OligoEvaluator™ para cálculo de T_m e análise de primers

OligoEvaluator™ para primers de DNA ou RNA

O OligoEvaluator é uma ferramenta de análise de primer para oligonucleotídeos. Ele analisa a estrutura secundária, a formação do dímero do primer e as características físicas dos oligonucleotídeos. 

Temos o prazer de oferecer o OligoEvaluator™, nossa calculadora on-line de sequência de oligonucleotídeos que fornece valores de análise de primer para PCR:

• Contagem de base
• Peso molecular
• Coeficiente de extinção
• Tipo de oligo

• µg/OD a 260 nm
  
• Comprimento (pares de bases)
• Temperatura de fusão (Tm) do primer (°C)

• Teor de GC (%):
  
• Grampo GC
• Comprimento de execução (bp)

• Estrutura secundária
  
• Verificação do dímero do primer
  
• Link de sequência BLAST

O OligoEvaluator™ é fácil de usar: selecione DNA ou RNA, cole sua sequência e clique em calcular para que a ferramenta OligoEvaluator™ retorne os valores. Todas as propriedades relatadas estão disponíveis para exportação em um modelo conveniente do Excel.

Calcular propriedades, ressuspensão e diluição de oligonucleotídeos

O OligoEvaluator™ consiste em três módulos. Escolha a análise para examinar as propriedades completas de até 10 primers de uma só vez. A ressuspensão e a diluição são módulos de calculadora separados no OligoEvaluator™.

Módulos	Características
Análise	Insira até 10 sequências por vez, e a ferramenta retorna valores para todas as principais propriedades físicas, como peso molecular, temperatura de fusão, estrutura secundária e formação de dímeros de primers (as informações sobre estrutura secundária e formação de dímeros de primers são fornecidas em formato de texto simples de interpretar, por exemplo, estrutura secundária - forte)
Resuspensão	Digite a quantidade, a concentração desejada e o peso molecular, e a ferramenta retornará o volume de água ou tampão necessário para ressuspender um oligonucleotídeo seco
Diluição	Insira a concentração de estoque (ressuspensão), o volume final desejado e a concentração final desejada, e a ferramenta retornará o volume de solução de estoque necessário para a diluição

Recursos avançados da calculadora
Característica	Descrição
Condições de reação	Revisar a análise da estrutura secundária e a formação do dímero do primer para verificar se há problemas de dobragem
Busca BLAST	Verificar a homologia da sequência de oligonucleotídeos

Condições de reação

Definições e valores usados na calculadora OligoEvaluator™

Parâmetro	Valor
Concentração de oligo	O valor padrão = 250,0 nM.
Concentração de íons monovalentes	Essa é a concentração de todos os íons monovalentes, por exemplo, K+, presentes na mistura da reação. O K+ estimula a hibridização ao reduzir a repulsão de carga entre os primers carregados negativamente e os esqueletos do modelo. O valor padrão = 100,0 nM.
Concentração de íons de Mg++ livre	Essa é a concentração de Mg2+ (íon magnésio) na mistura da reação. O Mg2+ é um cofator necessário para as polimerases de DNA termoestáveis. O valor padrão = 5,0 nM.
Equivalente de Na[+] total	O equivalente de sódio é calculado da seguinte forma: [Na+] = Concentração de íons monovalentes + 4 × (Mg2+ livre) 1/2 (tudo em molaridade) O valor padrão = 382,84 mM
Temperatura para cálculo de energia livre	Isso é usado para calcular a energia livre de Gibbs (ΔG) na fórmula: ΔG = ΔH - T ΔS. O valor padrão = 25,0 °C (298K).

Como você calcula a temperatura de hibridização de um primer?

O OligoEvaluator™ fornece a temperatura de fusão dos oligonucleotídeos. Basta inserir sua sequência no módulo Calculator Analysis e você encontrará a T_m relatada na sétima coluna. Em geral, a temperatura de hibridização deve estar vários graus abaixo do valor de T_m. Você pode encontrar informações mais detalhadas sobre a temperatura de fusão em nosso artigo sobre a temperatura de fusão de oligonucleotídeos.

Produtos

Desculpe, ocorreu um erro inesperado

Network error: Failed to fetch