OligoEvaluator™ para el cálculo de la T_m y el análisis de cebadores

OligoEvaluator™ para cebadores de ADN o ARN

OligoEvaluator es una herramienta de análisis de cebadores para oligonucleótidos. Analiza la estructura secundaria, la formación de dímeros del cebador y las características físicas de los oligonucleótidos. 

Nos complace ofrecer OligoEvaluator™, nuestra calculadora virtual de secuencias de oligonucleótidos que proporciona valores de análisis de cebador para PCR:

• Recuento de bases
• Peso molecular
• Coeficiente de extinción
• Tipo de oligo

• µg/DO a 260 nm
  
• Longitud (pares de bases)
• Temperatura de fusión del cebador Tm (°C)

• Contenido de GC, %
  
• Pinza GC
• Longitud por ciclo (pb)

• Estructura secundaria
  
• Comprobación de los dímeros del cebador
  
• Enlace de secuencia BLAST

OligoEvaluator™ es fácil de usar: seleccione ADN o ARN, pegue su secuencia y haga clic en calcular para que la herramienta OligoEvaluator™ devuelva los valores. Todas las propiedades informadas están disponibles para exportar a una cómoda plantilla de Excel.

Cálculo de las propiedades del oligo, resuspensión y dilución

La OligoEvaluator™ consta de tres módulos. Elija análisis para ver las propiedades completas de hasta 10 cebadores a la vez. Resuspensión y dilución son módulos independientes de la calculadora dentro de OligoEvaluator™.

Módulos	Características
Análisis	Introduzca hasta 10 secuencias a la vez, y la herramienta devolverá valores para todas las propiedades físicas principales, como el peso molecular, la temperatura de fusión, la estructura secundaria y la formación de dímeros del cebador (la información sobre la estructura secundaria y la formación de dímeros se suministra en formato de texto fácil de interpretar, por ejemplo, estructura secundaria - fuerte)
Resuspensión	Introduzca la cantidad, la concentración deseada y el peso molecular, y la herramienta devolverá el volumen de agua o disolución tampón necesario para resuspender un oligonucleótido seco
Dilución	Introduzca la concentración de reserva (resuspensión), el volumen final deseado y la concentración final deseada, y la herramienta devolverá el volumen de disolución de reserva necesario para la dilución

Funciones avanzadas de la calculadora

Característica	Descripción
Condiciones de reacción	Revisa el análisis de la estructura secundaria y la formación de dímeros del cebador para comprobar si hay plegamiento problemático
Búsqueda de BLAST	Comprueba la homología de secuencia de los oligonucleótidos

Condiciones de reacción

Definiciones y valores utilizados en la calculadora OligoEvaluator™

Parámetro	Valor
Concentración del oligo	El valor predeterminado = 250,0 nM.
Concentración de iones monovalentes	Esta es la concentración de todos los iones monovalentes, por ejemplo, K+, presentes en la mezcla de reacción. El K+ fomenta la hibridación al reducir la repulsión de carga entre los cebadores con carga negativa y los esqueletos del molde. El valor predeterminado = 100,0 mM.
Concentración de iones Mg++ libres	Esta es la concentración de Mg2+ (ion magnesio) en la mezcla de reacción. El Mg2+ es un cofactor requerido por las ADN polimerasas termoestables. El valor predeterminado = 5,0 mM.
Na[+] total equivalente	El equivalente de sodio se calcula de la siguiente manera: [Na+] = concentración de iones monovalentes + 4 x (Mg2+libre) 1/2(todo en molaridad) El valor predeterminado = 382,84 mM
Temperatura para el cálculo de energía libre	Esto se utiliza para calcular la energía libre de Gibbs (ΔG) en la fórmula: ΔG = ΔH - T ΔS. El valor predeterminado = 25,0 °C (298 K).

¿Cómo se calcula la temperatura de hibridación de un cebador?

El OligoEvaluator™ proporciona la temperatura de fusión para los oligos. Solo tiene que introducir la secuencia en el módulo Análisis de la calculadora, y encontrará la T_m indicada en la séptima columna. La temperatura de hibridación suele ser varios grados inferior al valor de la T_m.. Puede encontrar información más detallada sobre la temperatura de fusión en nuestro artículo sobre Temperatura de fusión de oligonucleótidos.