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MilliporeSigma

Bioprospecting the American alligator (Alligator mississippiensis) host defense peptidome.

PloS one (2015-02-12)
Barney M Bishop, Melanie L Juba, Megan C Devine, Stephanie M Barksdale, Carlos Alberto Rodriguez, Myung C Chung, Paul S Russo, Kent A Vliet, Joel M Schnur, Monique L van Hoek
RESUMEN

Cationic antimicrobial peptides and their therapeutic potential have garnered growing interest because of the proliferation of bacterial resistance. However, the discovery of new antimicrobial peptides from animals has proven challenging due to the limitations associated with conventional biochemical purification and difficulties in predicting active peptides from genomic sequences, if known. As an example, no antimicrobial peptides have been identified from the American alligator, Alligator mississippiensis, although their serum is antimicrobial. We have developed a novel approach for the discovery of new antimicrobial peptides from these animals, one that capitalizes on their fundamental and conserved physico-chemical properties. This sample-agnostic process employs custom-made functionalized hydrogel microparticles to harvest cationic peptides from biological samples, followed by de novo sequencing of captured peptides, eliminating the need to isolate individual peptides. After evaluation of the peptide sequences using a combination of rational and web-based bioinformatic analyses, forty-five potential antimicrobial peptides were identified, and eight of these peptides were selected to be chemically synthesized and evaluated. The successful identification of multiple novel peptides, exhibiting antibacterial properties, from Alligator mississippiensis plasma demonstrates the potential of this innovative discovery process in identifying potential new host defense peptides.

MATERIALES
Referencia del producto
Marca
Descripción del producto

Sigma-Aldrich
Persulfato de potasio, ACS reagent, ≥99.0%
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Sigma-Aldrich
Lithium hydroxide, powder, reagent grade, ≥98%
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Sigma-Aldrich
Ácido acrílico, anhydrous, contains 200 ppm MEHQ as inhibitor, 99%
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Cantidad
Sigma-Aldrich
Lithium hydroxide, reagent grade, 98%
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Sigma-Aldrich
Sodium phosphate, 96%
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Sigma-Aldrich
N,N′-Methylenebisacrylamide, powder, for molecular biology, suitable for electrophoresis, ≥99.5%
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Sigma-Aldrich
N-Isopropylacrylamide, 97%
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Cantidad
Sigma-Aldrich
Methyl acrylate, 99%, contains ≤100 ppm monomethyl ether hydroquinone as inhibitor
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Cantidad
Sigma-Aldrich
N-Isopropylacrylamide, ≥99%
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Sigma-Aldrich
2-Acrylamido-2-methyl-1-propanesulfonic acid, 99%
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Sigma-Aldrich
Persulfato de potasio, 99.99% trace metals basis
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Sigma-Aldrich
N,N′-Methylenebisacrylamide solution, suitable for electrophoresis, 2% in H2O
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Sigma-Aldrich
N,N′-Methylenebis(acrylamide), 99%
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Sigma-Aldrich
N,N′-Methylenebisacrylamide, suitable for electrophoresis (after filtration or allowing insolubles to settle)
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Sigma-Aldrich
Potassium peroxodisulfate, puriss. p.a., ACS reagent, ≥99.0% (RT)
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Sigma-Aldrich
β-D-Allose, rare aldohexose sugar
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Sigma-Aldrich
N,N′-Methylenebis(acrylamide), ≥99.0%
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Supelco
Methyl acrylate, analytical standard
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