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Merck

CellTagging: combinatorial indexing to simultaneously map lineage and identity at single-cell resolution.

Nature protocols (2020-02-14)
Wenjun Kong, Brent A Biddy, Kenji Kamimoto, Junedh M Amrute, Emily G Butka, Samantha A Morris
RESUMEN

Single-cell technologies are offering unparalleled insight into complex biology, revealing the behavior of rare cell populations that are masked in bulk population analyses. One current limitation of single-cell approaches is that lineage relationships are typically lost as a result of cell processing. We recently established a method, CellTagging, permitting the parallel capture of lineage information and cell identity via a combinatorial cell indexing approach. CellTagging integrates with high-throughput single-cell RNA sequencing, where sequential rounds of cell labeling enable the construction of multi-level lineage trees. Here, we provide a detailed protocol to (i) generate complex plasmid and lentivirus CellTag libraries for labeling of cells; (ii) sequentially CellTag cells over the course of a biological process; (iii) profile single-cell transcriptomes via high-throughput droplet-based platforms; and (iv) generate a CellTag expression matrix, followed by clone calling and lineage reconstruction. This lentiviral-labeling approach can be deployed in any organism or in vitro culture system that is amenable to viral transduction to simultaneously profile lineage and identity at single-cell resolution.

MATERIALES
Referencia del producto
Marca
Descripción del producto

Sigma-Aldrich
Gelatina solution, Type B, 2% in H2O, tissue culture grade, BioReagent, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Seroalbúmina bovina, fatty acid free, low endotoxin, lyophilized powder, BioReagent, suitable for cell culture, ≥96% (agarose gel electrophoresis)
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DL-Ditiotreitol solution, BioUltra, for molecular biology, ~1 M in H2O
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Sigma-Aldrich
Protamine sulfate, meets USP testing specifications
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LB Broth with agar (Lennox), Tablet microbial growth medium
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