The GenomePlex® Single Cell WGA4 Single Cell DNA Amplification Kits can be sequenced using any library preparation kit that includes end repair (Blunting + A tailing + 5' phosphorylation) followed by adapter ligation.
WGA4
Kit d′amplification de génome complet de cellule unique GenomePlex®
Amplify genome of a single cell
Synonyme(s) :
Single cell whole genome amplification, Whole genome amplification
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About This Item
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Niveau de qualité
Technique(s)
whole genome amplification: suitable
Conditions d'expédition
wet ice
Température de stockage
−20°C
Description générale
Le kit d'amplification du génome entier de cellules isolées GenomePlex® utilise une technologie exclusive basée sur la fragmentation aléatoire de l'ADN génomique et la conversion des petits fragments obtenus en molécules de banque amplifiables par PCR flanquées de sites d'amorçage universels. L'amplification du génome entier (WGA pour "Whole Genome Amplification") est obtenue par amplification PCR des molécules de la banque avec des amorces oligonucléotidiques universelles. Ce kit est conçu pour amplifier le génome d'une cellule unique. Son procédé simple et rapide permet d'amplifier l'ADN génomique plusieurs millions de fois, donnant plusieurs microgrammes de produit à partir d'une seule cellule. Outre leur rendement insuffisant, les méthodes classiques d'amplification du génome entier de cellules isolées introduisent d'importants biais de représentation. Ce kit contient tous les réactifs nécessaires à la lyse cellulaire suivie de l'amplification du génome entier. Les cellules peuvent être isolées par cytofluorométrie en flux (FACS pour "Fluorescence-Activated Cell Sorting"), microdissection par capture laser (LCM pour "Laser Capture Microdissection"), dilution ou toute autre technique appropriée.
Application
Le kit d'amplification du génome entier de cellules isolées GenomePlex® a été utilisé :
- pour amplifier de l'ADN isolé[1]
- dans l'amplification du génome entier (WGA)[2]
- pour amplifier des ADN issus de microdissection[3]
- pour amplifier l'ADN génomique de cellules tumorales circulantes à partir de cellules du cancer de la prostate métastatique résistant à la castration[4]
- pour détecter la variation du nombre de copies par une technique de séquençage du génome entier de cellules isolées à faible taux de couverture[5]
- en électrophorèse sur gel
- en qPCR
- en hybridation génomique comparative sur microréseau
- pour l'analyse des courtes répétitions en tandem (STR)
- pour l'analyse des polymorphismes mononucléotidiques (SNP)
Caractéristiques et avantages
- Amplification de l'ADN de haute précision et à haut rendement en 4 heures seulement
- Amplification de l'ADN depuis n'importe quelle source : cellules cancéreuses, cellules épithéliales, lymphocytes, fibroblastes de liquide amniotique, cellules fixées sur du polycarbonate ou cellules végétales
- Représentation complète de la totalité du génome avec un très faible biais allélique
- ADN polymérase "WGA" adaptée aux applications en aval telles que l'électrophorèse sur gel, la qPCR, l'hybridation génomique comparative (CGH pour "Comparative Genomic Hybridization") sur microréseau, l'analyse des courtes répétitions en tandem (STR pour "Short Tandem Repeat"), l'analyse des polymorphismes mononucléotidiques (SNP pour "Single Nucleotide Polymorphism"), les tests TaqMan® et l'analyse des microsatellites
Autres remarques
Les séquences des amorces universelles fournies dans ce kit sont brevetées.
