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MilliporeSigma

A new sequencing approach for N-unsubstituted heparin/heparan sulfate oligosaccharides.

Glycobiology (2015-02-14)
Qun Tao Liang, Xiao Mao Xiao, Jian Hui Lin, Zheng Wei
RESUMEN

The rare N-unsubstituted glucosamine (GlcNH(3)(+)) residues in heparan sulfate (HS) have important biological and pathophysiological roles. Because of their low natural abundance, the use of chemically generated, structurally defined, N-unsubstituted heparin/HS oligosaccharides can greatly contribute to the investigation of their natural role in HS. However, the sequencing of mixtures of chemically generated oligosaccharides presents major challenges due to the difficulties in separating isomers and the available detection methods. In this study, we developed and validated a simple and sensitive method for the sequence analysis of N-unsubstituted heparin/HS oligosaccharides. This protocol involves pH 4 nitrous acid (HNO(2)) degradation, size-exclusion HPLC and ion-pair reversed-phase liquid chromatography-ion trap/time-of-flight mass spectrometry (IPRP-LC-ITTOF MS). We unexpectedly found that absorbance at 232 nm (normally used for specific detection of C4-C5 unsaturated oligosaccharides) was, in most cases, still sufficiently sensitive to also simultaneously detect saturated oligosaccharides during HPLC, thus simplifying the positional analysis of GlcNH(3)(+)) residues. The IPRP-LC-ITTOF MS system can supply further structural information leading to full sequence determination of the original oligosaccharide. This new methodology has been used to separate and sequence a variety of chemically generated, N-unsubstituted dp6 species containing between 1 and 3 GlcNH(3)(+)) residues per oligosaccharide in different positional combinations. This strategy offers possibilities for the sequencing of natural N-unsubstituted oligosaccharides from HS and should also be applicable, with minor modification, for sequencing at N-sulfated residues using alternative pH 1.5 HNO(2) scission.

MATERIALES
Referencia del producto
Marca
Descripción del producto

Sigma-Aldrich
Borohidruro de sodio, powder, ≥98.0%
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Sigma-Aldrich
Hidróxido de sodio solution, BioUltra, for molecular biology, 10 M in H2O
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Sigma-Aldrich
Ácido sulfúrico, 99.999%
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Borohidruro de sodio, ReagentPlus®, 99%
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Hidróxido de sodio solution, 1.0 N, BioReagent, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Hidróxido de sodio solution, 0.1 M
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Sigma-Aldrich
Ácido sulfúrico, SAJ first grade, ≥95.0%
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Hidróxido de sodio solution, 1 M
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Carbonato de sodio, anhydrous, powder, 99.999% trace metals basis
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Sigma-Aldrich
Borohidruro de sodio, granular, 99.99% trace metals basis
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Sigma-Aldrich
Ácido acético, for luminescence, BioUltra, ≥99.5% (GC)
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Sigma-Aldrich
Ácido sulfúrico, JIS special grade, ≥95.0%
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Borohidruro de sodio, purum p.a., ≥96% (gas-volumetric)
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Ácido acético, ≥99.5%, FCC, FG
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Sigma-Aldrich
Sodium nitrite, 99.999% trace metals basis
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Sigma-Aldrich
Hidróxido de sodio, BioUltra, for luminescence, ≥98.0% (T), pellets
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Ácido acético, natural, ≥99.5%, FG
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Sigma-Aldrich
5α-Androstan-17β-ol-3-one, ≥97.5%
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Acetonitrilo, anhydrous, 99.8%
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Hidróxido de sodio, JIS special grade, ≥96.0%
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Ácido fórmico, ≥95%, FCC, FG
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Hidróxido de sodio, SAJ first grade, ≥95.0%
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Ácido acético, ≥99.7%
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Ácido acético, JIS special grade, ≥99.7%
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad
Sigma-Aldrich
Hidróxido de sodio, ultra dry, powder or crystals, 99.99% trace metals basis
En este momento no podemos mostrarle ni los precios ni la disponibilidad