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Merck

A transcriptome-wide antitermination mechanism sustaining identity of embryonic stem cells.

Nature communications (2020-01-19)
Yaroslav A Kainov, Eugene V Makeyev
RESUMEN

Eukaryotic gene expression relies on extensive crosstalk between transcription and RNA processing. Changes in this composite regulation network may provide an important means for shaping cell type-specific transcriptomes. Here we show that the RNA-associated protein Srrt/Ars2 sustains embryonic stem cell (ESC) identity by preventing premature termination of numerous transcripts at cryptic cleavage/polyadenylation sites in first introns. Srrt interacts with the nuclear cap-binding complex and facilitates recruitment of the spliceosome component U1 snRNP to cognate intronic positions. At least in some cases, U1 recruited in this manner inhibits downstream cleavage/polyadenylation events through a splicing-independent mechanism called telescripting. We further provide evidence that the naturally high expression of Srrt in ESCs offsets deleterious effects of retrotransposable sequences accumulating in its targets. Our work identifies Srrt as a molecular guardian of the pluripotent cell state.

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Sigma-Aldrich
2- Mercaptoetanol, for molecular biology, suitable for electrophoresis, suitable for cell culture, BioReagent, 99% (GC/titration)
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Sigma-Aldrich
Doxiciclina hyclate
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TWEEN® 20, for molecular biology, viscous liquid
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Glicina, suitable for electrophoresis, ≥99%
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Insulin solution from bovine pancreas, 10 mg/mL insulin in 25  mM HEPES, pH 8.2, BioReagent, sterile-filtered, suitable for cell culture
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Magnesium chloride, anhydrous, ≥98%
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IGEPAL® CA-630, for molecular biology
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Sodium acetate buffer solution, pH 5.2±0.1 (25 °C), for molecular biology, 3 M, 0.2 μm filtered
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Dulbecco′s Modified Eagle′s Medium/Nutrient Mixture F-12 Ham, With 15 mM HEPES and sodium bicarbonate, without L-glutamine, liquid, sterile-filtered, suitable for cell culture
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Millipore
Nucleasa Benzonase®, Pureza > 99 %, Effective viscosity reduction and removal of nucleic acids from protein solutions
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Cloruro de potasio, for molecular biology, ≥99.0%
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SSC Buffer 20× Concentrate, for Northern and Southern blotting, solution
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Ethylene glycol-bis(2-aminoethylether)-N,N,N′,N′-tetraacetic acid, for molecular biology, ≥97.0%
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Tris(2-carboxietil)fosfina hydrochloride, BioUltra, ≥98% (NMR)
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Putrescine dihydrochloride, powder, BioReagent, suitable for cell culture
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Proteína LIF recombinante de ratón ESGRO®, ESGRO Leukemia Inhibitory Factor (LIF) supplement for mouse ES cell culture. Each vial contains 10^7 units/ml.
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Sodium selenite, BioReagent, suitable for cell culture, ≥98%
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Sigma-Aldrich
Progesterone, powder, BioReagent, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Tris-Borate-EDTA buffer, BioReagent, suitable for electrophoresis, 10× concentrate
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Sigma-Aldrich
Cloruro de sodio, BioUltra, for molecular biology, ≥99.5% (AT)
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N-Lauroylsarcosine sodium salt solution, 20%, for molecular biology
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Kit de detección de fosfatasa alcalina, This Alkaline Phosphatase Detection Kit is a specific & sensitive tool for the phenotypic assessment of Embryonic Stem (ES) cell differentiation by the determination of AP activity.
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Roche
DIG Northern Starter Kit, suitable for Northern blotting, sufficient for 10 labeling reactions
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Cloruro de litio, BioUltra, for molecular biology, anhydrous, ≥99.0% (AT)
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Sigma-Aldrich
Sodium deoxycholate, ≥97% (titration)
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Maleic acid, ReagentPlus®, ≥99% (HPLC)
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Tiocianato de guanidina, for molecular biology, ≥99%
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