Informations légales
L'utilisation de ce produit est protégée par un ou plusieurs des brevets américains suivants et les revendications des brevets correspondants en dehors des États-Unis : 5 789 224, 5 618 711, 6 127 155 et les revendications en dehors des États-Unis correspondant au brevet américain expiré n° 5 079 352. L'achat de ce produit inclut une immunité limitée et non transférable contre les poursuites dans le cadre des revendications des brevets susmentionnés concernant l'utilisation de cette seule quantité de produit pour les propres recherches internes de l'acheteur. Aucun droit en vertu d′une autre revendication de brevet, aucun droit d′appliquer une méthode brevetée et aucun droit d′assurer des services commerciaux de quelque nature que ce soit, notamment, mais sans caractère limitatif, la communication des résultats des activités de l′acheteur contre rémunération ou une autre considération commerciale, n′est transmis expressément, par implication, ou par préclusion. Ce produit est réservé aux activités de recherche. Les utilisations diagnostiques protégées par les brevets de Roche nécessitent l′octroi d′une autre licence par Roche. De plus amples informations sur l′achat de licences peuvent être obtenues auprès du directeur de l'attribution des licences à l′adresse Applied Biosystems, Director of Licensing, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, Californie, 94404, USA.
GenomePlex is a registered trademark of Takara Bio USA, Inc.
TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc.
Composants de kit également disponibles séparément
Réf. du produit
Description
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Description
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GenomePlex® is a Whole Genome Amplification (WGA) method that allows the researcher to generate a representative amplification of genomic DNA
Whole genome amplification (WGA) of plasma and serum DNA presents a unique challenge due to the small amount of nucleic acid in such samples.
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Buongiorno, il kit GenomePlex® Single Cell WGA4 per amplificazione di DNA da singola cellula con quali metodiche di preparazione di librerie è compatibile? Vi ringrazio
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I want the amplified product to be NGS sequenced. What is the error rate during amplification and the coverge rate of the genome?
1 answer-
The error rate during amplification has not been determined, but without proofreading, the whole genome amplification polymerase error rate is expected to be similar to native Taq polymerase, typically in the range of approximately 1 × 10^5 to 2 × 10^4. Publications specifically quantifying coverage can be found in early work with WGA4, which reported an overall measured coverage of 78% for aneuploidy screening (doi.org/10.1016/j.fertnstert.2007.07.789). Later work using WGA4 to measure gene copy number variation (https://doi.org/10.1038/srep11415) showed coverage varied by GC content; in areas with a GC composition of 30-60%, the coverage varied approximately 60-120% (rat genomic DNA has 41.9% GC). Several papers have been published on obtaining optimal results and accurate analysis from the kit, with the most relevant being (https://doi.org/10.1038/nprot.2012.039).
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Is there an estimate for the ratio of ssDNA to dsDNA, like roughly 3 times more ssDNA than dsDNA? Also, does the advertised 5-10 ug of DNA for WGA4 correspond to total DNA or just dsDNA?
1 answer-
The ratio of ssDNA to dsDNA has not been determined. However, the 5-10 ug of DNA advertised for WGA4 corresponds to total DNA, not just dsDNA.
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What A260/A280 ratios are expected for a successful WGA 4 product using the WGA4 kit?
1 answer-
The A260/280 has not been measured for any amplification product; however, given that starting material is infinitesimal quantities and adding very little protein, the expectation is for A260/280 to resemble that of pure DNA, especially after purification using the GenElute PCR Cleanup Kit (Catalog Number NA1020).
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What kinds of cells can be used as starting materials with Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit?
1 answer-
The cell lysis method involves treatment with proteinase K and heat. Most cells will be lysed under these conditions.
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Can Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit, be used with purified DNA?
1 answer-
Yes. The kit is designed to amplify the small amount of DNA that is present in a single cell (3-5 pg). It will also work with small amounts of purified DNA; we recommend less than 100 pg.
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Can the amplified Omniplex products resulting from the use of Product WGA4, GenomePlex® Single Cell Whole Genome Amplification Kit, be used for TA cloning?
1 answer-
Yes. Please ensure that a final extension of 7-30 minutes at 72°C is included after amplification if performing subsequent TA cloning reactions.
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What is the Department of Transportation shipping information for this product?
1 answer-
Transportation information can be found in Section 14 of the product's (M)SDS.To access the shipping information for this material, use the link on the product detail page for the product.
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