Sekwencjonowanie nowej generacji
Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) to termin, który szeroko obejmuje kilka powiązanych technologii, które umożliwiają masowo równoległe lub głębokie sekwencjonowanie wybranego regionu lub całego genomu organizmu. Niezbędne w dyscyplinie badań opartych na genomice, technologie sekwencjonowania istnieją od dziesięcioleci. Jednak ciągły rozwój NGS lub masowo równoległych technologii sekwencjonowania DNA i RNA zapewnił badaczom wzrost pokrycia sekwencjonowania całego genomu i narzędzi do analizy danych przy jednoczesnym szybkim spadku kosztów. Zastosowania NGS wykraczają poza analizę całego genomu, ponieważ mają znaczący wpływ na ostatnie postępy w podstawowej genomice i badaniach nad chorobami.
Powiązane artykuły techniczne
- Regardless of next-generation sequencing (NGS) platform, universal and index adapter sequences are required for the proper assembly of sample fragments.
- Kontrole negatywne siRNA MISSION zapewniają podstawową skuteczność nokautu mRNA; testowane na komórkach ludzkich, szczurzych i mysich, zaprojektowane bez homologii genów.
- MISSION Positive Control siRNA, validated for siRNA silencing experiments, saves time in gene silencing research.
- Explore the essential role of water in next-generation sequencing for accurate and efficient genomic analysis
- Zobacz wszystkie (20)
Powiązane protokoły
- Zestaw SeqPlex DNA Amplification Kit umożliwia NGS z małych lub zdegradowanych ilości DNA w celu amplifikacji całego genomu.
- Wyżarzanie to proces ogrzewania i chłodzenia dwóch jednoniciowych oligonukleotydów o komplementarnych sekwencjach.
- The SeqPlex RNA Amplification kit provides a method for amplification of total RNA or isolated mRNA prior to entry into the workflows of the commonly used deep sequencing platforms.
- GenomePlex® is a Whole Genome Amplification (WGA) method that allows the researcher to generate a representative amplification of genomic DNA
- WTA2, a Whole Transcriptome Amplification (WTA) method, allows for representative amplification of nanogram quantities of total RNA in less than 4 hours without 3-bias
- Zobacz wszystkie (7)
Znajdź więcej artykułów i protokołów
Przegląd metod NGS
Podczas gdy metodologia i odczynniki dla NGS stale ewoluują, istnieje obecnie wiele systemów NGS, które są dostępne dla naukowców. Powszechnie stosowane platformy obejmują kilka krytycznych etapów przepływu pracy NGS, w tym przygotowanie próbki lub biblioteki, generowanie klastrów, sekwencjonowanie i analizę danych. Przygotowanie próbki zazwyczaj obejmuje amplifikację DNA lub dodanie łączników sekwencji lub adapterów. Generowanie klastrów każdej sekwencji DNA odbywa się, gdy DNA zawierające kowalencyjnie przyłączony łącznik hybrydyzuje z powierzchnią stałą w celu amplifikacji mostkowej PCR lub za pomocą alternatywnych metod, takich jak emulsyjna PCR. Ponadto istnieje wiele metod sekwencjonowania DNA, w tym sekwencjonowanie przez ligację, sekwencjonowanie przez syntezę, pirosekwencjonowanie i sekwencjonowanie półprzewodników jonowych. Każda metoda sekwencjonowania obejmuje różne etapy reakcji i chemikalia, które ostatecznie określają długość każdej sekwencji (długość odczytu), poziom błędu i koszt odczynników.
Analytical Approaches for NGS Data Analyses
Ostatnim elementem dla wszystkich przepływów pracy NGS jest krytyczny etap analizy danych, który ma miejsce po sekwencjonowaniu. Podczas gdy każda platforma NGS i przepływ pracy wytwarzają ogromną ilość informacji cyfrowych przechwyconych na komputerach, surowy zestaw danych musi zostać przeanalizowany przez bioinformatyków przy użyciu stale rosnącej liczby narzędzi analitycznych do wyrównywania i mapowania odczytów, takich jak Bowtie, Galaxy i wiele innych. Wiele osiągnięć w dziedzinie technologii NGS wynika z połączenia wielu dziedzin nauki w celu opracowania i optymalizacji analizy i interpretacji tak dużych zbiorów danych. W zależności od konkretnych potrzeb, naukowcy są obecnie w stanie korzystać z tych potężnych narzędzi do sekwencjonowania całych genomów, egzomów lub transkryptomów w badaniach podstawowych i badaniach nad chorobami.
Zaloguj się lub utwórz konto, aby kontynuować.
Nie masz konta użytkownika?