最大限度避免新一代测序接头形成二聚体

案例研究

项目情况

一家新一代测序（NGS）试剂盒厂商因使用其他寡核苷酸厂商的定制接头，正饱受接头二聚体之苦。由于这种材料要用于商业化试剂盒生产，故这种情况无法接受——制造商希望这种产品“即买即用”，无需在文库制备后去除二聚体。

我们的运营支持

制造商转用新一代测序寡核苷酸（NGSO）作为该问题的优化解决方案。在我们的合同制造环境中，我们与制造商的研发团队密切协作，针对目标NGS试剂盒提供接头。我们的目标是，引物二聚体相对于现有寡核苷酸厂商材料大幅减少。

定制解决方案

与我们的研发和生产团队协商后，制造商研发团队选择试用目前最高质量的选项NGSO-Gold。针对这一项目，双方团队持续沟通并开诚布公地对话是关键。这有助于双方共享数据并进行深入的NGS分析，最大限度避免二聚体形成。试用批次生产完成后，取少部分材料运送至制造商处针对各种功能性应用进行质检，包括文库制备、毛细管电泳分析和测序等应用。

结果

客户测试批次生成的数据表明，相对于现有寡核苷酸供应商提供的材料，使用NGSO-Gold生产的接头呈现明显更低的二聚体形成率——实际远低于所需的要求的接头二聚体形成比例（图1）。于是，这家制造商（现已成为我们的客户）选择继续与我们合作生产试剂盒所用的定制接头，甚至向我们分配了更多之前只在其内部执行的工作（如，专业的规格选择工作）。

图 1. NGSO-Gold与现有寡核苷酸供应商竞品的接头二聚体形成情况对比（客户提供）。大规模生产时最容易形成接头二聚体，因此，测试时选用了这类规模的材料。从实际结果可以看出，竞品的引物二聚体形成率为26.23％。NGSO-Gold的接头二聚体形成率仅6.28％，远低于规定的上限15％。为保密起见，适当隐藏了确切的材料用量和实验详情。