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Sigma-Aldrich

TransPlex® Complete Whole Transcriptom Amplification Kit

DNA polymerase included, Complete Kit with optimized enzyme to amplify total RNA in <4 hours, no 3′ bias

Synonyme(s) :

Kit complet d’amplification du transcriptome entier

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About This Item

Code UNSPSC :
41121800
Nomenclature NACRES :
NA.55

Technique(s)

whole genome amplification: suitable

Conditions d'expédition

wet ice

Température de stockage

−20°C

Description générale

Le kit WTA2 est optimisé pour amplifier l′ARN contenu dans les échantillons fixés au formol et inclus dans la paraffine (FFPE) et les échantillons endommagés ou dégradés. La technologie d′amplification du transcriptome entier (WTA, Whole Transcriptome Amplification) permet d′amplifier de manière représentative les faibles quantités d′ARN total (de l′ordre du nanogramme) en moins de 4 heures, sans biais 3′. Les produits d′amplification sont adaptés aux applications du type qPCR, analyse de puces à ADN et clonage. Le kit WTA2 contient la polymérase nécessaire à l′amplification de la bibliothèque d′ADNc.

Application

Ce kit complet d'amplification du transcriptome entier est utilisé dans les applications suivantes :
  • élaboration d'un protocole pour l'analyse simultanée des virus à ADN et à ARN présents dans les fèces de porc par séquençage profond avec témoins de processus
  • transcription inverse et amplification d'ADNc
  • synthèse et amplification d'une banque d'ADNc avec de l'ARN génomique libéré par des particules de PPV ("Plum Pox Virus") immunocapturées
  • préparation d'acides nucléiques et séquençage profond (les acides nucléiques extraits ayant été amorcés de manière aléatoire pour la synthèse d'ADNc)
Convient aux applications aval, notamment :
  • qPCR
  • Analyse de puces à ADN
  • Clonage

Caractéristiques et avantages

  • Amplification jusqu′à x10000 en moins de 4 heures, avec moins de 30 minutes de manipulation manuelle.
  • Seuls 20 pg de matrice d′ARN total sont nécessaires pour amplifier l′ADNc recherché pour un profilage par puces à ADN.
  • Contient tous les éléments nécessaires à l′amplification d′ADNc.
  • Amplification linéaire des exons et gènes exprimés sans biais 3′ ou 5′.
  • Amplification efficace de l′ARN de cellules isolées ou d′ARN en faible quantité, y compris l′ARNm et l′ARN total d′animaux, de plantes ou de micro-organismes.

Principe

Le procédé WTA2 comprend deux étapes. Dans la première, l′ARN de l′échantillon fait l′objet d′une transcription inverse à l′aide d′amorces non auto-complémentaires contenant une extrémité 3′ quasi-aléatoire et une extrémité 5′ universelle. Au cours de ce processus, les simples brins déplacés servent de nouvelles matrices pour l′hybridation et l′allongement des amorces. La bibliothèque d′ADNc ainsi obtenue est composée de fragments aléatoires chevauchants de 100 à 1000 bases encadrés par une séquence terminale universelle. La seconde étape amplifie la bibliothèque d′ADNc par PCR avec la polymérase WTA2 et une amorce à extrémité universelle pour obtenir le produit WTA2.

Composants de kit également disponibles séparément

Réf. du produit
Description
FDS
  • Library Synthesis Enzyme
  • Library Synthesis Solution
  • Amplification Mix
  • Library Synthesis Buffer
  • W4502Water, Nuclease-Free Water, for Molecular BiologyFDS
  • Amplification Enzyme
  • D7295Deoxynucleotide Mix, 10 mM, Molecular Biology ReagentFDS

Produit(s) apparenté(s)

Réf. du produit
Description
Tarif

Code de la classe de stockage

10 - Combustible liquids

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Bert Vanmechelen et al.
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The family Arteriviridae harbors a rapidly expanding group of viruses known to infect a divergent group of mammals, including horses, pigs, possums, primates, and rodents. Hosts infected with arteriviruses present with a wide variety of (sub) clinical symptoms, depending on
Richard J Hall et al.
Journal of virological methods, 195, 194-204 (2013-09-17)
The discovery of new or divergent viruses using metagenomics and high-throughput sequencing has become more commonplace. The preparation of a sample is known to have an effect on the representation of virus sequences within the metagenomic dataset yet comparatively little
Distinct degenerative phenotype of articular cartilage from knees with meniscus tear compared to knees with osteoarthritis
Rai MF, et al.
Osteoarthritis and Cartilage, 27, 945-955 (2019)
Zahedan rhabdovirus, a novel virus detected in ticks from Iran
Dilcher M, et al
Virology Journal, 12, 183-183 (2015)
A Bal et al.
BMC infectious diseases, 18(1), 537-537 (2018-10-31)
In recent years, metagenomic Next-Generation Sequencing (mNGS) has increasingly been used for an accurate assumption-free virological diagnosis. However, the systematic workflow evaluation on clinical respiratory samples and implementation of quality controls (QCs) is still lacking. A total of 3 QCs
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