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Merck

Proteogenomic Characterization Reveals Therapeutic Vulnerabilities in Lung Adenocarcinoma.

Cell (2020-07-11)
Michael A Gillette, Shankha Satpathy, Song Cao, Saravana M Dhanasekaran, Suhas V Vasaikar, Karsten Krug, Francesca Petralia, Yize Li, Wen-Wei Liang, Boris Reva, Azra Krek, Jiayi Ji, Xiaoyu Song, Wenke Liu, Runyu Hong, Lijun Yao, Lili Blumenberg, Sara R Savage, Michael C Wendl, Bo Wen, Kai Li, Lauren C Tang, Melanie A MacMullan, Shayan C Avanessian, M Harry Kane, Chelsea J Newton, MacIntosh Cornwell, Ramani B Kothadia, Weiping Ma, Seungyeul Yoo, Rahul Mannan, Pankaj Vats, Chandan Kumar-Sinha, Emily A Kawaler, Tatiana Omelchenko, Antonio Colaprico, Yifat Geffen, Yosef E Maruvka, Felipe da Veiga Leprevost, Maciej Wiznerowicz, Zeynep H Gümüş, Rajwanth R Veluswamy, Galen Hostetter, David I Heiman, Matthew A Wyczalkowski, Tara Hiltke, Mehdi Mesri, Christopher R Kinsinger, Emily S Boja, Gilbert S Omenn, Arul M Chinnaiyan, Henry Rodriguez, Qing Kay Li, Scott D Jewell, Mathangi Thiagarajan, Gad Getz, Bing Zhang, David Fenyö, Kelly V Ruggles, Marcin P Cieslik, Ana I Robles, Karl R Clauser, Ramaswamy Govindan, Pei Wang, Alexey I Nesvizhskii, Li Ding, D R Mani, Steven A Carr
RESUMEN

To explore the biology of lung adenocarcinoma (LUAD) and identify new therapeutic opportunities, we performed comprehensive proteogenomic characterization of 110 tumors and 101 matched normal adjacent tissues (NATs) incorporating genomics, epigenomics, deep-scale proteomics, phosphoproteomics, and acetylproteomics. Multi-omics clustering revealed four subgroups defined by key driver mutations, country, and gender. Proteomic and phosphoproteomic data illuminated biology downstream of copy number aberrations, somatic mutations, and fusions and identified therapeutic vulnerabilities associated with driver events involving KRAS, EGFR, and ALK. Immune subtyping revealed a complex landscape, reinforced the association of STK11 with immune-cold behavior, and underscored a potential immunosuppressive role of neutrophil degranulation. Smoking-associated LUADs showed correlation with other environmental exposure signatures and a field effect in NATs. Matched NATs allowed identification of differentially expressed proteins with potential diagnostic and therapeutic utility. This proteogenomics dataset represents a unique public resource for researchers and clinicians seeking to better understand and treat lung adenocarcinomas.

MATERIALES
Referencia del producto
Marca
Descripción del producto

Sigma-Aldrich
Ácido trifluoroacético, suitable for HPLC, ≥99.0%
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Sigma-Aldrich
Fosfato de potasio monobasic, ACS reagent, ≥99.0%
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Sigma-Aldrich
Fosfato de sodio dibasic, ACS reagent, ≥99.0%
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Sigma-Aldrich
Fosfato de potasio dibasic, ACS reagent, ≥98%
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Sigma-Aldrich
Ácido fórmico, reagent grade, ≥95%
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Sigma-Aldrich
Hidróxido de amonio solution, 28% NH3 in H2O, ≥99.99% trace metals basis
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Sigma-Aldrich
Phosphatase Inhibitor Cocktail 2, aqueous solution (dark coloration may develop upon storage, which does not affect the activity)
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Sigma-Aldrich
Cóctel de inhibidores de fosfatasa 3, DMSO solution
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Sigma-Aldrich
Yodoacetamida, Single use vial of 56 mg
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Sigma-Aldrich
Hydroxylamine solution, 50 wt. % in H2O
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Sigma-Aldrich
Cloruro de hierro (III), anhydrous, powder, ≥99.99% trace metals basis
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Sigma-Aldrich
Fluoruro de fenilmetansulfonilo, ≥99.0% (T)
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Sigma-Aldrich
Cloruro de sodio, BioUltra, for molecular biology, ≥99.5% (AT)
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Sigma-Aldrich
Pyridinium chlorochromate, 98%
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Sigma-Aldrich
Urea, BioXtra, pH 7.5-9.5 (20 °C, 5 M in H2O)
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BRAND® 96-well microplate, U-bottom, round bottom, non-sterile
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Sigma-Aldrich
N-[Tris(hydroxymethyl)methyl]acrylamide, contains ≤7% KCl, 93%
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Sigma-Aldrich
Nα-Acetyl-L-lysine
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Sigma-Aldrich
Aprotinin Nicotiana tobacco, >= 5TIU/mg protein, >= 98 % SDS-PAGE | 9087-70-1, recombinant, expressed in Nicotiana (tobacco), ≥5 TIU/mg protein, ≥98% (SDS-PAGE)
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Sigma-Aldrich
Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt solution, for molecular biology, 0.5 M in H2O, DNase, RNase, NICKase and protease, none detected
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Sigma-Aldrich
O-Phospho-L-tyrosine
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Sigma-Aldrich
Sodium fluoride, BioXtra, ≥99%
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