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Merck

New insights into stop codon recognition by eRF1.

Nucleic acids research (2015-03-05)
Sandra Blanchet, Michelle Rowe, Tobias Von der Haar, Céline Fabret, Stéphane Demais, Mark J Howard, Olivier Namy
RÉSUMÉ

In eukaryotes, translation termination is performed by eRF1, which recognizes stop codons via its N-terminal domain. Many previous studies based on point mutagenesis, cross-linking experiments or eRF1 chimeras have investigated the mechanism by which the stop signal is decoded by eRF1. Conserved motifs, such as GTS and YxCxxxF, were found to be important for termination efficiency, but the recognition mechanism remains unclear. We characterized a region of the eRF1 N-terminal domain, the P1 pocket, that we had previously shown to be involved in termination efficiency. We performed alanine scanning mutagenesis of this region, and we quantified in vivo readthrough efficiency for each alanine mutant. We identified two residues, arginine 65 and lysine 109, as critical for recognition of the three stop codons. We also demonstrated a role for the serine 33 and serine 70 residues in UGA decoding in vivo. NMR analysis of the alanine mutants revealed that the correct conformation of this region was controlled by the YxCxxxF motif. By combining our genetic data with a structural analysis of eRF1 mutants, we were able to formulate a new model in which the stop codon interacts with eRF1 through the P1 pocket.

MATÉRIAUX
Référence du produit
Marque
Description du produit

Sigma-Aldrich
Imidazole, ReagentPlus®, 99%
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Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium, for molecular biology, DNase, RNase, and protease, none detected, ≥99% (titration)
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Disponibilité
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Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium solution, 0.9% in water, BioXtra, suitable for cell culture
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Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium solution, 5 M in H2O, BioReagent, for molecular biology, suitable for cell culture
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Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium, BioReagent, suitable for cell culture, suitable for insect cell culture, suitable for plant cell culture, ≥99%
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Imidazole, for molecular biology, ≥99% (titration)
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Prix
Quantité
SAFC
Chlorure de sodium solution, 5 M
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Quantité
Sigma-Aldrich
Solution tampon d′imidazole, BioUltra, 1 M in H2O
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Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Imidazole, BioUltra, ≥99.5% (GC)
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Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium solution, BioUltra, for molecular biology, ~5 M in H2O
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium, 99.999% trace metals basis
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Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium, BioUltra, for molecular biology, ≥99.5% (AT)
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium, BioXtra, ≥99.5% (AT)
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Imidazole, ACS reagent, ≥99% (titration)
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Imidazole, ≥99% (titration), crystalline
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium, BioPerformance Certified, ≥99% (titration), suitable for insect cell culture, suitable for plant cell culture
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium, AnhydroBeads, −10 mesh, 99.999% trace metals basis
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Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Imidazole, BioUltra, for molecular biology, ≥99.5% (GC)
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Sodium chloride-35Cl, 99 atom % 35Cl
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium, meets analytical specification of Ph. Eur., BP, USP, 99.0-100.5%
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium solution, 5 M
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium, random crystals, optical grade, 99.9% trace metals basis
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Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Imidazole, puriss. p.a., ≥99.5% (GC)
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium solution, 0.85%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Imidazole, anhydrous, free-flowing, Redi-Dri, ACS reagent, ≥99%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Chlorure de sodium, tablet
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Imidazole, ReagentPlus®, 99%, Redi-Dri, free-flowing
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Imidazole, for molecular biology, ≥99% (titration), free-flowing, Redi-Dri
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité