable to NIST, traceable to PTB, [α]/D 60°, Brix CERTIPUR®](/deepweb/assets/sigmaaldrich/product/images/137/112/c7ee9f1e-5b1a-475f-9853-3595c8466217/640/c7ee9f1e-5b1a-475f-9853-3595c8466217.jpg)
Biologische Quelle
Escherichia coli
Qualitätsniveau
Form
solution
Verpackung
pkg of 1,000 U (10674257001 [10 U/μl])
pkg of 20,000 U (10674273001 [10 U/μl])
pkg of 20,000 U (11047663001 [40 U/μl])
pkg of 5,000 U (10674265001 [10 U/μl])
Hersteller/Markenname
Roche
Parameter
37 °C optimum reaction temp.
Methode(n)
DNA sequencing: suitable
Lagertemp.
−20°C
Verwandte Kategorien
Allgemeine Beschreibung
Xba I erkennt die Sequenz T↓*CTAGA und erzeugt Fragmente mit 5′-kohäsiven Termini. Das Enzym benötigt mindestens zwei Nukleotide um die Zielsequenz, bevor es die Spaltstelle schneidet.
Kompatible Enden
Xba-I-Enden sind kompatibel mit Fragmenten, die von Avr I, Nhe I und Spe I erzeugt werden.
Isoschizomere
Es ist nicht bekannt, dass das Enzym Isoschizomere hat.
Methylierungsempfindlichkeit
Der Xba-I-Verdau der DNA wird durch das Dam-Genprodukt von E. coli gehemmt, das die 6N-Position von Adenin in der Sequenz GATC methyliert. Das Enzym wird auch durch 5-Methylcytosin oder 5-Hydroxymethylcytosin an der auf der Erkennungssequenz angegebenen Stelle (*) inhibiert.
Aktivität im SuRE/Cut-Puffersystem
Für eine optimale Aktivität wird durch Fettdruck gekennzeichnete Puffer empfohlen:
A B L M H
100 % 75–100 % 75–100 % 75–100 % 100 %
Relative Aktivität im kompletten PCR-Mix
Die relative Aktivität im PCR-Mix (Taq-DNA-Polymerase-Puffer) beträgt 60 %. Der PCR-Mix enthielt λDNA, Primer, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3, +20 °C), 50 mM KCl, 1,5 mM MgCl2, 200 μM dNTPs, 2,5 U Taq-DNA-Polymerase. Der Mix wurde 25 Amplifikationszyklen unterzogen. Die Aktivität im Reaktionspuffer des Pwo-SuperYield-DNA-Polymerase-PCR-Mixes beträgt 25 %. Bei Zugabe von GC-RICH-Lösung steigt die Aktivität auf 100 %.
Inkubationstemperatur
+37 °C
Anzahl der Spaltstellen auf verschiedenen DNAs
λ Ad2 SV40 φX174 M13mp7 M13mp18 pBR322 pBR328 pUC18
1 5 0 0 0 1 0 0 1
Mit PFGE getestet
Xba I wurde mithilfe der Pulsed-Field-Gelelektrophorese (an bakteriellen Chromosomen) getestet. Für die Spaltung von in Agarose eingebetteter genomischer DNA (E. coli C 600) für die PFGE-Analyse empfehlen wir 10 U Enzym pro μg DNA und ca. 4 Stunden Inkubationszeit.
Ligations- und Nachschneideassay
Xba-I-Fragmente, die durch vollständigen Verdau von 1 μg pUC18-DNA gewonnen wurden, werden mit 1 U T4-DNA-Ligase in einem Volumen von 10 μL durch Inkubation für 16 Stunden bei +4 °C in 66 mM Tris-HCl, 5 mM MgCl2, 5 mM Dithiothreitol und 1 mM ATP bei einem pH von 7,5 (bei +20 °C) ligiert, was zu einer Rückgewinnung von >90% der pUC18-DNA führt.
Nachfolgendes Nachschneiden mit Xba I ergibt >95 % des typischen Musters von pUC18 × Xba-I-Fragmenten.
Kompatible Enden
Xba-I-Enden sind kompatibel mit Fragmenten, die von Avr I, Nhe I und Spe I erzeugt werden.
Isoschizomere
Es ist nicht bekannt, dass das Enzym Isoschizomere hat.
Methylierungsempfindlichkeit
Der Xba-I-Verdau der DNA wird durch das Dam-Genprodukt von E. coli gehemmt, das die 6N-Position von Adenin in der Sequenz GATC methyliert. Das Enzym wird auch durch 5-Methylcytosin oder 5-Hydroxymethylcytosin an der auf der Erkennungssequenz angegebenen Stelle (*) inhibiert.
