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WGA4

Sigma-Aldrich

Kit de amplificación del genoma completo de una sola célula GenomPlex®

Amplify genome of a single cell

Sinónimos:

Single cell whole genome amplification, Whole genome amplification

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About This Item

Número CE:
254-457-8
Código UNSPSC:
12352200
NACRES:
NA.55
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Nivel de calidad

200

técnicas

whole genome amplification: suitable

Condiciones de envío

wet ice

temp. de almacenamiento

−20°C

Descripción general

En el kit de amplificación del genoma completo de una sola célula GenomePlex® se utiliza una tecnología patentada basada en la fragmentación aleatoria del ADN genómico y la conversión de los pequeños fragmentos resultantes en una colección de moléculas amplificables por PCR flanqueadas por sitios de cebado universales. La amplificación del genoma completo (WGA) se consigue por amplificación mediante PCR de las moléculas de la colección utilizando oligonucleótidos cebadores universales. Este kit está diseñado para amplificar el genoma de una sola célula. Este método rápido y sencillo proporciona una amplificación del orden de millones de veces que produce microgramos del ADN genómico procedente de una sola célula. Los métodos tradicionales de amplificación del genoma completo de una sola célula producen cantidades insuficientes con una representación significativamente sesgada. El kit incluye todos los reactivos necesarios para la lisis celular y la exitosa amplificación del genoma completo. Las células individuales pueden aislarse mediante clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS), microdisección por captura láser (LCM), dilución o cualquier otro método aplicable.

Aplicación

El kit de amplificación del genoma completo de una sola célula GenomePlex® se ha utilizado:

  • para amplificar el ADN aislado[1]
  • en la amplificación del genoma completo (WGA)[2]
  • para amplificar los ADN microdisecados[3]
  • para la amplificación del ADN genómico de células tumorales circulantes procedente de células de cáncer de próstata metastásico resistentes a la castración[4]
  • para la detección de variaciones del número de copias (CNV) mediante el método de secuenciación del genoma completo a baja cobertura de una sola célula (SLWGS)[5]
  • en la electroforesis en gel
  • en la qPCR
  • micromatrices de hibridación genómica comparativa
  • análisis de repetición corta en tándem (STR)
  • análisis de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP)

Características y beneficios

  • Gran rendimiento y precisión de la amplificación del ADN en cuatro horas
  • Amplificación del ADN de cualquier fuente, como células cancerosas, células epiteliales, linfocitos, células amnióticas, fibroblastos, células fijas de policarbonato, y células vegetales
  • Representación completa de todo el genoma con sesgo alélico mínimo
  • La ADN polimerasa WGA es adecuada para utilizar en aplicaciones posteriores, como electroforesis en gel, qPCR, micromatrices de hibridación genómica comparativa (CGH), análisis de repetición corta en tándem (STR) y análisis de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), ensayos TaqMan® y análisis de microsatélites

Otras notas

Las secuencias de los cebadores universales proporcionadas en este kit se consideran privadas.

Información legal

El empleo de este producto está cubierto por una o más de las siguientes patentes estadounidenses y las correspondientes reivindicaciones de patente fuera de los Estados Unidos: 5,789,224, 5,618,711, 6,127,155 y las reivindicaciones fuera de los EE.UU. Correspondientes a la patente estadounidense caducada nº 5,079,352. La adquisición de este producto incluye una inmunidad limitada intransferible contra pleitos según las reivindicaciones de patentes anteriores para utilizar sólo esta cantidad de producto para la propia investigación interna del comprador. No se transfiere expresamente, por implicación ni por estoppel derecho alguno sobre otra reivindicación de patente, ni derecho de ejecución de ningún método patentado ni derecho de realización de servicios comerciales de ningún tipo, entre otros, informar de los resultados de las actividades del comprador por un precio u otra consideración comercial. Este producto está indicado solo para investigación. Los usos diagnósticos bajo patentes de Roche requiere una licencia aparte de Roche. Para más información sobre las licencias de compra, contacte con el Director de Licencias, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California 94404, EE.UU.
GenomePlex is a registered trademark of Takara Bio USA, Inc.
TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc.