Aktivität im SuRE/Cut-Puffersystem
Für eine optimale Aktivität wird durch Fettdruck gekennzeichnete Puffer empfohlen:
A B L M H
100 % 75–100 % 75–100 % 75–100 % 100 %
Relative Aktivität im kompletten PCR-Mix
Die relative Aktivität im PCR-Mix (Taq-DNA-Polymerase-Puffer) beträgt 60 %. Der PCR-Mix enthielt λDNA, Primer, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3, +20 °C), 50 mM KCl, 1,5 mM MgCl2, 200 μM dNTPs, 2,5 U Taq-DNA-Polymerase. Der Mix wurde 25 Amplifikationszyklen unterzogen. Die Aktivität im Reaktionspuffer des Pwo-SuperYield-DNA-Polymerase-PCR-Mixes beträgt 25 %. Bei Zugabe von GC-RICH-Lösung steigt die Aktivität auf 100 %.
Inkubationstemperatur
+37 °C
Anzahl der Spaltstellen auf verschiedenen DNAs
λ Ad2 SV40 φX174 M13mp7 M13mp18 pBR322 pBR328 pUC18
1 5 0 0 0 1 0 0 1
Mit PFGE getestet
Xba I wurde mithilfe der Pulsed-Field-Gelelektrophorese (an bakteriellen Chromosomen) getestet. Für die Spaltung von in Agarose eingebetteter genomischer DNA (E. coli C 600) für die PFGE-Analyse empfehlen wir 10 U Enzym pro μg DNA und ca. 4 Stunden Inkubationszeit.
Ligations- und Nachschneideassay
Xba-I-Fragmente, die durch vollständigen Verdau von 1 μg pUC18-DNA gewonnen wurden, werden mit 1 U T4-DNA-Ligase in einem Volumen von 10 μL durch Inkubation für 16 Stunden bei +4 °C in 66 mM Tris-HCl, 5 mM MgCl2, 5 mM Dithiothreitol und 1 mM ATP bei einem pH von 7,5 (bei +20 °C) ligiert, was zu einer Rückgewinnung von >90% der pUC18-DNA führt.
Nachfolgendes Nachschneiden mit Xba I ergibt >95 % des typischen Musters von pUC18 × Xba-I-Fragmenten.
Spezifität
Star-Aktivität
Die Sequenzspezifität von Xba I wird bei niedriger Ionenstärke oder durch Zugabe von Glycerin, Ethanol oder DMSO zum Inkubationsgemisch gelockert.
Erkennungsstellen: TCTAGA
TCTAGA
Erkennungsstelle: T↓CTAGA
T↓CTAGA
Hitze-Inaktivierung: Xba I kann durch 15-minütige Inkubation bei 65 °C hitzeinaktiviert werden (bis 15 U/μg DNA). Höhere Konzentrationen von Xba I können unter diesen Bedingungen nicht vollständig hitzeinaktiviert werden.
Die Sequenzspezifität von Xba I wird bei niedriger Ionenstärke oder durch Zugabe von Glycerin, Ethanol oder DMSO zum Inkubationsgemisch gelockert.
Erkennungsstellen: TCTAGA
TCTAGA
Erkennungsstelle: T↓CTAGA
T↓CTAGA
Hitze-Inaktivierung: Xba I kann durch 15-minütige Inkubation bei 65 °C hitzeinaktiviert werden (bis 15 U/μg DNA). Höhere Konzentrationen von Xba I können unter diesen Bedingungen nicht vollständig hitzeinaktiviert werden.
Anwendung
Das Restriktionsenzym Xba I wird für den Verdau genomischer DNA verwendet.
DNA-Profil
Anzahl der Spaltstellen auf verschiedenen DNAs
- λ: 1
- φX174: 0
- Ad2: 5
- M13mp7: 0
- pBR322: 0
- pBR328: 0
- pUC18: 1
- SV40: 0
Einheitendefinition
Eine Einheit ist die Enzymaktivität, die 1 μg λdam–-DNA in einer Stunde bei +37 °C in einem Gesamtvolumen von 50 μL (1x) SuRE/Cut-Puffer H vollständig spaltet.
Hinweis zur Analyse
Abwesenheit von unspezifischen Endonuklease-Aktivitäten
1 μg λDNA wird 16 Stunden in 50 μL SuRE/Cut-Puffer H mit einem Überschuss an Xba I inkubiert. Die Anzahl der Enzymeinheiten, die das enzymspezifische Muster nicht verändern, ist im Analysenzertifikat angegeben.
Abwesenheit von Exonuklease-Aktivität
Etwa 5 μg [3H]-markierte Kalbsthymus-DNA werden mit 3 μL Xba I 4 Stunden bei +37 °C in einem Gesamtvolumen von 100 μL 50 mM Tris-HCl, 10 mM MgCl2 und 1 mM Dithioerythritol bei einem pH von ca. 7,5 inkubiert. Unter diesen Bedingungen ist keine Freisetzung von Radioaktivität nachweisbar, wie im Analysenzertifikat angegeben.
1 μg λDNA wird 16 Stunden in 50 μL SuRE/Cut-Puffer H mit einem Überschuss an Xba I inkubiert. Die Anzahl der Enzymeinheiten, die das enzymspezifische Muster nicht verändern, ist im Analysenzertifikat angegeben.
Abwesenheit von Exonuklease-Aktivität
Etwa 5 μg [3H]-markierte Kalbsthymus-DNA werden mit 3 μL Xba I 4 Stunden bei +37 °C in einem Gesamtvolumen von 100 μL 50 mM Tris-HCl, 10 mM MgCl2 und 1 mM Dithioerythritol bei einem pH von ca. 7,5 inkubiert. Unter diesen Bedingungen ist keine Freisetzung von Radioaktivität nachweisbar, wie im Analysenzertifikat angegeben.
SuRE/Cut-Puffersystem
Für eine optimale Aktivität wird der durch Fettdruck gekennzeichnete Puffer empfohlen
Für eine optimale Aktivität wird der durch Fettdruck gekennzeichnete Puffer empfohlen
- A: 100 %
- B: 75–100 %
- H: 100 %
- L: 75–100 %
- M: 75–100 %
Aktivität im PCR-Puffer: 60 %
Die relative Aktivität im PCR-Mix (Taq-DNA-Polymerase-Puffer) beträgt 60 %. Der PCR-Mix enthielt λDNA, Primer, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3, 20 °C), 50 mM KCl, 1,5 mM MgCl2, 200 μM dNTPs, 2,5 U Taq-DNA-Polymerase. Der Mix wurde 25 Amplifikationszyklen unterzogen. Die Aktivität im Reaktionspuffer des Pwo-SuperYield-DNA-Polymerase-PCR-Mixes beträgt 25 %. Bei Zugabe von GC-RICH-Lösung steigt die Aktivität auf 100 %. Der Pwo-SuperYield-DNA-Polymerase-PCR-Mix ist in den USA nicht erhältlich.
Die relative Aktivität im PCR-Mix (Taq-DNA-Polymerase-Puffer) beträgt 60 %. Der PCR-Mix enthielt λDNA, Primer, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3, 20 °C), 50 mM KCl, 1,5 mM MgCl2, 200 μM dNTPs, 2,5 U Taq-DNA-Polymerase. Der Mix wurde 25 Amplifikationszyklen unterzogen. Die Aktivität im Reaktionspuffer des Pwo-SuperYield-DNA-Polymerase-PCR-Mixes beträgt 25 %. Bei Zugabe von GC-RICH-Lösung steigt die Aktivität auf 100 %. Der Pwo-SuperYield-DNA-Polymerase-PCR-Mix ist in den USA nicht erhältlich.
Sonstige Hinweise
Nur für die Life-Science-Forschung. Nicht für den Einsatz in diagnostischen Verfahren geeignet.
Nur Kit-Komponenten
Produkt-Nr.
Beschreibung
- Enzyme Solution
- SuRE/Cut Buffer H 10x concentrated
Lagerklassenschlüssel
12 - Non Combustible Liquids
WGK
WGK 1
Flammpunkt (°F)
does not flash
Flammpunkt (°C)
does not flash
Analysenzertifikate (COA)
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W J M Landman et al.
Avian pathology : journal of the W.V.P.A, 43(4), 345-356 (2014-06-20)
Escherichia coli colonies isolated from the bone marrow of fresh dead hens of laying flocks with the E. coli peritonitis syndrome (EPS) were genotyped using pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Typing is important from an epidemiological point of view and also
Unser Team von Wissenschaftlern verfügt über Erfahrung in allen Forschungsbereichen einschließlich Life Science, Materialwissenschaften, chemischer Synthese, Chromatographie, Analytik und vielen mehr..
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