Los componentes del kit también están disponibles por separado

Referencia del producto
Descripción
SDS
  • L104310x Single Cell Lysis & Fragmentation BufferSDS
  • P4850Proteinase K from Tritirachium album, buffered aqueous glycerol solution, for molecular biology, ≥800 units/mLSDS
  • W4502Water, Nuclease-Free Water, for Molecular BiologySDS

Pictogramas

Health hazard
GHS08

Palabra de señalización

Danger

Frases de peligro

H334

Consejos de prudencia

P261 - P284 - P501

Clasificaciones de peligro

Resp. Sens. 1

Código de clase de almacenamiento

10 - Combustible liquids

Punto de inflamabilidad (°F)

Not applicable

Punto de inflamabilidad (°C)

Not applicable

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Certificados de análisis (COA)

Lot/Batch Number
0000331177
SLCR4442
SLCP0781
SLCQ8047
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Nathan R Treff et al.
Molecular human reproduction, 16(8), 583-589 (2010-05-21)
Many studies estimate that chromosomal mosaicism within the cleavage-stage human embryo is high. However, comparison of two unique methods of aneuploidy screening of blastomeres within the same embryo has not been conducted and may indicate whether mosaicism has been overestimated
Nathan R Treff et al.
Fertility and sterility, 94(6), 2017-2021 (2010-03-02)
To develop and validate a whole genome amplification and single nucleotide polymorphism (SNP) microarray protocol for accurate single cell 24 chromosome aneuploidy screening. Prospective, randomized, and blinded study. Academic reproductive medicine center. Multiple euploid and aneuploid cell lines were obtained
Nicholas Navin et al.
Nature, 472(7341), 90-94 (2011-03-15)
Genomic analysis provides insights into the role of copy number variation in disease, but most methods are not designed to resolve mixed populations of cells. In tumours, where genetic heterogeneity is common, very important information may be lost that would
Timour Baslan et al.
eLife, 9 (2020-05-14)
Copy number alterations (CNAs) play an important role in molding the genomes of breast cancers and have been shown to be clinically useful for prognostic and therapeutic purposes. However, our knowledge of intra-tumoral genetic heterogeneity of this important class of
Yue-Qiu Tan et al.
Genetics in medicine : official journal of the American College of Medical Genetics, 21(5), 1209-1217 (2019-05-03)
Comorbid familial nonobstructive azoospermia (NOA) and congenital cataract (CC) have not been reported previously, and no single human gene has been associated with both diseases in humans. Our purpose was to uncover novel human mutations and genes causing familial NOA
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Questions

1–7 of 7 Questions  

  1. I want the amplified product to be NGS sequenced. What is the error rate during amplification and the coverge rate of the genome?

    1 answer

    1. The error rate during amplification has not been determined, but without proofreading, the whole genome amplification polymerase error rate is expected to be similar to native Taq polymerase, typically in the range of approximately 1 × 10^5 to 2 × 10^4. Publications specifically quantifying coverage can be found in early work with WGA4, which reported an overall measured coverage of 78% for aneuploidy screening (doi.org/10.1016/j.fertnstert.2007.07.789). Later work using WGA4 to measure gene copy number variation (https://doi.org/10.1038/srep11415) showed coverage varied by GC content; in areas with a GC composition of 30-60%, the coverage varied approximately 60-120% (rat genomic DNA has 41.9% GC). Several papers have been published on obtaining optimal results and accurate analysis from the kit, with the most relevant being (https://doi.org/10.1038/nprot.2012.039).

      Helpful?

  2. Is there an estimate for the ratio of ssDNA to dsDNA, like roughly 3 times more ssDNA than dsDNA? Also, does the advertised 5-10 ug of DNA for WGA4 correspond to total DNA or just dsDNA?

    1 answer

    1. The ratio of ssDNA to dsDNA has not been determined. However, the 5-10 ug of DNA advertised for WGA4 corresponds to total DNA, not just dsDNA.

      Helpful?

  3. What A260/A280 ratios are expected for a successful WGA 4 product using the WGA4 kit?

    1 answer

    1. The A260/280 has not been measured for any amplification product; however, given that starting material is infinitesimal quantities and adding very little protein, the expectation is for A260/280 to resemble that of pure DNA, especially after purification using the GenElute PCR Cleanup Kit (Catalog Number NA1020).

      Helpful?

  4. Can Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit, be used with purified DNA?

    1 answer

    1. Yes. The kit is designed to amplify the small amount of DNA that is present in a single cell (3-5 pg). It will also work with small amounts of purified DNA; we recommend less than 100 pg.

      Helpful?

  5. Can the amplified Omniplex products resulting from the use of Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit, be used for TA cloning?

    1 answer

    1. Yes.  Please ensure that a final extension of 7-30 minutes at 72°C is included after amplification if performing subsequent TA cloning reactions.

      Helpful?

  6. What is the Department of Transportation shipping information for this product?

    1 answer

    1. Transportation information can be found in Section 14 of the product's (M)SDS.To access the shipping information for this material, use the link on the product detail page for the product.

      Helpful?

  7. What kinds of cells can be used as starting materials with Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit?

    1 answer

    1. The cell lysis method involves treatment with proteinase K and heat. Most cells will be lysed under these conditions.

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